测序仪illumina
独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇)
Illumina，作为测序领域的主导企业，凭借70%的市场份额，引领着行业的发展。这家公司的源头可追溯到1998年，由四位博士在加州圣地亚哥创立，其主要业务是销售微阵列芯片，并于2000年在纳斯达克上市。2006年，Illumina收购Solexa，引入了新一代高通量测序技术，从而确立了其在市场上的主导地位。在Illumina的产品...
illumina测序原理
测序后生成的文件为fastq格式，每4行为一个read，read第1行：空格左边（从红色的1开始）为ID信息，DJG8...为测序仪信息，后边数字代表是测序仪运行的第272次。空格右边为barcode信息，用于区分样品。第2行为测序结果序列信息。第4行为碱基质量值。
Illumina测序原理
只留下通过共价键连接的正义链。 同时，DNA链的3'端被封锁，以防止与oligo的非特异结合。1）read1读取 溶液状态：加入中性溶液，使其适应测序阶段。 所需原料：加入read1测序引物，荧光标记的dNTP，DNA聚合酶 测序过程：2）读 index1 序列 因为测序仪的测序通量很大，一个样本用不到...
NGS中的错误总结(三)——Illumina平台错误率评估
该文章在Illumina测序仪上对单条序列进行了测序,并对获得的数百万reads进行了分析。得出了以下结论: 1、尽管PCR这一步骤被传统认为是NGS中主要的错误来源,但在本研究中样品制备过程的index-PCR步骤没有对错误率造成影响;2、pre-phasing 效应在测序过程中持续存在;3、测序平均错误率为每碱基0.24±0.06%,序列突变的百...
Illumina Hiseq\/Miseq测序原理简介
一、Solexa测序技术前世今生（——Illumina平台）Solexa高通量测序技术是由英国剑桥大学派生的Solexa公司建立起来的。该方法以单分子阵列技术为基础，是对合成测序技术的发展与延伸。二、测 序 原 理 Solexa是一种基于边合成边测序技术（Sequencing-By-Synthesis，SBS）的新型测序技术。通过单分子阵列实现在...
二代测序fastq序列名称格式(illumina NGS)
在fastq文件里，会用4行文本来表示一条序列：在fastq文件里，会用4行文本来表示一条序列：其中第一行文本是序列的名称（read name 或者说read ID），包含了非常多有用的关键信息，每部分信息之间用 ':' 分隔开，从左到右依次看过去：SIM 表示 instrument ID（即测序仪的硬件ID）1 表示 run numbe...
小白的生信笔记(1)——高通量测序的一些基础知识
Illumina的测序仪的数据产量高,数据质量也是最高的。因为采用带终止基团的荧光dNTP,所以在测Homopolyer(碱基同聚物,例如一串4个T:TTTT)等的时候,不会产生移码错读。 Roche 454采用的是pyrosequencing的测序原理,通过水解DNA全成过程中所产生的焦磷,放出光,通过测这光来读出序列。优点是读长最长。但是数据产量是最...
测序相关知识总结
Illumina的测仪序会自动地对一个read(序列)的质量可靠性进行打分。 对于前25个碱基中的是否有两个碱基的识别可靠性低于0.6,是PF的判断标准。这句话翻译成较容易理解的话: 就是前25个碱基中,如果低质量的数据有2个或更多,则这条read被判定为不合格,PF就不通过。反之,则质检通过。 PF是国际公认的质检标准。
剑川县复方回答： Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的,一般的一张flowcell是一个run,像Hiseq2500的话是2张flowcell,也就是一次运行的测序量.每张flowcell上通常都有多个通道,每个通道可以单独测不同的样品,这样的通道就是lane.Hiseq2500的一张flowcell有8条通道,也就是8个lane. 如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品,互不干扰,如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了.
望池18454974075问： 为什么 Illumina 最新测序仪能将全基因组测序价格降至 1000 美元 - ？
剑川县复方回答： 最主要的是技术的更新,另外还有一部分是市场的占有策略. 1,测序技术的改进:全基因组主要应用的是illumina的Hiseq X10的测序平台,该平台在图片信息处理和flowcell上都有很大的改进(原来是平板上长簇,现在上面有小孔),另外在扩增的技术上也有一点改进(RPA扩增技术).以上几点使得数据的通量大大调高.所以相应的测序价格也会降低. 2,市场占有策略:这一点我个人理解比技术更新更重要,illumina的战略思路,占有测序市场.其实illumina的Hiseq X10的测序平台试剂要比其他平台的试剂便宜很多.不过这个平台签有协议,只能做人的全基因组重测序项目.
望池18454974075问： 现在市面上的基因测序仪 哪个牌子好?要是人基因全序列的 - ？
剑川县复方回答： 现在测序仪占最大头的是illumina,数据量最大,通量高,准确性也还可以,还有就是roche的454,这个平台读长长,准确性高,但是数据量小;然后就是life technology的PGM,这个速度快,数据量小,现在新出的Proton数据量会提高到100G,不知道准确性如何;这些平台都是可以测全基因组的!
望池18454974075问： 高通量测序 Illumina HiSeq 2000 和Roche454 两种平台的区别 - ？
剑川县复方回答： 这两个测序平台的区别可以参考http://www.majorbio.com/Platform/Roche454 一般做mRNA高通量测序,主要目的是要得到特定条件下的基因表达的差异,所以要有一个标准样品做对照.比如正常生长的细胞和药物处理之后的细胞样本抽提mRNA然后建库测序.如果样本中的结缔组织不是研究对象且无法去除,那么设置对照样本的时候也要选取同样的部位的组织样本.
望池18454974075问： Illumina adaptor是如何连接在片段上的呢?连在5'端还是3'端,还是两端都连? - ？
剑川县复方回答：[答案] illumina 的接头是两头都接上,illumina测序中有成簇这一步,需要两头接头 不过illumina测序分为单端和双端,单端的话虽然接了两个接头,但是只有一个接头有测序引物.双端测序双端都有测序引物.
望池18454974075问： illumina测序为什么要消化第二链 - ？
剑川县复方回答： illumina测序现主要是两端测序,其测序策略为测DNA一条链的前100bp,然后再测两一条链的另一端的100bp,所以在illumina测时候是一条链一条链的测序的.这也是为什么后面要消化掉第二条链的原因.
望池18454974075问： illumina测序为什么要pcr扩增 - ？
剑川县复方回答： 可能是你的pcr比较短,一个测序反应就可以了,同时你没有要求测通,因为由于测序原理的原因,从测序引物开始的前几十个碱基是不准或者测不到的,所以如果想知道一个pcr的全部序列就需要一对引物进行双向测序,另一条引物可以是你的扩增引物也可是根据已测序列设计的反向引物.
望池18454974075问： 能简单说说测序仪是什么原理吗 - ？
剑川县复方回答： 什么测序仪,现在主要的测序有一代二代三代,一代测序主要原理就是sanger测序法,也叫双脱氧末端终止法,二代测序主要是illumina 的边合成边测序的方法,还有life的H变化导致的ph变化的半导体芯片法,三代测序主要是长链测序,但错误率较高,比较少用,主要是单分子测序法.
