RT-PCR是,内参是什么时候加入,作用是什么?谢谢
你说的应该是real time PCR吧,注意RT其实是逆转录reverse transcription的缩写,和real time一定要分开来。
常说的qPCR,qRT-PCR,都是通过实时(real time)的方法,测定样品中某个模版的起始量ct值
但是呢,由于之前RNA提取、反转等步骤,各个步骤存在不同的效率,ct值并无法真实反应样品中模版的绝对量,因此,需要一个内参来做为参考。
比方说,A基因的ct值,在a样品中是18,在b样品中是20,由于a b样品存在RNA质量等等一系列不同,你无法直接就判断这个基因在a样品中的表达量是b样品的4倍。
这时候,我们需要一个内参,假如内参ct值在a样品中是14,而在b样品中是15。由于内参的稳定性,在不同样品中被认为是表达量一致的,因此,A基因的在ab样品之间的-ΔΔct值是1,也就是表达量为2倍的关系。
这里,我们可以知道内参的作用,即通过测量内参,可以在后面分析过程中将不同样品的起始量均一化。内参需要选择在不同样品中有稳定表达量的基因,这就是为什么内参经常选择看家基因的原因。以小鼠为例,常用的内参有actin gapdh hprt等等。
当然,现在的很多观点认为这些基因在不同组织中丰度也不同,例如gapdh,在线粒体含量高的组织中丰度高,很多人认为用基因组DNA做内参会更加靠谱,当然这是后话了,选择gapdh无碍于现阶段的实验,如果觉得不靠谱,可以选择两个内参。
你所研究的物种,应该有人已经发表过相应的内参,直接上数据库搜就可以了。
原创内容,码字不易,万望采纳。
内参的选择:普通PCR内参的大小没有多大要求,但real time一般选择300bp以下 它的作用在于你提取的RNA逆转录成cDNA时,加入的浓度可能会不一致,即使用分光广度计测其浓度,也会有仪器误差.PCR时,每个标本都要做对应的内参,而且每次都要做,跑出的条带进行灰度分析,用目的基因的积分光密度比上内参的光密度就是你这个基因实际表达的量. 你可以去生物帮那里了解。那里面向生物研究者、企业和研究机构,提供最新、领先、精准、高效、全面的生物产品和技术信息。 1. 物种:拟南芥(arabidopsis)或maize 2. 基因名称:18S rRNA 3. 模板:cDNA 4. PCR类型及目的:RT-PCR 5. Forward primer (5’-3’): CCATAAACGATGCCGGA Reverse primer (5’-3’): CACCACCCATAGAATCAAGA Probe: 无 6. 产物长度(bp):350 7. 引物浓度:50 pmol/ul 8. 退火温度:54.1 9. 所用仪器:PE-9600 10. 提交者ID:yuxing955 11. 参考文献原文:本人亲自验证,还有本实验室其他人亲自验证。 可以参考: please click to connect www.bio1000.com/zt/dna/225764.html .hope that i can help you 1. 物种: maize 2. 基因名称:actin 3. 模板:cDNA 4. PCR类型及目的:RT-PCR 5. Forward primer (5’-3’): AAATGACGCAGATTATGTTTGA Reverse primer (5’-3’): GCTCGTAGTGAGGGAGTACC Probe: 无 6. 产物长度(bp): 7. 引物浓度:50 pmol/ul 8. 退火温度:54.1 9. 所用仪器:PE-9600 10. 提交者ID:yuxing955 11. 参考文献原文:本人亲自验证,还有本实验室其他人亲自验证 你可以去生物帮自己查找一下啊,应该有帮助。
记得采纳啊
time
pcr吧,注意rt其实是逆转录reverse
transcription的缩写,和real
time一定要分开来。
常说的qpcr,qrt-pcr,都是通过实时(real
time)的方法,测定样品中某个模版的起始量ct值
但是呢,由于之前rna提取、反转等步骤,各个步骤存在不同的效率,ct值并无法真实反应样品中模版的绝对量,因此,需要一个内参来做为参考。
比方说,a基因的ct值,在a样品中是18,在b样品中是20,由于a
b样品存在rna质量等等一系列不同,你无法直接就判断这个基因在a样品中的表达量是b样品的4倍。
这时候,我们需要一个内参,假如内参ct值在a样品中是14,而在b样品中是15。由于内参的稳定性,在不同样品中被认为是表达量一致的,因此,a基因的在ab样品之间的-δδct值是1,也就是表达量为2倍的关系。
这里,我们可以知道内参的作用,即通过测量内参,可以在后面分析过程中将不同样品的起始量均一化。内参需要选择在不同样品中有稳定表达量的基因,这就是为什么内参经常选择看家基因的原因。以小鼠为例,常用的内参有actin
gapdh
hprt等等。
当然,现在的很多观点认为这些基因在不同组织中丰度也不同,例如gapdh,在线粒体含量高的组织中丰度高,很多人认为用基因组dna做内参会更加靠谱,当然这是后话了,选择gapdh无碍于现阶段的实验,如果觉得不靠谱,可以选择两个内参。
你所研究的物种,应该有人已经发表过相应的内参,直接上数据库搜就可以了。
原创内容,码字不易,万望采纳。
内参就是在cDNA里面的啊 比如你有三种反转录的cDNA 就分别用内参的引物做三组 和目标基因一起做就行了 不过是要单独加 不是和目标基因的引物加在一个孔里
所有曲线都要在上升期的中间,不光是内参。
进入平台期,反应就饱和了,也就是说再反应下去,产量也不增加。CT值就不和原来的样本浓度有关系了。
计算可以用免费的 Image J
这东西其实挺深奥的,目前我正在看着方面的东西,准备做RT-PCR,等整明白了相互交流,
有没有关于RNA干扰的论文啊
1.2.3RTPCRAT1基因引物序列为:5′TGTTCCCTTTCCTTATCATTCT3′, 5′CTTTGCTTGGTTACT CCTTCA3′,内参GAPDH的引物序列为:5′TTCAACGGCACAGTCAAGG3′, 5′TTAGTGGGGTCT CGCTCC3′. 反应体积25 μL包括5 μL cDNA,各引物0.25 μL,1.5 μL MgCl2,0.25 μL Taq DNA聚合酶,0.5 μL dNTP混合物和5...
RT-PCR里的CT值到底代表什么意思?
Ct值。C代表Cycle,t代表threshold,Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数。每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系,起始拷贝数越多,Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,其中横坐标代表起始拷贝数的对数,纵坐标代Ct值,因此只要获得...
什么是realtime PCR,什么是q-pcr,所用反应物质与普通PCR有何不同
反映的是pcr的过程,它起飞时间的ct值可以精确反映模板的浓度。定义,操作,原理什么的我就不说了,自己查百度百科和文库,我就从实战给你点注意事项吧。1 选好内参基因,特别是同一物种不同组织中某基因的表达情况,一定要别人报道过在你检测的组织中变化不大,如果你只是拿一个别的物种中的同源基因...
什么是realtime PCR,什么是q-pcr,所用反应物质与普通PCR有何不同
实时定量PCR (real-time quantitative PCR),简称real-time PCR,q-pcr,q-RT-PCR等等,都是一个意思.普通PCR结果反映的其实是PCR的结果,而当PCR经过多伦循环到平台期后,很难反映原来模板的浓度;而实时定量PCR 反映的是PCR的过程,它起飞时间的Ct值可以精确反映模板的浓度.定义,操作,原理什么的我就不...
什么是realtime PCR,什么是q-pcr,所用反应物质与普通PCR有何不同
反映的是PCR的过程,它起飞时间的Ct值可以精确反映模板的浓度.定义,操作,原理什么的我就不说了,自己查百度百科和文库,我就从实战给你点注意事项吧.1 选好内参基因,特别是同一物种不同组织中某基因的表达情况,一定要别人报道过在你检测的组织中变化不大,如果你只是拿一个别的物种中的同源基因,别人肯定...
什么是realtime PCR,什么是q-pcr,所用反应物质与普通PCR有何不...
反映的是PCR的过程,它起飞时间的Ct值可以精确反映模板的浓度.定义,操作,原理什么的我就不说了,自己查百度百科和文库,我就从实战给你点注意事项吧.1 选好内参基因,特别是同一物种不同组织中某基因的表达情况,一定要别人报道过在你检测的组织中变化不大,如果你只是拿一个别的物种中的同源基因,别人肯定...
请问:做荧光定量PCR时,△△Ct值是什么意思,它的计算公式是什么?
△△Ct是荧光定量计算公式的简化形式,用于比较不同样品之间的差别或变化比率。Ct=-1\/lg(1+Ex)*lgX₀+lgN\/lg(1+Ex),其中,n为扩增反应的循环次数,X₀为初始模板量,Ex为扩增效率,N为荧光扩增信号达到阈值强度时扩增产物的量。△Ct(n)=Ct(目的基因)-Ct(内参基因);△△CT(...
请问:做荧光定量PCR时,△△Ct值是什么意思,它的计算公式是什么?
△△Ct是荧光定量计算公式的简化形式,用于比较不同样品之间的差别或变化比率。Ct=-1\/lg(1+Ex)*lgX₀+lgN\/lg(1+Ex),其中,n为扩增反应的循环次数,X₀为初始模板量,Ex为扩增效率,N为荧光扩增信号达到阈值强度时扩增产物的量。△Ct(n)=Ct(目的基因)-Ct(内参基因);△△CT(...
PCR的原理
Tm值(解链温度)=4(G+C)+2(A+T) 复性温度=Tm值-(5~10℃) 在Tm值允许范围内, 选择较高的复性温度可大大减少引物和模板间的非特异性结合,提高PCR反应的特异性。复性时间一般为30~60sec,足以使引物与模板之间完全结合。 ③延伸温度与时间:Taq DNA聚合酶的生物学活性: 70~80℃ 150核苷酸\/S\/酶分子 70...
多重pcr引物设计的原理有哪些
1、多杀性巴氏杆菌的Km t 及toxA 基因 T +Pm具有Km t 及toxA 基因 T Pm具有Km t基因 PCR引物:P1: 5′- A TC CGC TA T TTA CCC A GT GG-3′ P2: 5′-GCT GTA AAC GAA CTC GCC AC-3′ P3: 5′- CTT A GA TGA GCG ACA A GG-3′ P4: 5′- GAA TGC CAC ACC TCT A...
卷桑悦康: 内参就是在cDNA里面的啊 比如你有三种反转录的cDNA 就分别用内参的引物做三组 和目标基因一起做就行了 不过是要单独加 不是和目标基因的引物加在一个孔里
闽侯县15783134250: 做RT - PCR内参的作用是什么?应该如何选择管家基因啊? - ?
卷桑悦康: 内参的选择:普通PCR内参的大小没有多大要求,但real time一般选择300bp以下 它的作用在于你提取的RNA逆转录成cDNA时,加入的浓度可能会不一致,即使用分光广度计测其浓度,也会有仪器误差.PCR时,每个标本都要做对应的内参,...
闽侯县15783134250: 请问PCR电泳分析是内参和marker有什么区别么,前者和后者的作用区别在哪儿呢,谢谢 - ?
卷桑悦康: 不太一样.内参是相对定量用的,marker是定大小的. 内参一般是RT-PCR用的,当底物是cDNA文库这种混合物时,除了扩增目的片段,往往还要扩增一个内参.内参一般选择细胞内的管家基因,表达量不会随着细胞状态而变化的,如U6,GAPDH等.由于PCR定量结果受底物影响较大,枪不准或者操作不当带来的很大误差,所以用目的片段的定量结果除以内参的定量结果,就能得到一个相对准确的比值,即相对定量. marker一般是用在普通pcr之后的跑电泳过程中.marker是一系列确定大小的DNA片段,跑出一个ladder,然后你的扩增片段与ladder比较,就可以知道片段的大概长度,然后判断是不是你要的片段,还是杂带.
闽侯县15783134250: 做RT - PCR的时候为什么要设置标准反应体系和管家基因反应体系? - ?
卷桑悦康: 在做QRT-PCR时,一定要有内参,即在PCR时,每个标本都要做对应的内参,而且每次都是看家基因,一般用bate-actin,有时也用GAPDH.内参的选择:普通PCR内参的大小没有多大要求,但real time一般选择300bp以下.它的作用在于你提取的RNA逆转录成cDNA时,加入的浓度可能会不一致,即使用分光广度计测其浓度,也会有仪器误差,跑出的条带要进行灰度分析.用目的基因的积分光密度比上内参的光密度就是你这个基因实际表达的量.希望对你有所帮助.
闽侯县15783134250: 请问“内参”是什么呀?我是指生物学里的“内参” - ?
卷桑悦康: 做定量PCR中用到的 是一段表达量比较稳定的基因 一般作为对照 就是说您在做RT-PCR事 为了去除不同标准本再RNA得产量,质量,以及逆转录效率上可能纯在的差别而获得目标基因特异性表达的真正差异,通常选择内参来进行校正和标准化.内参基因的扩增可以反映RNA产量,质量和CDNA合成效率的变化.
闽侯县15783134250: 什么是RT - PCR? - ?
卷桑悦康: RT-PCR简介 RT-PCR是将RNA的反转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术.首先经反转录酶的作用从RNA合成 cDNA,再以cDNA为模板,扩增合成目的片段.RT-PCR技术灵敏而且用途广泛,可用于检测细胞中基因表达...
闽侯县15783134250: rt pcr半定量为什么内参不能进入平台期,只能有上升期的中间才是最佳的.计算灰度值用什么软件进行分析. - ?
卷桑悦康: 所有曲线都要在上升期的中间,不光是内参.进入平台期,反应就饱和了,也就是说再反应下去,产量也不增加.CT值就不和原来的样本浓度有关系了. 计算用 Image J
闽侯县15783134250: real - time RT - PCR是什么意思 - ?
卷桑悦康: real-time RT-PCR 实时荧光定量RT-PCR 双语对照词典结果: 网络释义 1. 荧光定量RT-PCR 2. 实时定量RT-PCR 3. 荧光RT-PCR
闽侯县15783134250: 什么是内参,内参的作用是什么?如果pcr检测中内参曲线未起该如何? ?
卷桑悦康: 您好,内参就是取在一般细胞当中表达量较为稳定的基因,你的目的基因要与其进行比较.因为你每次的样品不一定一样,所以必须要有内参进行校正.要是内参没有起峰,那这个数据基本没用.
闽侯县15783134250: 请问,GAPDH作为RT - PCR内参的原理是什么呀?我知道为什用它做内参了,就是不清楚怎么用它, - ?
卷桑悦康:[答案] 一般认为一些持家基因的表达量在不同状态下变化不大,所以可以认为它们表达是恒定的,故而用来做内参 简而言之,就是你有两个样品(譬如不同生长条件或者不同组织的),要比较其中某基因A表达转录变化,就分别比较两个样品中A相对于...