单细胞全长测序建库
微生物基因建库怎么做
因此,要从文库中分离获得目的基因完整的序列和功能信息,要求文库中的重组 cDNA 片段足够长以便尽可能地反应出天然基因的结构。 2 cDNA 文库构建的其它类型 2.1 均一化 cDNA 文库 它是指某一特定组织或细胞的所有表达基因均包含其中,且在 cDNA 文库中表达基因对应的 cDNA 的拷贝数相等或接近。WEISSMAN 早就提出了...
干货分享|三代人目标区域测序技术
Nanopore长读长测序能够直接跨越HLA区域，提供明确分型，但碱基的高错误率限制了其应用。该文章中第一阶段，选择已知HLA分型的33例样本，针对HLA I类基因 HLA-A 、 HLA-B 、 HLA-C 进行了特定基因全长扩增（扩增引物见表1），使用MinION 1D2建库试剂盒（SQK-LSK308）建库，MinION测序，使用2种HLA...
二代测序那些事
rTn5转座酶的插入位点具有很高的随机性，因此被广泛的用于体外转基因（外源基因整合到宿主细胞）和二代测序建库等领域。 rTn5转座酶可以将含有成对识别序列的双链DNA片段（如下图所示）随机整合到宿主细胞的基因组中。整合的过程分为两步：首先，rTn5转座酶同含有选择标记和识别序列的目标基因...
读《微流控芯片细胞分析》||单细胞背后的硬核技术
对内，单细胞分析是对细胞内转录翻译调控等内部信号在单个细胞条件下分子水平的测量，其目标是从单个细胞层面上理解细胞群落。对外，单细胞分析可以研究细胞的迁移，趋化，交流，培养，以理解细胞的发育与病变。一般的基于NGS的单细胞流程是，组织解离，细胞消化，上微流控反映，建库测序，下游分析。其实我们...
细胞基因组dna可以直接测序么
基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了转录组测序建库的实验方法，与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，但仅可用于基因表达差异的研究。 转录组测序是RNA水平测序，相当于DNA水平...
二代测序建库中影响接头连接效率的因素
DNA量的比值。接头连接效率是指在DNA片段两端均加上测序接头的DNA量占起始总DNA量的比值，是影响文库产量的重要指标之一，对文库的质量和产量具有重要的影响。
深度好文 | 单细胞RNA测序技术简介
解离之后的单细胞处理，包括建库和扩增，主要采用的是基于微流控（Microfluidics）技术的方法。在微流控芯片中进行细胞裂解、反转录和cDNA的扩增，之后进行测序。代表性方法是Fluidigm C1测序平台，这样的方法精度较高，成本也较高。另一种是...
易基因|全基因组DNA甲基化测序分析全流程
全基因组DNA甲基化实验怎么做?从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。表观修饰不需要改变 DNA 序列便能实现对性状的改变,表观修饰的改变与基因功能乃至细胞状态、发育、衰老、疾病等存在重要的关联。在众多的表观遗传修饰中,最为重要且研究最为广泛的修饰之一是 DNA 甲基化,而全基因组...
RNA-seq中的常见问题汇总
样本 :就是待测的DNA、RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序。 文库 :二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序。总的来说,在NGS...
CITE-seq:同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序
CITE-seq由mRNA测序和对带标签的抗体测序组成。单细胞测序的部分和10X的原理是一样的，参考： 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics 。只是CITE-seq在原有单细胞测序的基础上加了抗体，抗体可以结合到细胞表面相应的蛋白上，抗体上带有特殊的DNA标签。带有DNA标签的抗体： 抗体的设计...
察哈尔右翼前旗海盟回答： 1. 基因测序后建库还有必要性吗2. 库,不仅仅指DNA文库,还有cDNA文库.即使说DNA文库也是有必要建的,可以研究较长一段染色体DNA的多个基因功能上的关联性
东便19592928225问： 核酸测序属于中通量还是高通量? - ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 对于目前来讲,随着科技的发展,核酸的发展已经经历了几个时期,具体如下: 1、一代测序2113:一代测序中主要是对DNA来讲的,比如sanger测序,主要针对pcr产物、TA克隆、培养的质粒菌5261液等,一代测序属于低通量测序. 2、二代...
东便19592928225问： 一个细胞 可以进行基因组测序吗 - ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术.其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系. 从方法学角度来看,获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障.相较于以往的非线性或指数型扩增方法,由哈佛大学谢晓亮院士发明的MALBAC(Multiple Annealing andLooping Based Amplification Cycles,简称MALBAC),即多次退火环状循环扩增技术在扩增覆盖度、均一性及灵敏度方面有很大提高,是目前单细胞扩增领域的最先进技术.
东便19592928225问： 哪个公司可以做单细胞测序样本制备 ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 细胞是生物学的基本单位,研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较.单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组.随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实.你想做单细胞侧序样本制备的话,可以去问下菩禾生物医药技术有限公司,这个公司是专业提供生命科学技术服务的高科技企业.
东便19592928225问： 一代测序准备工作有哪些?需要建库吗 - ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 准备好纯化过的DNA模板和对应的引物就行,不需要像二代测序一样建库.
东便19592928225问： 如何降低DNA建库的成本 - ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 如果您指的是DNA二代测序建库时需要打断成特定长度的片段的话,是因为不同仪器的测序读长是不一样的,因此在建库过程中所需要的插入片段长度也有一定的限制,比如对于Illumina平台来说,DNA插入片段的长度一般在400-500bp左右,如需测通的话,这.
东便19592928225问： 样品质量不完全满足建库测序要求 怎么办 - ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 三代对于DNA有两方面的要求,首先是DNA的量,一般对于Pacbio RSII的P6-C4建库测序方式对于一个样本的DNA量都要求10ug以上总量.此外DNA的质量值也对测序结果有很大影响.影响最大的还是DNA长度,原始DNA长度直接决定最后测序获得的sub_reads的读长.P6-C4可以获得长至30kb的reads,所以原始DNA最好长度至少大于10kb以上.OD值一定程度上可以反映DNA的质量和纯度情况,如果DNA中含有如蛋白或盐离子甚至次生代谢物都会对Pacbio的测序产生影响.表现在测序数据量底下,甚至只有正常的十分之一数据.
东便19592928225问： 的DNA片段应选择哪一种测序方式 - ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： DNA片段应选择哪一种测序方式 测序有DNA测序和RNA测序,之前比较早的测序是以芯片为基础,现在常用的是二代测序,全基因组的测序以及RNA-seq,目前比较高级的还有单细胞测序.随之而来的是第三代测序技术, 第三代测序技术则是...
东便19592928225问： 单细胞测序样本可以制备吗? ？
察哈尔右翼前旗海盟回答： 菩禾有单细胞制备样本的丰富经验
