绘制ROC曲线、找截断值的两种软件操作方法

作者&投稿:圭壮 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
~ 如何用SPSS和Medcalc来绘制ROC曲线,并找到截断值。

假设某实验室人员选用一种新方法对同一批患者进行了诊断,患者的真实状态已知。actual代表真实患病状态,即以金标准(如病理诊断)判断是否患病的结果,其中1代表患病,0代表不患病;assay1代表一种新检验方法测量的结果。

一、用SPSS进行ROC曲线的绘制

1. 选择Analyze→ROC Curve…

2. 主对话框设置 :将已知的疾病情况actual送入State Variable框中,assay1送入Test Variable中,并在Value of State Variable框中填1(即代表患病状态),在Display中选择所有,其中Coordinate points of the ROC Curve会给出曲线上的坐标点→OK。

3. 结果

(1) ROC曲线

(2) ROC曲线下面积:从Area Under the Curve的结果可知,assay1的ROC曲线下面积为0.856(95%置信区间:0.825-0.886,P<0.001)。

(3) ROC曲线上的坐标点:如下图所示,我们可以根据Coordinates of the Curve的结果可以得到一系列灵敏度和1-特异度的值。

要想获得截断值,就是最接近左上角(0,1.0)的点所对应的坐标点,我们可以将这两列值复制到Excel表中,根据正确指数最大选出最佳临界点。

正确指数又称约登指数(Youden’s index),表示检验方法发现真正病人与非病人的总能力,是灵敏度与特异度之和减去1,即约登指数=灵敏度+特异度-1,在Excel中,用灵敏度-(1-特异度)得到的就是约登指数,对相减的结果进行排序,可以得到正确指数的最大值,即最佳临界点。

操作:将数据复制到excel中,计算灵敏度-(1-特异度),选中D列,进行降序排列,得到约登指数的最大值约为0.5631,对应的灵敏度≈90.2%,特异度≈(1-0.338)=66.2%。

二、用Medcalc进行ROC曲线的绘制

1. 数据录入 :Medcalc的界面与SPSS相似,但是没有变量视图。我们可以将SPSS中的数据直接复制到Medcalc中,在最上面一行填写变量名称;另外,如果原始数据在Excel中,可以用Medcalc直接打开Excel文件。

2. 在标签栏中 选择Statistics——ROC curves——ROC curve analysis…

3. 主对话框设置 :在Variable一栏中选择我们研究的变量(也就是assay1),Classification variable一栏中选择诊断结局(actual),其他可以按原始设置→OK。

4. 结果

我们可以直接得到ROC曲线以及诊断试验的最佳诊断标准,即截断点。该截断点的灵敏度和特异度如图所示,灵敏度为90.2%,特异度为66.2%,与上面我们用Excel计算的结果一致。相比之下,Medcalc软件直接给出最佳截断点,比SPSS更加方便快捷。

另外,Medcalc给出了诊断试验的样本量、ROC曲线下面积和约登指数,可以看到ROC曲线下面积为0.856(95%置信区间:0.827-0.881,P<0.0001),并给出了最佳临界点对应的约登指数,为0.5631,与我们上面计算的结果一致。此外,也给出了ROC曲线坐标点灵敏度和特异度的95%置信区间,以及阳性似然比和阴性似然比。

本文中只讲述了通过约登指数最大找截断值的方法,是比较常用的方法。然而,根据研究目的不同,选取截断值还有其他的准则,如95%灵敏度原则或95%特异度原则等,需根据实际研究目的来确定。

转自 知乎 医小咖  https://zhuanlan.zhihu.com/p/27671234


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于急金抗: 主体就是用matlab自带的plotroc实现的.就是前面加进了一些预处理.可以绘制任何类别数目的数据的ROC,数据的类别标签可以任意.(不一定非得是 +1 和 -1 ) lssvm中有可以绘制ROC曲线的函数,但类别的标签只能是 - 1 和 +1 程序很简单.但前面的预处理挺有意思.以及后面与plotroc结合的地方我煞费了一点心思(最后是用eval实现的).

岳普湖县18329442897: matlab roc曲线怎么画 -
于急金抗: 直接用plot函数就可以 你可以把你的数据贴上来 plot(x,y1,x,y2,x,y3,xy4,x,y5) 然后再加上legend就可以了

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