转录测序中的nr，nt，swissprot，cog，kegg，go分别是什么意思

基因注释包括g0/cog/kegg，阐述什么是g0/cog/kegg注释及其注释的主要方法~

基因组注释分析主要包括哪些内容
基因组注释包括以下方面的内容：

（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。

（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测，预测编码基因的外显子结构。

（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息(bioinformation)学预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。

（4） 调控序列和假基因的预测。

基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。

基因注释cog和keeg的区别
基因组注释包括以下方面的内容：

（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。

（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测软件，预测编码基因的外显子结构。

（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息(bioinformation)学软件预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。

（4） 调控序列和假基因的预测。

基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。

NR库属于非冗余蛋白序列数据库，是NCBI官方的蛋白序列数据库，数据来源于GenPept、SwissProt、PIR、PDF、PDB以及NCBI RefSeq，是默认的蛋白比对数据库。
NT数据库是美国国家生物技术信息中心NCBI官方的核酸序列数据库，NT库属于非冗余核酸序列数据库,数据来源于GenBank、EMBL 以及 DDBJ，是NCBI默认的核酸blast比对数据库。
SwissProt数据库是检查过的、手工注释的蛋白数据库，我们将Unigene注释到SwissProt数据库，以得到更加高质量的注释结果。
COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物，KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库包含了7个完整基因组的真核生物的直系同源家族蛋白, 构成每个 KOG 的蛋白集是被假定为来自于一个祖先蛋白，根据系统发生进行分类，一般COG指原核生物，KOG指真核生物，KOG与COG提供了相似的基因同源物的分类信息。
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是处理基因组、生物通路、疾病、药物和化学物质之间联系的集成数据库。 KEGG用于生物信息研究等，包括基因组，代谢组学等其他组学的数据分析，涵盖了Drug Development(药物开发)、 Cellular Processes(细胞过程)、 Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、 Human Diseases(人类疾病), Metabolism(代谢)、 Organismal Systems(有机系统)等方面。
GO( Gene Ontology ): 基因本体。生物技术的发展迅速，数据越来越多，不同数据库命名标准不统一，为了解决不同的生物学数据库可能会使用不同的术语的问题，从而基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)开发GO来描述基因在分子、细胞和组织水平的功能体现。GO的基本描述单元是GO terms。GO主要包括三个分支: 生物过程(biological processes)、分子功能(molecular function)和细胞组成(cellular components)，用于描述基因产物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三种互作关系。

基因组注释分析主要包括哪些内容
基因组注释包括以下方面的内容：

（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。

（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测软件，预测编码基因的外显子结构。

（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息(bioinformation)学软件预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。

（4） 调控序列和假基因的预测。

基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。

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镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 怎样检查基因组注释结果的可靠性 - ？
掌武甘草： 基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释.我们将分别对这四个领域进行阐述. 1:重复序列的识别.重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat...

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 植物转录组测序时得到的中unigenes和transcripts的区别是什么 - ？
掌武甘草： 分析测序结果,筛选出与皮肤生长发育相关的基因.将样本的有效reads合并,通过测序总共获得377,618条Unigenes, Unigenes的平均长度是680 nt,最长的序列长达

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： SNP功能注释怎么做 - ？
掌武甘草： 该分析模块是对基因组预测编码基因后的基因本体功能分析.主要内容包括(1)通过NCBI NR, NT, Ensemble GO 等国际权威数据库识别新基因的功能.(2)结合其他NSAM方案,如比较基因组学的诸多分析方案,获得近源物种的同源基因,得到该当前物种的特有基因和可能参与的新功能,新代谢通路和信号转导通路.如果配合SNP和进化分析,可以获得基因的选择压和进化距离,进而分析该物种的进化起源.(3)比较多物种基因组中基因成分在gene和gene cluster层面上比较多物种基因成分的共性和差异性获得该未知物种不同条件下的转录组数据,分析转录组数据中基因的功能本体.

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 终止DNA转录的方式 - ？
掌武甘草： 原核生物转录的终止 一. 终止子的种类 1.不依赖 ρ因子的终止子(内在终止子) :体外实验中,只有核心酶和终止子就足以 使转录终止. 2.依赖ρ因子的终止子:蛋白质辅助因子--ρ因子存在时,核心酶终止转录. 上述二者有共同的结构特征(序...

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 原核转录组 为什么做不了基因结构优化 - ？
掌武甘草： 原核与真核在 DNA 水平上,都是启动子与终止子组成操纵子结构,转录是从启动子内部的 转录起始位点开始,终止子处结束,转录出来的部分包括 3' 、5'UTR 样品处理 对于样品处理中 rRNA 的去除,除了 mRNA 以三磷酸盐开始其他均已单...

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 分子生物学初步,谢谢回答啊,有关microRNA的 - ？
掌武甘草： 分编码区和非编码区是按照是否编码蛋白质来分的,也有不编码蛋白质却也转录的区域,这就是非编码区的转录.在mRNA中,除了编码区以外,在5'段和3'端还有非编码区;当然tRNA、rRNA、miRNA等都是非编码区转录的.22nt就是22个核苷酸的大小,nt:Nucleotide miRNA(就是microRNA哈)其实是很长的,不止22个nt,但是它主要的作用片段是22个nt左右.在miRNA首先转录的时候,是形成pri-miRNA,然后经过剪切形成pre-miRNA,最后才成熟为miRNA,作为细胞内源性的小干扰片段,调节多个代谢途径.(当然也有行为诡异的,略过不提.在大学学习中不需要掌握这么具体的内容,你就当课外知识来看吧~)

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 什么是非编码rna - ？
掌武甘草： 非编码RNA(Non-coding RNA)是指不编码蛋白质的RNA.其中包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等多种已知功能的 RNA,还包括未知功能的RNA.这些RNA的共同特点是都能从基因组上转录而来,但是不翻译成蛋白,在RNA 水平...

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： NCBI 的 nt nr 数据库是什么? 求解释~ - ？
掌武甘草： nr 是非冗余的简写non-redundant

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： 非编码rna调控基因表达有哪些作用方式 - ？
掌武甘草： 定义: 微RNA(microRNA, miRNA)是一种存在于病毒和高等生物中进化高度保守的内源性非编码RNA.在人类基因组中有2%~3% 的基因是编码miRNA 的.绝大多数miRNA 通过与靶mRNA 的互补配对,在转录后水平沉默基因的表达从而使细胞...

镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县13415447927： rrna与trna基因启动子有何特点 - ？
掌武甘草： tRNA,rRNA和mRNA都是DNA转录时产生,只不过他们分别经历了不同的“加工”不知道你多大了,如果是高中生那么你知道这些就够了.如果是大学生那你就得仔细看看咯,有一些资料我帮你转过来(一) tRNA的加工 原核的tRNA初始转录本...