转录组测序5-基因差异表达分析
上一期视频 基因表达定量 中，我们讨论了在cleandata数据比对至参考基因组后，获得各基因上测序序列的覆盖度，并进而将其定量为基因表达信息。在上一节中，我们基于所有基因表达的FPKM值，对样本进行主成分分析后发现，不同处理组间的样本区分明显，并能看出这种差异比同组不同重复之间更加容易识别。我们可知，肯定存在一些基因在两组间的表达水平差异很大，导致在PCA图中的两组样本的分区。结合实验设计，推测这些显著改变的基因与特定功能密切相关。
那么后续，如何根据基因表达值在不同分组间进行比较，获得处理组相对于对照组中表达值显著改变的基因，以便后续将基因表达与功能结合起来呢？本期视频继续讲解转录组测序中的关键环节，差异表达基因分析。
（1） RNAsq中常用的鉴定差异基因的统计学方法有哪些；
（2） 为什么通常使用负二项分布模型计算差异表达，而不使用常规的T检验或者是方差分析；
（3） 差异倍数fold change值指的什么；
（4） 差异表达的基因是基于阈值筛选出来的，阈值选择的标准有哪些；
（5） 与阈值接近的，可不可以算为差异基因；
（6） 不使用p调整值，而直接使用p值选择选择差异基因，是否可行；
（7） 通常样本重复数在多少是合适的；
（8） 为什么有时候qPCR结果和RNA-seq结果中，差异基因表达特征不一致，是RNA-seq不准吗；
（9） 常见图表解读，包括散点图、火山图、热图、韦恩图、时间趋势折线图等。
视频教程：
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DNA甲基化测序数据处理(一):数据比对
因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。DNA甲基化作为基因组上的表观修饰（区别于组蛋白修饰），存在于各种生物中。虽然CpG序列出现的频率并不高，但是在某些基因区域内，CpG的密度很高，俗称CpG岛。这些CpG岛大多...
新一代基因组测序目录
译者序：新一代基因组测序目录为我们揭示了这一领域的前沿进展，从Sanger DNA测序到个性化医疗的转折点。第一部分：Sanger DNA测序 Sanger测序技术作为基础，曾推动了人类基因组计划的未来发展。然而，它的局限性日益明显，但同时也为生物信息学的发展创造了机会。了解其工作原理和未来展望，生物信息学成为了...
新一代基因组测序:通往个性化医疗目录
新一代基因组测序技术正引领我们进入个性化医疗的新纪元。这一进步主要依赖于两种主要的测序平台：Illumina基因组分析仪Ⅱ系统和ABI SOLIDTM系统，以及454\/Roche GSFLX技术。它们各自在文库制备、簇创建、测序和数据分析上展现出了独特的优势。Illumina系统通过高通量测序，生成大量配对末端读序列，这使得基因组...
高通量DNA测序和基因组学新型技术目录
高通量DNA测序与基因组学的最新技术概述 在DNA测序领域，技术不断革新，推动着生命科学的前沿。第一章，从超高通量测序的生物技术价值出发，介绍了多种前沿技术，如毛细管电泳和Sanger测序，高通量毛细管微阵列测序，以及质谱测序等，这些技术在基因分型和多态性分析中发挥了关键作用。固相阵列测序装置展现了...
转录组数据分析RNA-seq
统计每个基因的读段数，通常表达为FPKM（每千个碱基的片段数每百万映射读数）或TPM（每百万转录本的片段数）等标准化指标，以消除基因长度和测序深度的影响。4.差异表达分析：使用统计模型比较不同条件或组别之间的基因表达水平，确定差异表达基因。5.生物学功能解释：对差异表达基因进行富集分析，包括基因...
转录组基础--什么是RNA-seq
NGS）又名高通量测序（High-Throughput Sequencing），是相对于传统的桑格测序（Sanger Sequencing）而言的。RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析（质控，mapping，差异基因表达分析，SNV分析等）。RNA-Seq有着巨大的应用前景。参考资料 ...
转录组分析(3) - 质量控制
Warning 警告：如果任何碱基质量低于10,或者是任何中位数低于25； Failure 不合格：如果任何碱基质量低于5,或者是任何中位数低于20。 好的测序结果中，大部分质量值的分布都在大于30的绿色背景的区域，表明质量值很高，而且波动很小，说明质量很稳定。差的测序结果中，质量值的分布都在小于20的红...
微生物16S测序数据分析思路解读
5）以及这些（个）菌是否与临床指标具有相关性（对应于菌群与临床指标的相关性分析）；也会进一步想到，既然不同组的微生物群落存在差异，又与疾病具有相关性，6）那么这些菌群是如何影响宿主的，可能参与了哪些代谢途径（对应于菌群基因功能预测）；7）这些预测到的菌群功能是否与疾病有关，通常是肯定的。
人类基因组计划
1、人类基因组测序 1990年～1998年，人类基因组序列已完成和正在测序的共计约330Mb，占人基因组的11％左右；已识别出人类疾病相关的基因200个左右。此外，细菌、古细菌、支原体和酵母等17种生物的全基因组的测序已经完成。值得一提的是，企业与研究部门的携手，将大大地促进测序工作的完成。美国的基因组...
我们应该对哪些基因组进行测序,以及如何从序列中获得有价值信息?_百度...
首先是找仅包含一个基因组的细胞。标准的人类细胞包含两组DNA，一个母体副本和一个父系副本，但该研究小组使用来自一组称为完整痣的细胞的DNA，其中包含一个父系DNA副本。完全性葡萄胎是一种罕见的妊娠并发症，由源自胎盘的细胞异常生长引起。这种方法简化了基因组，因此科学家只需要对一组DNA进行测序，而...
狂苗消咳： 转录组分析指对细胞内所有转录产物的集合的分析. 转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合. 转录组测序一般是对用...
宣州区13199392415： 转录组表达差异分析在无生物学重复的情况下可以使用什么软件 - ？
狂苗消咳： 转录组测序两个重复怎么得到最后的means 1.区分生物学重复与技术重复生物学重复:指样本重复,比如3只小鼠,同时做一种处理,就是三个生物学重复.技术重复:一般是三次实验,比如对一块组织,提了三次RNA,做三次real time. 2.设置生物学重复的意义 由于新一代测序技术的优越性以及高成本,曾一度忽略了“生物学重复”的重要性.但生物学重复对于测序实验的设计以及实验数据的解读和分析都非常重要.设置生物学重复:能够消除组内误差:生物学重复可以测量变异程度增强结果的可靠性:测序的样本数越多,越能够降低背景差异检测离群样本:异常样本的存在,会严重影响测序结果的准确性,通过计算样本间的相关性可以发现异常样本,将其排除.
宣州区13199392415： 转录组分析差异基因时的注意事项有哪些 - ？
狂苗消咳： 转录组分析差异基因时的注意事项有哪些 edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包.一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性.经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度,改进了推断的可靠性.该方法甚至能够用最小重复水平使用,只要至少一个表型或实验条件是重复的.该软件可能具有测序数据之外的其他应用,例如蛋白质组多肽计数数据.可用性:程序包在遵循LGPL许可证下可以从Bioconductor网站.
宣州区13199392415： 做转录组测序以后,还需要进行怎么样的分 - ？
狂苗消咳： 首先需要做的是将测出来的reads mapping到基因组上,与此同时可以得到数据mapping比例等信息,依靠这些信息可以进行数据质量的分析,然后还可以统计每个基因的表达情况,如果是比较不同样本之间的转录组,则可以进行差异表达基因的分析
宣州区13199392415： 有谁可以详细讲述一下二代测序下机后数据分析流程和所用到的软件及程序?？
狂苗消咳： 不同的测序项目,数据分析流程及用到的软件有些差异,以转录组测序为例,项目分析流程为:数据产出统计-数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析.用到的软件有SeqPrep、Sickle、Trinity、bowtie、RSEM、edgeR、BLAST、blast2go、blastx/blastp 2.2.24+、Samtools、VarScan v.2.2.7、 msatcommander、goatools、KOBAS.
宣州区13199392415： 在转录组测序过程中,是怎么排除扩增偏好性对基因差异 - ？
狂苗消咳： 二代测序都需要扩增,扩增过程中就免不了要遇到扩增偏好性问题:有的片段扩增的多,有的片段扩增的少.这就对后续基因的差异表达计算带来误差.第一,扩增循环数会尽量控制;第二,有很多算法或方法可以尽量控制误差,
宣州区13199392415： 如何对一组基因做信号通路分析 - ？
狂苗消咳： 般的转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路,但由于基因与表型难以直接关联,导致关键信号通路难以确定,因此往往达不到预期研究目的.相信很多做过转录组测序的老师都深有体会.总感觉中间缺少了一步?没错,就是代谢...
宣州区13199392415： 转录组测序的介绍 - ？
狂苗消咳： 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括 mRNA和非编码RNA .转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域.
宣州区13199392415： 同时对一个物种进行转录组测序和建立cDNA文库有什么好处? - ？
狂苗消咳： 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和, 是研 究细胞表型和功能的一个重要手段.与基因组不同的是,转录组的定义中包含了 时间和空间的限定.同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况 是不...
