请问,GAPDH作为RT-PCR内参的原理是什么呀?我知道为什用它做内参了,就是不清楚怎么用它,谢谢啦!
你说的应该是real
time
pcr吧,注意rt其实是逆转录reverse
transcription的缩写,和real
time一定要分开来。
常说的qpcr,qrt-pcr,都是通过实时(real
time)的方法,测定样品中某个模版的起始量ct值
但是呢,由于之前rna提取、反转等步骤,各个步骤存在不同的效率,ct值并无法真实反应样品中模版的绝对量,因此,需要一个内参来做为参考。
比方说,a基因的ct值,在a样品中是18,在b样品中是20,由于a
b样品存在rna质量等等一系列不同,你无法直接就判断这个基因在a样品中的表达量是b样品的4倍。
这时候,我们需要一个内参,假如内参ct值在a样品中是14,而在b样品中是15。由于内参的稳定性,在不同样品中被认为是表达量一致的,因此,a基因的在ab样品之间的-δδct值是1,也就是表达量为2倍的关系。
这里,我们可以知道内参的作用,即通过测量内参,可以在后面分析过程中将不同样品的起始量均一化。内参需要选择在不同样品中有稳定表达量的基因,这就是为什么内参经常选择看家基因的原因。以小鼠为例,常用的内参有actin
gapdh
hprt等等。
当然,现在的很多观点认为这些基因在不同组织中丰度也不同,例如gapdh,在线粒体含量高的组织中丰度高,很多人认为用基因组dna做内参会更加靠谱,当然这是后话了,选择gapdh无碍于现阶段的实验,如果觉得不靠谱,可以选择两个内参。
你所研究的物种,应该有人已经发表过相应的内参,直接上数据库搜就可以了。
原创内容,码字不易,万望采纳。
你说的应该是real time PCR吧,注意RT其实是逆转录reverse transcription的缩写,和real time一定要分开来。
常说的qPCR,qRT-PCR,都是通过实时(real time)的方法,测定样品中某个模版的起始量ct值
但是呢,由于之前RNA提取、反转等步骤,各个步骤存在不同的效率,ct值并无法真实反应样品中模版的绝对量,因此,需要一个内参来做为参考。
比方说,A基因的ct值,在a样品中是18,在b样品中是20,由于a b样品存在RNA质量等等一系列不同,你无法直接就判断这个基因在a样品中的表达量是b样品的4倍。
这时候,我们需要一个内参,假如内参ct值在a样品中是14,而在b样品中是15。由于内参的稳定性,在不同样品中被认为是表达量一致的,因此,A基因的在ab样品之间的-ΔΔct值是1,也就是表达量为2倍的关系。
这里,我们可以知道内参的作用,即通过测量内参,可以在后面分析过程中将不同样品的起始量均一化。内参需要选择在不同样品中有稳定表达量的基因,这就是为什么内参经常选择看家基因的原因。以小鼠为例,常用的内参有actin gapdh hprt等等。
当然,现在的很多观点认为这些基因在不同组织中丰度也不同,例如gapdh,在线粒体含量高的组织中丰度高,很多人认为用基因组DNA做内参会更加靠谱,当然这是后话了,选择gapdh无碍于现阶段的实验,如果觉得不靠谱,可以选择两个内参。
你所研究的物种,应该有人已经发表过相应的内参,直接上数据库搜就可以了。
原创内容,码字不易,万望采纳。
拓展资料:
GAPDH或G3PDH是甘油醛-3-磷酸脱氢酶( glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase )的英文缩写。GAPDH是糖酵解反应中的一个酶,广泛分布于各种组织中的细胞。
该酶是糖酵解反应中的一个酶,由4个30-40kDa的亚基组成,分子量146kDa。该酶基因为管家(house keeping)基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或者组织中的蛋白质表达量一般是恒定的,且不受含有的部分识别位点、佛波脂等的诱导物质的影响而保持恒定,故被广泛用作抽提total RNA,poly(A)+ RNA,Western blot等实验操作的标准化的内参。常用的内参有,ACTB(β-actin、β-肌动蛋白)、GAPDH或18S等。目的是在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一、各孔间的温差等所造成的误差、这些都是管家基因,在各个组织中的表达量相对稳定,其中18S同整个基因谱有关(负责装配),它在总RNA中占的比例最高。
【GAPDH的作用】广泛用作Western blot蛋白质标准化的内参,即将每个样品测得的目的蛋白含量与本样品的GAPDH含量相除,得到每个样品目的蛋白的相对含量,然后才进行样品与样品之间的比较。
【GAPDH】或G3PDH是甘油醛-3-磷酸脱氢酶( glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase )的英文缩写。GAPDH是参与糖酵解的一种关键酶,由4个30-40kDa的亚基组成,分子量146kDa,检测条带大约在36kDa。GAPDH基因几乎在所有组织中都高水平表达,且GAPDH 作为管家基因在同种细胞或者组织中的蛋白质表达量一般是恒定的。
【Western Blot】蛋白质印迹法(免疫印迹试验)。它是分子生物学、生物化学和免疫遗传学中常用的一种实验方法。其基本原理是通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中表达情况的信息。
一般认为一些持家基因的表达量在不同状态下变化不大,所以可以认为它们表达是恒定的,故而用来做内参
简而言之,就是你有两个样品(譬如不同生长条件或者不同组织的),要比较其中某基因A表达转录变化,就分别比较两个样品中A相对于GAPDH的表达即可。譬如,如果第一个条件下A:GAPDH=2,在第二个条件下为4,那么在第二个条件下A基因的转录提高了一倍
请帮忙解释一下,PCR,RT-PCR,GAPDH。real time之间的联系。
那么,这个时候GAPDH就派上用场了,GAPDH是甘油醛-3-磷酸脱氢酶的缩写,这个酶的基因是看家基因,也就是在机体各组织中的表达都趋于稳定和接近,类似的还有actin蛋白,可以作为RT-PCR的内参,也就是衡量模板取样量的一个参照物。比如,在做某一基因的RT-PCR时,脑部组织和肌肉组织中该基因的拷贝数一致...
求助荧光定量PCR,我的实验组和对照组的目的基因CT值非常相近,但是两组...
GAPDH(参照基因)。GAPDH 用来作为参照是因为以前的研究表明这个基因在正常 和肿瘤组织中没有差异。样品CT p53 (目标基因) CT GAPDH (参照基因)正常(校准样本) 15.0 16.5 肿瘤(试验样本) 12.0 15.9 为了用上面介绍的方法进行相对定量分析,在检测和校准的样品中靶基因的CT 值和内参的CT 值进行...
为什么用gapdh 引物
因为是看家基因,即认为在同种样本中,这个基因在一定数量的相同阶段细胞中表达量是一致的,可以作为内参,为其他突变导致转录水平发生变化的基因进行定量或半定量
qPCR的内参,你选对了吗?
荧光定量 PCR 在RNA相对定量分析中扮演关键角色,内参基因的选择至关重要。它作为内部参照,帮助校正实验误差,确保结果的准确性。内参基因如GAPDH、β-actin等,在不同组织和细胞中表达相对恒定,用于纠正样本处理误差。内参基因的重要性在于,没有它,我们无法准确计算样本间的表达差异。例如,测定肝癌细胞A...
western blot二抗及内参怎样选择
内参bate-actin或GAPDH多为单抗,来源于小鼠,一般可与大鼠、小鼠、人、兔均有交叉反应,即可作为上述任一来源蛋白的内参。Actin分子量为42kD,为肌动蛋白 GAPDH分子量为36kD,为磷酸脱氢酶
免疫组化不出结果,我到底该怎么做
不作为最终结果),并不仅仅局限于RT-PCR、原位杂交等方法啊。免疫组化当然也可以啊,只不过一个是核酸水平,一个是蛋白水平。你可能觉得如果用GAPDH或者beta-actin做阳性对照的话,还得买抗体,呵呵!不过对于一般做蛋白的实验室,这两个蛋白的抗体都是必备的。不知楼主你们实验室有没有。
常用的内参基因及其使用范围?请大家推荐生物方面的论坛
HSV感染下用作标化内参基因排序 其研究发现,在应用 pcDNA3.1 载体进行表达研究时,相比之下 GAPDH 作为内参效果更好更为适合和稳定 RT-PCR方法,检测乳腺肿瘤及其邻近乳腺组织中的IL-8mRNA及内参GAPDH的表达水平知乳腺癌组织 高表达IL-8,可作为评价乳腺癌进展 及判断预后 的指标 H MBS 和 C- TBP...
哪位知道GAPDH内参有什么优点?
内参照是与目的基因加于同一反应管中,与目的基因同时进行扩增,以反映体系中可能出现的PCR影响因素,此即所谓的竞争性PCR;而外参照则是参照物与目的基因的扩增分别在不同的管间进行,此即所谓的非竞争性PCR。◆搞清了内参和外参的概念,你的问题也就很容易解答了:由于你实验中GAPDH和目的基因反应体系...
[qPCR 专栏] 相对定量那些事儿(5)-内参基因的选择
内参基因:稳定表达的基石在样本间比较目的基因表达时,内参基因的作用不言而喻。通过比较与对照样本中目的基因的Ct值,内参基因作为“校准器”,帮助我们消除上样量和操作误差的影响,得到准确的相对表达量。理想的内参基因应具有高度稳定性和广泛表达性,如GAPDH、β-actin、18S rRNA等,它们在各种细胞和...
酶活性的调节方式(一)
负协同的典范:GAPDH 负协同酶如GAPDH,其四个亚基表现出独特的Km值变化,揭示了构象对反应速度的深远影响。在生理状态下,这种调控机制确保了酵解反应的持续进行,同时避免了NAD+过剩带来的问题。思考的火花 别构抑制与非竞争抑制是否同根同源?别构抑制剂,是调控工具,还是单纯的阻碍者?这些问题,留给...
裔乳西力:[答案] 一般认为一些持家基因的表达量在不同状态下变化不大,所以可以认为它们表达是恒定的,故而用来做内参 简而言之,就是... 要比较其中某基因A表达转录变化,就分别比较两个样品中A相对于GAPDH的表达即可.譬如,如果第一个条件下A:GAPDH...
荔城区19240736860: 做RT - PCR的时候为什么要设置标准反应体系和管家基因反应体系? - ?
裔乳西力: 在做QRT-PCR时,一定要有内参,即在PCR时,每个标本都要做对应的内参,而且每次都是看家基因,一般用bate-actin,有时也用GAPDH.内参的选择:普通PCR内参的大小没有多大要求,但real time一般选择300bp以下.它的作用在于你提取的RNA逆转录成cDNA时,加入的浓度可能会不一致,即使用分光广度计测其浓度,也会有仪器误差,跑出的条带要进行灰度分析.用目的基因的积分光密度比上内参的光密度就是你这个基因实际表达的量.希望对你有所帮助.
荔城区19240736860: 常用的内参基因及其使用范围?请大家推荐生物方面的论坛 - ?
裔乳西力: 内参即是内部参照,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物 你可以去生物帮那里了解这方面的信息,那儿技术文档、视频资源丰富,我很喜欢到那里找想要的东西,而且还有很多软件可以下载,...
荔城区19240736860: 做RT - PCR内参的作用是什么?应该如何选择管家基因啊? - ?
裔乳西力: 内参的选择:普通PCR内参的大小没有多大要求,但real time一般选择300bp以下 它的作用在于你提取的RNA逆转录成cDNA时,加入的浓度可能会不一致,即使用分光广度计测其浓度,也会有仪器误差.PCR时,每个标本都要做对应的内参,...
荔城区19240736860: real - time pcr 能测相同个体不同基因之间的的表达差异吗 - ?
裔乳西力: 可以放在一起比较,同一组织中有一些特定表达的基因如β-actin、GAPDH之类的,你可以选择合适的一种作为内参基因,同一个样品的cDNA或者RNA进行目的基因(一个或多个)和内参基因RT-PCR后比较你的目的基因和内参基因的Ct值,使用△△Ct法计算出目的基因与内参基因的比例,这样也就可以比较出你的不同目的基因之间的比例
荔城区19240736860: 请帮忙解释一下,PCR,RT - PCR,GAPDH.real time之间的联系. - ?
裔乳西力: 看来是做RT-PCR的, PCR是聚合酶链式反应,也就是体外特异性扩增DNA片段,是所有PCR技术的基础; RT-PCR有2种理解,即反转录RCR(reverse transcription PCR,以RNA为模板扩增DNA)或实时PCR(real time PCR),很显然,您指的...
荔城区19240736860: RT - PCR数据分析 - ?
裔乳西力: 需要样本间平行比较.目的基因/GAPDH比值越大,说明目的基因表达量越高.比如1号样本目的基因/GAPDH比值等于0.5;2号样本目的基因/GAPDH比值等于0.8;那就说明2号样本中目的基因的表达量比1号样本高.
荔城区19240736860: 这是我设计的罗非鱼GAPDH基因的引物,各位高手看看有没有什么问题啊?最近我跑RT - PCR老失败! - ?
裔乳西力: 做RT首先确定RNA没有问题,这是前提;然后你这对引物,即使是直接扩增DNA也比较困难,给你俩建议,第一,尽量把突变的碱基放在最5端的位置,你的下游引物突变点有点靠近中间了,不是特别好;第二,把你的引物加长一些或者是设置在GC含量相对高一点的位置以使其退火温度高于60度,这样只要你的RNA没有问题就一定做得出来.你要想用现在的这对引物可以,建议你换好的酶,不然不好做.PP并不是设计引物好的软件,但不知道为什么国内都用它,其实它很业余.
荔城区19240736860: 做RT - PCR内参的作用是什么?应该如何选择管家基因 - ?
裔乳西力: 内参就是在cDNA里面的啊 比如你有三种反转录的cDNA 就分别用内参的引物做三组 和目标基因一起做就行了 不过是要单独加 不是和目标基因的引物加在一个孔里
荔城区19240736860: 我想做PCR内参选beta - actin还是GAPDH好 - ?
裔乳西力: 常用的蛋白内参有 beta actin 和 GAPDH,它们是有区别的 GAPDH分子量为146KD,检测条带大约在36kD,beta actin分子量为42KD.一般选择内参与要检测的目的蛋白的分子量最好相差5KD以上另外,细胞总蛋白的Western Blot的内参蛋白一般用 beta actin ,膜蛋白的Western Blot一般用GAPDH为内参