转录因子靶基因计算方法,原理是什么
转录因子靶基因计算方法,原理是什么
转录因子靶基因计算方法，原理是iRegulon。iRegulon插件主要使用近10000个TFmotifs数据库和1000个ChIP-seq数据集或“tracks”来检测富集的TFmotifs或ChIPseq峰。接下来，它将富集的TFmotifs和“tracks”与靶点基因联系起来。iRegulon作为一个Cytoscape插件，支持人类、小鼠和果蝇基因。
转录因子的研究思路
加入Ahr的配体FICZ显著增强了iTreg中GPR15和其他Ahr靶基因的表达,但不增强Ahr的表达,而用一种特异性Ahr拮抗剂CH223191治疗可消除人iTregs中GPR15的表达。 03 转录因子研究的技术手段 ❶ 双荧光素酶实验 某些转录因子仅与其靶启动子中的特异序列结合,这些特异性的序列被称为顺式作用元件,转录因子的DNA结合域...
如何预测转录因子结合调控的靶基因
如何预测转录因子结合调控的靶基因 简单的说法就是蛋白质和核酸结合的检测方法，一般来说，在基因表达调控中，参与调控的转长沪拜疚之狡瓣挟抱锚录因子是各种蛋白质，因此研究转录因子的一个主要内容就是研究蛋白质与DNA之间的相互作用。主要的检测方法有：电泳迁移率改变分析 足迹法 染色质免疫沉淀 染...
什么是转录因子?什么是靶基因?两者关系是什么?
简单的说，转录因子是一大类的蛋白质，可以结合到DNA上。结合的区域可以是基因的启动子，增强子，或者其他的调控区域。结合后要么是RNA聚合酶的结合增强，导致该基因的表达增多。要么妨碍RNA聚合酶的结合，阻碍该基因的表达。这些DNA结合蛋白一般都有2个功能区，一个管DNA结合， 一个管和其他蛋白质的相...
GR靶基因
这说明FKBP5直接引导GR的靶基因.FKBP5内含子2具有GC反应元件,参与GC的反应性.此反应元件由一个完整的(A\/T)G(A\/T)(A\/T)C(A\/T)序列和两个被2-4个核苷酸分裂形成的不完整的 (A\/T)G(A\/T)(A\/T)C(A\/T) 序列上下包围组成.因此,在白血病和淋巴瘤病人对GC靶基因表达的调控可能会提高治疗的有效性[22...
浅析GENIE3基因调控网络推断
在基因调控关系构建过程中，也是选择几百个转录因子作为输入的，预测靶基因的。这并不是人为选择，而是通过算法计算挑选而来的。 决策树中同一数据 ，使用了不同的分类标准，谁先谁后，画出的树不一样，最后的效果都是不一样的。不过这也不是本文重点，就不在提及，感兴趣的童鞋可以区搜索“决策树 ...
转录组测序5-基因差异表达分析
转录组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在c...
转录因子有哪些
基因的表达在各个层次上都受到精密的调控(包括染色体结构、转录、转录后、翻译和翻译后加工等水平的调控);转录水平的调控发生在基因表达的初期阶段,是很多基因表达调控的主要方式之一。所谓转录水平的调控是指一类称为转录因子(transcription factor,TF)的蛋白质特异地结合到靶基因调控区的顺式作用元件上,或调节基因表达...
转录因子哪来的?
转录因子都是蛋白质，由基因指导其合成。问题的关键在于第一个转录因子哪里来 至于这个问题，颇有争议，一般的见解就是最开始出现的生命物质是RNA，而不是DNA，所以RNA直接变为蛋白质，而不用转录这一步骤。
基因转录的转录因子
基因转录有正调控和负调控之分。如细菌基因的负调控机制是当一种阻遏蛋白(repressor protein)结合在受调控的基因上时，基因不表达；而从靶基因上去除阻遏蛋白后，RNA聚合酶识别受调控基因的启动子，使基因得以表达，这是正调控。这种阻遏蛋白是反式作用因子。(transcription factor)是起调控作用的反式作用...
校泳华乐： 原理:转录是以一条DNA链为模板,合成出一条mRNA的过程.所以,检测某一基因在特定条件下是否转录,可以提取样品的mRNA,反转录成cDNA,然后用扩增该基因的PCR引物扩增,如果有条带就是说明转录,没有条带就是不转录. 过程: 1.提取样品mRNA; 2.反转录合成cDNA; 3.设计该基因特异的PCR引物; 4.进行PCR扩增,电泳,检测结果.
呼兰区17224614133： 关于分子生物学:转录因子磷酸化激活……下游靶基因.我想问得是,这个下游靶基因是什么?谢谢! - ？
校泳华乐： 转录因子被激活后通过识别特异的核苷酸序列,并与之结合,来启动和调控其靶基因的表达.下游的靶基因就是指这个被转录因子调控的基因,因为 ”配体——受体——蛋白激酶——转录因子——靶基因“这样一个通路中,靶基因位于下游位置.
呼兰区17224614133： 基因打靶技术的原理、主要策略以及主要流程 - ？
校泳华乐： 技术原理: 生物界同源重组现象的发现,为基因打靶奠定了坚实的理论基础,而胚胎干细胞技术的发展,促进了基因打靶的广泛应用.同源重组又称一般性重组或非特异性重组,是指相似的DNA交换遗传信息的过程, 外源DNA片段可与宿主基...
呼兰区17224614133： 关于分子生物学:转录因子磷酸化激活……下游靶基因.我想问得是,这个下游靶基因是什么? - ？
校泳华乐：[答案] 转录因子被激活后通过识别特异的核苷酸序列,并与之结合,来启动和调控其靶基因的表达.下游的靶基因就是指这个被转录因子调控的基因,因为 ”配体——受体——蛋白激酶——转录因子——靶基因“这样一个通路中,靶基因位于下游位置.
呼兰区17224614133： 如何设计方案寻找质粒复制所必须的基因? - ？
校泳华乐： 质粒是染色体外能够进行自主复制的遗传单位,包括真核生物的细胞器和细菌细胞中染色体以外的脱氧核糖核酸(DNA)分子.现在习惯上用来专指细菌、酵母菌和放线菌等生物中染色体以外的DNA分子.在基因工程中质粒常被用做基因的载体....
呼兰区17224614133： 表达荧光素酶的质粒能不能看到荧光 - ？
校泳华乐： 表达荧光素酶的质粒能不能看到荧光 转录因子是一种具有特殊结构、行使调控基因表达功能的蛋白质分子,也称为反式作用因子.某些转录因子仅与其靶启动子中的特异序列结合,这些特异性的序列被称为顺式作用元件,转录因子的DNA结合...
呼兰区17224614133： 转录因子是什么?其与DNA结合的功能域(motif)的结构特点是什么? - ？
校泳华乐： 基因转录有正调控和负调控之分.如细菌基因的负调控机制是当一种阻遏蛋白(repressor protein)结合在受调控的基因上时,基因不表达;而从靶基因上去除阻遏蛋白后,RNA聚合酶识别受调控基因的启动子,使基因得以表达,这是正调控....
呼兰区17224614133： 如何判断某个转录因子和它的靶基因启动子序列发生了结合? - ？
校泳华乐： 简单的说法就是蛋白质和核酸结合的检测方法,一般来说,在基因表达调控中,参与调控的转录因子是各种蛋白质,因此研究转录因子的一个主要内容就是研究蛋白质与DNA之间的相互作用.主要的检测方法有:电泳迁移率改变分析足迹法染色质免疫沉淀染色质免疫沉淀一DNA基因芯片生物信息学方法荧光素酶报告系统基因表达谱芯片,经qPCR和Western进一步验证.详细可进一步查找相关文献!
呼兰区17224614133： Krüppel - like factors 是什么? - ？
校泳华乐： Krüppel样因子4(Krüppel-like factor4,KLF4)是含有3个锌指结构的转录因子,在细胞微环境中参与不同的细胞信号网络,调控靶基因的转录活化或抑制,与细胞的增殖分化、诱导型多能干细胞的生成有关,具有癌基因和抑癌基因、促炎和抗炎等双向调节功能.KLF4的表达与肿瘤的预后相关,可作为肿瘤靶向治疗的一个靶位点.FYI. 楼上已举报.
