简并引物简并引物pcr原理

~ 1、简并引物 特异引物 还有16s的引物有什么不同 用它们PCR出来的产物 看条带能看出来吗2、请教各位，简并引物的TM值怎么计算的3、如何利用Primer5.0 设计简并引物4、简并引物是什么？设计的原则或原理是什么

简并引物 特异引物 还有16s的引物有什么不同 用它们PCR出来的产物 看条带能看出来吗

1、简并引物 简并引物：序列未完全清楚简并引物的核酸的一种引物设计方案,比如TGGC(x)AAT,则设计引物时（X）位置可分别用ATCG四条引物

特异引物 ：这个不用说吧,就是序列清楚后自己根据上下要设计的普通引物

16s的引物：常被用于鉴定,一般引物可在文献、网站上找到.16S rRNA所对应的 16S rDNA基因在细菌基因组中具有高度保守性简并引物；对于同一种细菌其16S rDNA基因组的同源性应大于70 %.对16S rDNA而言,如果出现3个碱基以上的差异就可以断定细菌不属于同一种属；

2、PCR出来的产物看条带比较的是大小,16S rDNA挺多用的是150bp左右的,但简并引物和特异引物则看具体情况了,如果设计的引物区间差异大,是可以分开的

请教各位，简并引物的TM值怎么计算的

Tm(解链温度)是指50%双链被解开成单链时的温度.寡核苷酸浓度和盐浓度会影响Tm值的大小.

Tm值有 多种 计 算 方 法 .我 们 使用 近邻法 ( P N A S8 3 ,3 7 4 6- 5 0 )来计算.用这种方法计算前,也有多种方法来估测.如果是15个碱基以下,那么有一种好的方法来估算,对于A和T,可以乘以2_,对于C和G,可以乘以4_然后相加,这叫做Wallace法则.

Tm= 2℃ (A + T) + 4℃ (G + C)

另一种方法来估计长链中GC含量

Tm = 81.5 + 0.41(%GC) - 500/L + 16.6 log[M]

(L:寡核苷酸的长度；M:1价阳离子的浓度)

但这些方法不能消除碱基堆积的影响,结果并不准确,所以近邻法被广泛的应用.但是,对于在60-70 bp或15bp以下的寡核苷酸的测定,近邻法还是有缺点.

Bioneer使用的近邻法具有新的特点.它考虑到在退火过程中不同的碱基序列的影响,并且通过热力学来测定,可以更有效的测定Tm值.比如5' -GC-3' 和5' -CG-3'的序列用热力学方法测定结果是不同的.计算方法见截图：

依靠热力学方法,焓和熵通过两个碱基来确定.[salt]是指一价阳离子的浓度,[Oligo]是指反应过程中的寡核苷酸浓度.R是指气体常数(1.987 cal_K-1mol-1).Bioneer用近邻法计算Tm值时,使用的是50 mM的盐浓度和1 nM的寡核苷酸的浓度.

Bioneer会给每一个用户提供Tm值,但这只是估计值,我们不能保证精确性,因此这个值仅供用户参考.

如果没有扩增出产物,你可以把退火温度降到Tm值以下4～5_.如果有许多非特异性的产物,你需要改变实验条件如提高退火温度以得到正确的产物.

如何利用Primer5.0 设计简并引物

打开primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特异序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers简并引物，Pairs—— 设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度（primer length）——Automatic——OK——Search complete后点OK——在Search Results里选择引物对。——改变参数简并引物，再次搜索——找到最适的引物

简并引物是什么？设计的原则或原理是什么

利用NCBI搜索不同物种中同一目简并引物的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系简并引物，不同是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列的混合物。密码子具有简并性简并引物，单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的简并引物，但可以设计成对简并引物简并引物，扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用简并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变，但核苷酸的数量应相同。的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的

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胶南市13019657916： 谁知道降落PCR(Touchdown PCR)的原理是什么? - ？
胥砌域大： ), 两者之间有一个碱基以上的间隔.使用简并引物即可以进行Touchdown PCR.由这种方法将获得大量的产物,但因为由肽序列可以知道引物之间的确切距离,所以可以根据产物的大小来选择所需要的产物.该方法的优点在于可以富 集引物与模板正确配对的产物.

胶南市13019657916： PCR的原理是什么 - ？
胥砌域大：[答案] 聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术.它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点;能在一个试管内将所要研究 的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至...

胶南市13019657916： PCR的原理是什么? - ？
胥砌域大： PCR技术基本原理 PCR技术的基本原理 类似于DNA的 天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物.PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加 热至93℃左右一定时间后,使模板...

胶南市13019657916： PCR技术原理是什么 - ？
胥砌域大： PCR技术的基本原理 类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物.PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩...

胶南市13019657916： 简并引物是什么?设计的原则或原理是什么 - ？
胥砌域大： 利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码子的关系,不同是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列的混合物.密码子具有简并性,单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的,但可以设计成对简并引物,扩增所有编码已知顺序的核酸序列.用简并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变,但核苷酸的数量应相同.的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的

胶南市13019657916： PCR的原理与方法 - ？
胥砌域大： PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA片段旁侧两个短的单链引物,在体外快速扩增特异DNA片段的技术. 步棸:变性(高温94-95摄氏度)----退火(引物与模板利用碱基互补配对结合成双联链,45-60摄氏度)-----延伸(72摄氏度)

胶南市13019657916： PCR技术原理是怎样的?经典点 - ？
胥砌域大： PCR技术原理:以合成的两条已知序列的寡核苷酸为引物,在DNA聚合酶作用下,利用dNTP为原料,将位于两引物之间的特定DNA片段进行复制.这样经过变性、退火、延伸一个循环,每一个循环的产物作为下一个循环的模板,如此循环30次.每完成一个循环需2~4分钟,2~3h就能将带扩目的基因扩增放大几百万倍.

胶南市13019657916： pcr的工作原理是什么啊,能不能通俗说说,网上的看不懂... - ？
胥砌域大： PCR技术的基本原理:该技术是在模板DNA、引物和四种脱氧核糖核苷酸存在下,依赖于DNA聚合酶的酶促合成反应.DNA聚合酶以单链DNA为模板,借助一小段双链DNA来启动合成,通过一个或两个人工合成的寡核苷酸引物与单链DNA模板中的一段互补序列结合,形成部分双链.在适宜的温度和环境下,DNA聚合酶将脱氧单核苷酸加到引物3´-OH末端,并以此为起始点,沿模板5´→3´方向延伸,合成一条新的DNA互补链.

胶南市13019657916： PCR的原理是什么,它有什么用途? - ？
胥砌域大： PCR技术必须有人工合成的合理引物和提取的样品DNA,然后才进行自动热循环,最后进行产物鉴定与分析.引物设计与合成目前只能在少数技术力量较强的研究院、所进行,临床应用只需购买PCR检测试剂盒就可开展工作,PCR自动热循环...

胶南市13019657916： PCR原理是什么? - ？
胥砌域大： DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径.双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链,在DNA聚合酶与启动子的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝.在 聚合酶链式反应实验中发现,DNA在高温时也可以发生...