qpcr设计引物以mrna为模板还是以cdna为模板
对绝大多数基因而言，基因组DNA和cDNA差别很大，序列上有内含子的区别。
首先你得明确你要什么，你要的片段在基因组和cDNA中的什么位置。如果仅仅是外显子中的一部分小片段，那用cDNA和基因组DNA设计引物也许没啥差别，但是如果你要的片段跨越了一个外显子，这时候就得分开考虑了。
cDNA和mRNA的序列是互补的，如果用两个引物，最后的两条DNA序列分别对应于mRNA和cDNA中的一段。由于引物方向从5‘至3’，所以两个引物对应于mRNA和cDNA中相应序列即可。
当然是cDNA了，mRNA还没有被剪切就有可能有内含子，如果你的基因没有内含子的话，DNA，cDNAmRNA都是无所谓的mRNA为模板。
我之前做是以cDNA的，其实只有一点差别而已
请问一下PCR中的一些技巧
[1] PCR引物设计的原则 引物设计有3 条基本原则:首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。 具体实现这3 条基本原则需要考虑到诸多因素,如引物长度(primer length),产物长度(product length),序列Tm 值(melting...
同一模版DNA在进行PCR扩增时是不是需要不同的两种引物?为什么资料上...
这里还需提醒的是3′端不要终止于密码子的第3位，因为密码子第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。综上所述我们可以归纳十条PCR引物的设计原则：① 引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。② 产物不能形成二级结构。③ 引物长度一般在15~30碱基之间。④ G+C含量在40%~60%之间。⑤ ...
使用NCBI设计qPCR引物方法
长度、Tm值等特性挑选合适的引物，虽然软件给出的分数仅供参考，但掌握该工具能显著提升实验效率。总的来说，NCBI的Primer designing tool以其便捷性和预测特异性，简化了qPCR引物设计过程，为分子生物学实验提供有力支持。通过精细调整参数并挑选优秀引物，科研者能够得到满足实验需求的高质量PCR引物。
m13怎样做引物进行测序
通过测序平台读取DNA序列信息，并与预期的M13引物序列进行比对分析。根据比对结果，可以得到目标基因的序列信息，进一步分析基因的功能、变异等情况。M13引物测序是分子生物学研究中的常用技术，广泛应用于基因克隆、表达分析等领域。在设计引物、PCR扩增、产物纯化和测序分析每一步都需要精确操作，以确保测序结果...
实时荧光定量PCR中两种引物的设计有什么要求
参照以下real-time PCR引物设计原则：1.最好位于编码区5’端的300-400bp区域内，可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。2. 产物不能形成二级结构（自由能小于58.61KJ\/mol）。3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。4.G+C含量在40%~60%之间，45-55％最佳。5.碱基要随机分布，...
巢式PCR中的引物怎么设计
同样保持约10bp的重叠。因为内引物PCR后的产物可能会缺失部分序列，这时可以设计第三对引物，即外引物和内引物的拼接序列。通过这种方法，可以弥补缺失的碱基序列，实现完整序列的扩增。总的来说，巢式PCR的引物设计需要考虑目标序列特性和重叠区域的长度，以确保PCR过程的高效和准确性。
引物设计原则
7、引物二聚体及发卡结构的能量的绝对值一般不要超过4.5，否则容易产生引物二聚体而且会降低引物浓度从而导致PCR不能正常发生。8、3端最好不要是连续碱基，GGG或CCC会导致错误的引发，同时3端最后一个碱基最好不要是A或T，若是，会导致错配。9、以公式Tm=4*（G+C）+2*（A+T）-5计算Tm值，...
跪求PCr引物的问题 为什么底下的那个叫上游引物
端连续的GGG或CCC序列，因为这可能导致错配。此外，3'端的最后一个碱基对PCR反应效率有很大影响，末尾为A的引物错误配对率较高，因此应尽量避免在引物3'端使用A。以上关于PCR引物的描述，其核心在于选择合适的引物方向和序列设计，以确保扩增过程的准确性和效率。以上信息来源于百度百科的PCR引物条目。
PCR引物问题
你是要问PCR引物设计的原则吗？欢迎追问 设计引物应遵循以下原则：①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。②引物扩增跨度：以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上...
pcr扩增的引物怎么设计
引物应设计在目标DNA序列的保守区域，以确保与目标DNA的特异性结合。同时，应避免与非目标DNA序列的互补配对，以减少非特异性扩增。5. 避免引物二聚体和发夹结构的形成：引物间不应存在互补配对，以避免形成引物二聚体。此外，引物自身也不应形成发夹结构，因为这可能降低引物的有效浓度，影响PCR效率。例如...
称祝愈三：[答案] 当然是cDNA了,mRNA还没有被剪切就有可能有内含子,如果你的基因没有内含子的话,DNA,cDNAmRNA都是无所谓的
涉县13377591513： pcr引物设计是根据原基因的编码链 还是模板链 有关系嘛 - ？
称祝愈三： 引物设计与编码链与模板链都没有关系,根据你讲的后期表达,说明需要表达出这种蛋白,那么你的PCR应该是以这段基因的mRNA为模板来设计引物,这样才是外显子所需要表达翻译的蛋白.生物都是基因转录mRNA为模板来翻译蛋白,同理,我们的蛋白表达也是mRNA为模板连接到载体翻译蛋白,这样就不会有问题.
涉县13377591513： 请问引物设计是用mRNA和其内部的CDS为模板都可以吗? - ？
称祝愈三： mRNA和CDS的序列是一致的,只不过是RNA和DNA的U和T的区别. PCR是合成DNA,当然是用CDS了.CDS是编码序列,染色体的DNA是体内转录后剪切才表达,构建质粒的DNA在体外细胞内培养剪切不了. 酶切位点的选择是根据构建质...
涉县13377591513： PCR反应的引物有何种要求? - ？
称祝愈三： PCR引物设计的11条要求 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计. DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的.在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是...
涉县13377591513： 为什么用RNA为模板,以基因组设计引物可以PCR出产物 - ？
称祝愈三： 我来回答一下吧: 1.T/A cloning 这种克隆方式利用的是,一般PCR所用的DNA聚合酶具有在PCR产物3'端添加一个碱基A的特性,也就是说,实际上常规PCR的产物并不是平末端的,而是有一个突出的A碱基,为了对PCR产物进行高效的克隆...
涉县13377591513： 以mRNA序列设计的引物扩增以cDNA为模板的序列得到的是什么?得到的序列是和mRNA一样的是吧? - ？
称祝愈三：[答案] 没有内含子的cDNA序列
涉县13377591513： 引物设计问题,以mRNA序列设计引物,然后用cDNA为模板来扩增,在设计引物时mRNA序列是否要反转序列?我想的是,不反转的话设计的引物是和... - ？
称祝愈三：[答案] cDNA和mRNA的序列是互补的,如果用两个引物,最后的两条DNA序列分别对应于mRNA和cDNA中的一段.由于引物方向从5'至3',所以两个引物对应于mRNA和cDNA中相应序列即可.
涉县13377591513： 以cDNA第一链为模板的PCR是以什么设计引物的 - ？
称祝愈三：[答案] 一般以mRNA为模板设计引物扩增目的片段.
涉县13377591513： 反转录PCR引物如何设计?已经得到cDNA第一链,引物设计是以cdna为模版,设计上下游引物吗?？
称祝愈三： 不,需要两条,因为随着你PCR的进行,另一条互补链会被引物扩增出来,因此你需要两条引物都加进去.
涉县13377591513： 荧光定量PCR引物设计用什么序列,是该基因的基因组序列吗 - ？
称祝愈三： 用mRNA序列,因为你是要做Q-PCR来扩mRNA,所以首先在genebank上找到你要做的目的基因的mRNA,然后再用NCBI自带的primer-blast设计即可
