[甲基化问题锦集]
问：什么是表观遗传修饰？
答：基因组表观遗传修饰主要包括DNA甲基化修饰与核小体中组蛋白的修饰等，使得被修饰DNA的空间结构发生改变或使染色体结构发生改变，导致基因的沉默或过度表达。这两种修饰都是在不改变DNA碱基种类与数量的前提下使生物体表型呈现出多样化。
问：什么是DNA甲基化？
答：DNA甲基化是指在DNA 甲基化转移酶的作用下，将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5’-甲基胞嘧啶的过程。
问：DNA甲基化修饰有什么作用？
答：DNA甲基化是最早发现的一种表观遗传修饰，可能存在于所有高等生物中， 它并不改变基因的碱基序列， 而是通过改变基因的表达影响细胞的功能，与基因沉默、X染色体失活、基因组印记、RNA i以及肿瘤等生物事件密切相关，它们的共同作用机制是调节基因的表达。
问：不同生物，DNA甲基化类型是一样的吗？
答：当然不一样啦。原核生物中甲基化多发生在CCA/TGG和GATC序列，而真核生物中DNA甲基化一般只发生在CpG位点上，哺乳动物DNA甲基化只发生在CpG岛的胞嘧啶，植物甲基化发生在CpG和CpNpG。
问：什么是CpG岛？
答：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段CpG序列密度很高，可达到均值5倍以上即所谓的CpG岛。CpG岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有60%以上基因的启动子含有CpG岛。CpG岛的GC含量大于50%，经常出现在真核生物的编码基因的调控区。
问：CpG岛为什么要有个"p"，而不叫CG岛？p有什么特殊含意？
答：CpG是胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤的缩写，p代表磷酸。
问：如何预测CpG岛？
答：由于CpG 岛区域较小，研究起来更为方便，因此，众多的研究热点集中在CpG 岛甲基化状态的研究上。而研究CpG岛甲基化的前提条件是确认最合适的CpG 岛区域。
目前有一些网站可以进行CpG岛的预测，我推荐几个比较好用的：
CpG Island（ http://www.uscnorris.com/cpgislands2/cpg.aspx ） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=TPM1+HOMO
http://www.urogene.org/methprimer/
CpGfinder( http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter )
CpG islands revealing( http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl )
CpGPlot/CpGReport/Isochore( http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html )
然后用实验证实，可以用bisulfite sequencing来比较处理前后的不同，找到甲基化位点。
问：验证特定甲基化位点，并进行甲基化程度分析有哪些方法？
答：采用对照组和实验组样本进行甲基化验证。
(1) MSP方法：可进行特定位点甲基化验证，适用于甲基化芯片后的结果，无法进行甲基化程度分析；
(2) BSP克隆测序法：验证某些相关基因的甲基化位点，并精确计算出甲基化程度百分比；
(3) HRM法：适用于大批量样本甲基化验证，并能计算出甲基化程度范围。
(4) 焦磷酸测序：测序有效长度不超过60bp，精确定量每一个CpG位点。
(5) MassARRAY® 平台：用于单个基因启动子区域的甲基化检测；每个反应覆盖长达500 bp的多个CpG位点； 精准定量每一个CpG位点。
问：刚刚开始研究甲基化，如何寻找甲基化位点？
答：甲基化的研究是近年来较为火热的研究领域之一，您是不是也对它垂涎已久，却苦于无从下手？其实甲基化的研究并没那么难，一句话，还是套路！
首先，甲基化位点的筛选，可以使用全基因组Bisulfite测序（WGBS）、简化基因组甲基化测序（MethylRAD技术）或者甲基化芯片进行基因组整体水平甲基化检测，每种方法各有利弊，要根据实际的研究方向选择不同的方法。对于样品间差异甲基化位点的筛选，可以采用WGBS和MethylRAD技术，其中MethylRAD技术可以应用于无参考基因组的物种，Illumina Methylation EPIC芯片只能用于人类的DNA甲基化水平检测。当然也可以根据一些相关研究显示某些基因存在表达量降低的现象，预测该基因是否存在CpG岛；或者根据文献寻找相关基因的甲基化位点。
其次，对选择的特异位点进行甲基化验证，并进行甲基化程度分析。
最后，根据对照组和实验组样本的检测结果，分析甲基化位点与研究的相关性。
问：只知道基因名称，如何做甲基化检测？
答：只需要将物种及基因信息告知相应或测序公司，会为您提供全方位的检测服务。
原文： 甲基化问题锦集
[甲基化问题锦集]
首先，甲基化位点的筛选，可以使用全基因组Bisulfite测序（WGBS）、简化基因组甲基化测序（MethylRAD技术）或者甲基化芯片进行基因组整体水平甲基化检测，每种方法各有利弊，要根据实际的研究方向选择不同的方法。对于样品间差异甲基化位点的筛选，可以采用WGBS和MethylRAD技术，其中MethylRAD技术可以应用于无参考...
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新的一年制药界公司祝福语
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花青素是什么
花青素因所带羟基数(-OH)、甲基化(methylation)、醣基化(glycosylation)数目、醣种类和连接位置等因素而呈现不同颜色 (范和邱, 1998)。颜色的表现因生化环境条件的改变,如受花青素浓度、共色作用、液胞中pH値的影响 (Clifford, 2000)。本文目的为了解影响花青素生合成的因子,以作为田间栽培管理的参考。 橙色和...
花青素冰封幻儿
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1、抗氧化及清除自由基功能 花青素属于生物类黄酮物质，而黄酮物质最主要的生理活性功能是自由基清除能力和抗氧化能力。研究证明: 花青素是当今人类发现最有效的抗氧化剂，也是最强效的自由基清除剂，花青素的抗氧化性能比VE高50 倍，比VC高20 倍 。紫色甘薯花色苷产品对－ OH、H2 O2，等活性氧均具有...
为什么叶子的颜色有那么多种
叶子里的叶绿素不同，也就是说，叶绿素决定叶子的颜色
家民小儿： 当然是不可缺少的.基因的表达必须有2个机制同时作用,既要有一个信号机制激活需要表达的基因 同时必须有一个抑制基因表达的机制 这和反馈调节有点像,而甲基化就是基因表达中的其中一个抑制机制.至于可不可以遗传不确定,但甲基化好像是之后对DNA的修饰作用 应该不可遗传. 选我做满意答案吧!!
甘南藏族自治州15658562991： 请教:甲基化的修饰问题 - ？
家民小儿： 甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰,调节基因的表达和关闭,与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关,是表观遗传学的重要研究内容之一. DNA甲基化能关闭某些基因的活性,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达.DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达.
甘南藏族自治州15658562991： 甲基化为什么只发生在胞嘧啶上,其他碱基为什么不发生 - ？
家民小儿： 甲基化包括DNA甲基化或蛋白质甲基化 1)DNA甲基化.脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点(胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点,即DNA序列中胞嘧啶后紧连鸟嘌呤的位点).经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶.人类基因中约80...
甘南藏族自治州15658562991： DNA甲基化的机理是什么? - ？
家民小儿： DNA甲基化是指在DNA 甲基化转移酶的作用下,发生在CpG二核苷酸上胞嘧啶5碳原子的替代以及通过转录后组氨酸修饰的DNA 包装的染色质变化.DNA甲基化是最早发现的一种表观遗传修饰, 可能存在于所有高等生物中, 它并不改变基因的碱基序列, 而是通过改变基因的表达影响细胞的功能, 与基因沉默、X染色体失活、基因组印记、RNA i以及肿瘤等生物事件密切相关, 它们的共同作用机制是调节基因的表达
甘南藏族自治州15658562991： 如何分析promoter的甲基化 - ？
家民小儿： 如何分析promoter的甲基化 DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一,真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下的CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶.大量研究表明,DNA甲基化能引起染...
甘南藏族自治州15658562991： DNA甲基化对基因表达的调控机制 - ？
家民小儿： DNA甲基化发生于DNA的CpG island (CG序列密集区).发生甲基化后,那段DNA就可以和甲基化DNA结合蛋白相结合.结合后DNA链发生高度的紧密排列,其他转录因子,RNA合成酶都无法再结合了,所以这段DNA的基因就无法得到表达了....
甘南藏族自治州15658562991： 父母的dna甲基化能够遗传吗?子代遗传谁的甲基化多? - ？
家民小儿： 嗯···· 生物体甲基化的方式是稳定的, 可遗传.
甘南藏族自治州15658562991： 有机化学中的甲基彻底化怎么理解? - ？
家民小儿： 我插入了一张甲基彻底化的图解,希望你可以从中得到答案.另个这是一个由:氨与卤代甲烷--甲基化反应--甲胺--二甲胺--三甲胺--四甲基铵盐,一步一步化解的过程.
甘南藏族自治州15658562991： dna甲基化与人体的关系? - ？
家民小儿： DNA甲基化虽然发现较早但是仍然属于DNA研究比较前沿的热点,有很多未知的东西,总体来说DNA甲基化与DNA的差异性表达,基因活性与功能的改变有关
