因美纳illumina
作者&投稿：孟罗 （若有异议请与网页底部的电邮联系）
天政17216987052问： 高通量测序 Illumina HiSeq 2000 和Roche454 两种平台的区别 - ？
望谟县酒石回答： 这两个测序平台的区别可以参考http://www.majorbio.com/Platform/Roche454 一般做mRNA高通量测序,主要目的是要得到特定条件下的基因表达的差异,所以要有一个标准样品做对照.比如正常生长的细胞和药物处理之后的细胞样本抽提mRNA然后建库测序.如果样本中的结缔组织不是研究对象且无法去除,那么设置对照样本的时候也要选取同样的部位的组织样本.
天政17216987052问： illumina 有哪些测序仪 - ？
望谟县酒石回答： Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的,一般的一张flowcell是一个run,像Hiseq2500的话是2张flowcell,也就是一次运行的测序量.每张flowcell上通常都有多个通道,每个通道可以单独测不同的样品,这样的通道就是lane.Hiseq2500的一张flowcell有8条通道,也就是8个lane. 如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品,互不干扰,如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了.
天政17216987052问： illumina测序为什么要pcr扩增 - ？
望谟县酒石回答： 可能是你的pcr比较短,一个测序反应就可以了,同时你没有要求测通,因为由于测序原理的原因,从测序引物开始的前几十个碱基是不准或者测不到的,所以如果想知道一个pcr的全部序列就需要一对引物进行双向测序,另一条引物可以是你的扩增引物也可是根据已测序列设计的反向引物.
天政17216987052问： 什么是单向测序 - ？
望谟县酒石回答： 单向测序要看是在第一代sanger法 还是第二代测序了.第一代的话 单向是指从一个方向测,最多大概能到1000BP左右,如果你的序列长于这个数量的,你就要考虑双向,或者是测通.第二代的话,就比较麻烦了,以illumina为例,单向1X50,以构建文库的时候,测序一个单向50bp,对应的双向的意思是测完一个单向后,从另外的一条链在测一次.这里面涉及很多问题,如文库的构建,用的测序平版的差异等等.
天政17216987052问： SNP基因分型的主要方法？
望谟县酒石回答： 1.TaqMan探针法 针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增.探针的5'-端和3'-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团.当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合...
天政17216987052问： 如何向NCBI提交序列 - ？
望谟县酒石回答： 1.整理序列信息:包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果,包括序列全长大小,开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息,这对于接下来的快速准确提交序...
天政17216987052问： 为什么 Illumina 最新测序仪能将全基因组测序价格降至 1000 美元 - ？
望谟县酒石回答： 1000美元是单个样本检测的成本,实际上使用x-ten进行测序的费用是很高的,因为一次可以检测很多人所以把成本降下来了而已
天政17216987052问： 什么是高通量测序 - ？
望谟县酒石回答： 高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称“下一代”测序技术(＂Next-generation＂ sequencing technology),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志. 根据发展历史、影响力、测序原理...
天政17216987052问： illumina测序技术术语 lane和run是什么意思? - ？
望谟县酒石回答： lane表示测序芯片上的一条流通槽,测序文库与试剂均在里面,测序信号的扫描也是按照一条lane上的一个tile进行. run翻译成中文是运行的意思,这里也是这个意思,就是机器运行一次的意思.
天政17216987052问： Illumina二代测序的比较完整的介绍,比如什么是文库,什么是测序深度 - ？
望谟县酒石回答： 基因测序(分为 DNA 和 RNA)是指通过一定的技术手段分析 DNA 或者 RNA 片段中的碱基序列,也就是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T,RNA 为尿嘧啶 U)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤的(G)排列方式,从而为生物学 和医学的研究发现提供支持.评价测序技术有多个重要的参数(图表 1),这些参数之间存在相关 性,比如测序读长越长,读段后半部分的碱基测序准确率都会比较低. 测序技术的评价应该综合考虑这些参数.
