高通量测序中SE，Paired-end，PE，MP分别是什么意思

高通量测序技术 中的“高通量” 是什么意思~

高通量是相对于第一代测序的，第一代测序只能一次测1个样品的1段序列，产生的数据量相对来说很小，而高通量测序一次能够产生的数据量在几十G上百G，可以一次测很多的样本。
在2000年的时候，3700、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序，是相对手工测序或者跑平板胶来说的。
不过到2005年以后，高通量测序就改指第二代测序（Next generation sequencing），454、Solexa(后改为Illumina）和SOLiD等第二代测序，比3730等第一代测序的通量提高了成千上万倍，甚至上亿倍，所以称为高通量测序。


扩展资料原理：
测序方案建立在双脱氧测序法(Sanger等，1977)的基础上。为了从每一克隆插入片段两端成对地进行测序，每一个质粒模板DNA板应配备两个384孔循环测序反应板。测序反应采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和标准M13或常用正向引物和反向引物。测序反应通过BiomekFX(Beckman)移液操作工作站建立。
机械臂负责等分模板试样，起与反应液混合的作用，反应液含有双脱氧核苷酸、荧光标记的核苷酸、TaqDNA聚合酶、序列引物和缓冲液。模板和反应板有条形码，且在BiomekFX移液操作工作站上有条形码读取器跟踪，确保模板和反应液转移中没有错误。30～40线性扩增步骤连续循环在MJResearchTetrads或9700热循环仪(Ap—pliedBiosystems)中进行。
参考资料来源：百度百科-基因组高通量测序

100PE=paired end 100bp

50SE=single end 50bp
都是illumina 高通量测序的术语

SE是single-end 单端测序
PE是paired-end双端测序
MP是mate-pair end也是双端测序。
PE和MP的建库方式有点不同：PE是DNA直接打断成200-500bp，双端加引物接头，测序。MP是DNA先在2-10kb间选择打断大小，生物素标记成环，打断成400-600bp片段，捕获生物素标记片段，双端加引物接头，测序。

就是单端测序，双端测序，PE就是pair end，mp是多重扩增

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榕城区13156411442： 转录组测序中会有one read pair , two read pairs . read pair 是什么东西啊?？
芒陈依安： 看你的问题,估计是用illumina的高通量测序,进行RNA-seq的研究吧. 这个问题其实比较简单: 现在的高通量测序,一般分为单端测序(single-end read)和双端测序(paired-end reads). 单端测序只测模板DNA的一端,一般有36SE、50SE两种. 而双端测序需要讲模板的两端(3' 和 5')都测序,一般有90PE,100PE两种,你提的问题应该是指:read-pair one 和 read-pair tow,是一个模板的两端序列. 注意,paired-end reads中间的是插入片段,并没有进行测序,但是插入片段长度是有意义的.

榕城区13156411442： 一二三代测序的区别 ？
芒陈依安： 第一代测序:指双脱氧末端终止法,扩增后通过毛细管电泳读取序列,每次获取数据量少.第二代测序:为高通量测序,采用微珠或高密度芯片边合成边测序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次获得数G数据,相对与第三代,都仍然需要扩增的方法放大信号,扩增后再检测.第三代测序:特点是单分子测序,多基于纳米科技,无需扩增,对单分链DNA/RNA直接用合成、降解、通过纳米孔等方式直接测序,核心特点是无需扩增所以成本更低.

榕城区13156411442： 转录组高通量测序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么关系? thanks a lot - ？
芒陈依安： 简单地说, 高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是原始数据; 有很多reads通过片段重叠,能够组装成一个更大的片段,称为contig; 多个contigs通过片段重叠,组成一个更长的scaffold; 一个contig被组成出来之后,鉴定发现它是编码蛋白质的基因,就叫singleton; 多个contigs组装成scaffold之后,鉴定发现它编码蛋白质的基因,叫unigene.

榕城区13156411442： Paired reads是什么 - ？
芒陈依安： pe reads 就是 paired-end reads. reads(读长)是高通量测序中一个反应获得的测序序列. 在测序过程中,一条dna分子的两端都可以测序.先测其中的一端,获得一个reads,然后再转到另一端测序,获得另外一个reads.得到的这两个reads就是pe reads. pe reads 的获得有助于后期序列组装.

榕城区13156411442： 生物基因测序论文里的 这是啥? - ？
芒陈依安： PE reads 就是 paired-end reads. reads(读长)是高通量测序中一个反应获得的测序序列.在测序过程中,一条DNA分子的两端都可以测序.先测其中的一端,获得一个reads,然后再转到另一端测序,获得另外一个reads.得到的这两个reads就是PE reads. PE reads 的获得有助于后期序列组装.

榕城区13156411442： 高通量测序 Illumina HiSeq 2000 和Roche454 两种平台的区别 - ？
芒陈依安： 这两个测序平台的区别可以参考http://www.majorbio.com/Platform/Roche454 一般做mRNA高通量测序,主要目的是要得到特定条件下的基因表达的差异,所以要有一个标准样品做对照.比如正常生长的细胞和药物处理之后的细胞样本抽提mRNA然后建库测序.如果样本中的结缔组织不是研究对象且无法去除,那么设置对照样本的时候也要选取同样的部位的组织样本.

榕城区13156411442： 全基因组重测序的技术路线 - ？
芒陈依安： 提取基因组DNA,利用Covaris进行随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb),加上接头, 进行cluster制备 (Solexa)或E-PCR (SOLiD),最后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法对插入片段进行重测序.图1-1,...

榕城区13156411442： 甲基化的甲基化检测技术 - ？
芒陈依安： 曾经是2009年最值得关注的技术.遗传上除了ATGC这四种碱基,人们对第五种碱基-甲基化的胞嘧啶的兴趣也日益增加.甲基化修饰的存在对DNA转录的调控起了重要作用,异常的甲基化往往是许多疾病的起因.既然如此重要,系统绘制甲基...

榕城区13156411442： 高通量测序中,使用DNA聚合酶的原理与使用DNA连接酶的原理有什么不一样,两种的优缺点. - ？
芒陈依安： LZ首选药搞明白聚合酶和连接酶的概念.简单的说聚合酶就是合成DNA时候发挥作用,将碱基逐个连接起来;而连接酶则是将小的DNA片段连接起来.下来就说到高通量里这两种酶的区别了. DNA连接酶是在ABI的solid测序中独特的酶,是用来连接八碱基探针和prime的一种酶,比较独特,而其他的高通量 454测序和solexa测序的用的酶是聚合酶,两种酶的优缺点木有办法比较,功能不一样.如果LZ懂了solid测序的原理,那就对连接酶的在高通量测序中的作用就更了解了.

榕城区13156411442： 什么是Solexa 测序技术 - ？
芒陈依安： Solexa 高通量测序法原理Solexa 方法是利用单分子阵列测试 genotyping ,此种测序法首先是将 DNA 从细胞中提取,然后将其打断到约 100 - 200bp 大小,再将接头连接到片段上,经 PCR 扩增后制成 Library .随后在含有接头的芯片( flow ...