单细胞测序数据库
三大核酸数据库的特点
三大核酸数据库的特点分别是：1、Genome收录的物种涉及所有的生物领域：细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒以及含有遗传物质的细胞器。2、Gene数据库收录全部已测序物种的基因注释信息，包括基因的名称、染色体定位、基因序列和编码产物（mRNA、蛋白质）情况、基因功能和相关文献信息等...
ncbi怎么用
理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和...
Nature综述:单细胞和空间转录组的数据整合
具体的研究步骤，首先是选出研究的关注点，之后对组织样本进行切片，通过空间标记和单细胞测序，找出高分辨率RNA探针的影像（HPRI），之后对方格进行细胞类型判别，识别出组织间的分界线，之后对细胞间的交互进行分析。单细胞和空间转录数据的结合算法，可以分为三类。第一类是逆卷积Deconvolution ，其输入是单...
单细胞测序注意事项必读
9. 高通量单细胞测序在基因检测灵敏度较低，只能检测细胞表达全部基因的top 10%~30%，表达丰度低的基因无法检出，并且在不同细胞中存在gene dropout现象，可能会出现你所关注的目标基因几乎没有检出的问题；基因检出效率理论上越高越好，落实到具体的研究中满足自己的研究目的即可；10. 单细胞测序数据解析...
国家基因库:人类存储健康信息的“生命银行”
测序就是要与正常序列比对，找出哪个细胞哪里出错。通过测序结果，分析基因突变的部分，就能够找到某个疾病对应的基因，方便对症下药。事实上，每个人一生中所有关键阶段的标本都应该永久保存起来：比如出生时的干细胞，20岁时的免疫细胞，30岁时的生殖细胞等等……而国家基因库，就是储存这些样本和数据的...
什么是基因测序?有什么应用?
在科研上全基因组测序,可以为我们提供数据库,以便分析相关的特征。 1.先解释什么是基因 人由细胞组成,大多数细胞都具有细胞核,细胞核里含有大量的染色体,染色体则由DNA双链组成,DNA链则由脱氧核糖核苷酸组成,脱氧核糖核苷酸由碱基,磷酸,含氮碱基组成。DNA上一段有遗传功能的碱基序列及碱基的排列顺序则为基因 2....
人类全基因组测序?
但目前来说，个人的全基因组还没有什么用，因为现在我们对基因组中序列的信息了解的还太少，如SNP相关疾病，多基因遗传病等。在科研上全基因组测序，可以为我们提供数据库，以便分析相关的特征。随着代号为AK1的韩国人的测序成功,目前世界上只有5个人进行了，全基因组测序，另外四个是：一名非洲优鲁巴人...
只用血液标本进行基因测序是否能检测出体细胞突变?
通常，血液样本中存在游离的DNA和RNA，可以通过二代测序检测到一些突变，但检测不完全。突变可分成生殖突变（继承，亲代染色体突变遗传到子代）和体细胞突变（生长过程中发生改变）。可以检测到突变，但不能分辨出哪些突变。目前可以分析一些生物特征识别算法，但是它们通常需要将多个样本与公共数据库进行比较，...
转录组研究技术主要有
组织，器官或发育阶段的细胞群内所生产的各类RNA分子的类型和数量。分类：真核有参有基因组序列或注释信息可以查询：LncRNA CircRNA (lnc和circ需要参考基因组比对 SmallRNA 全转录组真核无参：SmallRNA原核转录组（需要参考基因组）判断是否有参考基因组，可以在各大数据库里查找，比如NCBI。
深度学习给生物学带来了哪些改变
从头开始使用深度学习方法通过使用蛋白质测序数据改进了结构预测[38]。同样,深度学习已经被应用于使用ASTRAL数据库数据和复杂的三阶段方法来预测二级结构元素和氨基酸残基之间的接触和取向[39]。所使用的方法是分析偏倚和高度可变数据的有效工具。三维结构的不变性在功能上也是重要的。然而,有几种蛋白质没有独特的结构...
天宁区品川回答： 单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术.其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系. 从方法学角度来看,获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障.相较于以往的非线性或指数型扩增方法,由哈佛大学谢晓亮院士发明的MALBAC(Multiple Annealing andLooping Based Amplification Cycles,简称MALBAC),即多次退火环状循环扩增技术在扩增覆盖度、均一性及灵敏度方面有很大提高,是目前单细胞扩增领域的最先进技术.
典豪13297896533问： 基因密码子使用偏好与什么有关? - ？
天宁区品川回答： 由于密码子的简并性,每个氨基酸至少对应1种密码子,最多有6种对应的密码子.不同物种、不同生物体的基因密码子使用存在着很大的差异.各种生物体似乎更偏爱使用某些同义三联密码子(即编码相同氨基酸的密码子).在一些单细胞生物如Escherichiacoli、Saccharomycescerevisiae中,高表达的基因密码子的使用偏性一般比较大.这些偏好可能与两个原因有关:一是避免使用类似终止密码子的密码子;二是这些偏好能够有效地翻译密码子,因为这些密码子对应于生物体中非常丰富的tRNA.无论导致这种偏好的原因到底是什么,不同生物的密码子使用偏性的差异可以非常大.真实的外显子一般能反映出这些偏好,而随机选择的三联体序列却不能.
典豪13297896533问： 求分析流式细胞周期数据,FCS文件 - ？
天宁区品川回答： 这位同学,我下载了你的文件,用FlowJo分析了一下.首先,你的实验样本质量很差,无法看到明确的细胞群,即使是在对照组也一样.第二,染色很差,用PI染色无法看到细胞周期.第三,在采集数据的时候,没有设置单细胞gate.建议你重新做实验.尤其是染色的时候注意采用正确的步骤.上机采集数据的时候,要记录FSC-W, FSC-H, SSC-W, SSC-H.如果你的机器无法记录这些参数,至少要记录PI通道的W.这样才能判断单细胞.
典豪13297896533问： 淡水池塘健康养殖技术是什么? - ？
天宁区品川回答： 淡水池塘健康养殖技术,重视养殖生产过程中的每个细节,降低了内源性污染带来的危害,生产出的水产品品质好,符合无公害标准.该技术严格执行水产技术标准、无公害水产品质量标准、技术操作规范,应用水质调控技术、80∶20养鱼技术...
典豪13297896533问： NCBI有多少数据库,分别有什么作用 - ？
天宁区品川回答： 在生物医学信息学领域,数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同,如果要问NCBI过去,现在或将来会有多少数据库,恐怕连NCBI自己都说不清楚.要是一个一个数据库讲下来,9999个字肯定不够用.这里有一个列表供您参考http://...
典豪13297896533问： 现代微生物学的发展有哪些趋势 - ？
天宁区品川回答： 现代微生物学,随着分子生物学的发展,基因技术和基因工程的飞速进展,信息化时代的加速. 主要有几种趋势,纯粹一家之言,仅来探讨. 1、工业化、工程菌种的培育.通过基因技术手段,培养工业化菌种,然后通过发酵等手段进行生产,...
典豪13297896533问： 微生物培养动力学模型有哪些 - ？
天宁区品川回答： 微生物培养动力学模型有哪些 现代微生物学,随着分子生物学的发展,基因技术和基因工程的飞速进展,信息化时代的加速.主要有几种趋势,纯粹一家之言,仅来探讨.1、工业化、工程菌种的培育.通过基因技术手段,培养工业化菌种,然...
典豪13297896533问： 数字PCR的简介 - ？
天宁区品川回答： 在定量PCR时,我们常常纠结一个问题,究竟是相对定量还是绝对定量呢?如今,你无需纠结了,因为数字PCR(digital PCR)来了.尽管这两种技术有些类似,都是估计起始样品中的核酸量,但它们有一个重要的区别.定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量,而数字PCR则让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量.因此特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域:拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究(如等位基因不平衡表达)、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等.
