T细胞受体库测序
TCR多样性超级丰富，可达10^15 - 10^18种，所以机体才有可能识别任何抗原。那么TCR多样性的产生原因是什么呢？
TCR多样性主要是V（D）J重组导致，这是一个随机过程，而V,D,J基因本身又具有多样性，不同的T细胞克隆经基因重排、发生不同基因片段的连接，产生特定的(VDJ)基因和(VJ)基因，从而表达特异性TCR，这是TCR多样性产生的主要机制。
TCRα链通过VJ重组产生，而β链通过VDJ重组产生；同样地，TCRγ链的产生涉及VJ重组，而TCRδ链通过VDJ重组产生。
正常个体在没有抗原刺激的情况下，TCR基因重排是随机的，T细胞呈多家族、多克隆性特点。接受不同抗原刺激后，TCR V区基因可对抗原产生特异性识别，并使带有这类基因的 T细胞得到优势扩增。
TCR测序方法：
一、以DNA为起始材料，采用多重PCR方法扩增TCRβ CDR3片段：
二、以RNA为起始材料，采用5’RACE方法扩增全长TCR序列：
分析软件： mixcr
这是一款非常好用的TCR测序分析软件，适用于多种实验方法，包括多重PCR，5’RACE以及RNAseq和WES数据，用法也非常简单。
对于多重PCR方法，该软件分析命令如下：
对于5’RACE方法，该软件分析命令如下：
TCR测序主要应用于：
(1)V、D、J基因片段使用频率，CDR3 长度，插入及缺失碱基比例、CDR3氨基酸使用模式，不同抗原受体序列丰度及文库的多样性、克隆性；
(2)检测并了解克隆性增生或抗原特异性的T细胞的特征；
(3)追踪不同时间点疾病相关T细胞克隆变化；
(4)通过TCR氨基酸序列研究不同个体间的共有免疫细胞克隆。
相关概念：
有效TCRβ序列：
CDR3核苷酸序列及CDR3氨基酸序列：
相同TCRβ链CDR3序列称为一种克隆型：每种克隆型的序列数及频率：
多样性：VJ组合、VDJ组合、CDR3核苷酸克隆型数量、CDR3氨基酸克隆型数量：
TCR多样性比较指标：香农熵，数值越接近 0 表明免疫多样性越差，而越接近 1 表明免疫多样性越好。
高克隆序列（Highly enpended clone， HEC），高克隆序列是指表达量超过了总的 CDR3 序列的 0.5％的 CDR3 序列。
CDR3 氨基酸长度正态拟合：正常机体中， CDR3 氨基酸的长度呈正态分布， 然而在患有疾病的患者中， 其中一些特定的 CDR3 氨基酸序列会出现大量的表达，使 CDR3 氨基酸长度出现明显的差异。
基因使用频率分布：
T细胞受体库测序
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单细胞免疫组库:TCR基因重排原理和TCR测序建库方法
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单细胞文献5-通过单细胞测序对处于恢复期的COVID-19患者进行免疫细胞分 ...
使用10x Genomics将scRNA-seq样品的单细胞悬液转化为条形码的scRNA-seq库。Cell Ranger软件(版本3.1.0)用于测序数据的初始处理。 图1:COVID-19患者单免疫细胞谱分析的研究设计和分析 作者使用t分布随机邻居嵌入(t-SNE),根据典型谱系标记物和在每个簇中上调的其他基因的表达,分析了三种免疫细胞谱系,髓样,NK,T和B...
单细胞测序细胞类型鉴定——肥大细胞
肥大细胞与嗜碱性粒细胞有许多功能相似之处，包括高亲和力 IgE 受体的表达，以及激活时组胺的分泌。肥大细胞在整个发育过程中表达干细胞因子 (SCF) 受体 CD117(c-Kit、KIT)，以及高亲和力 IgE 受体FcεR1（FCER1A）。KIT、FCER1A 可用于从异质细胞中鉴定肥大细胞，以KIT的表达水平区别嗜碱性粒细胞。
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完整的单细胞分析流程——数据标化(normalization)
scaling将随后消除细胞间spike-in覆盖率的任何差异。 我们观察到每种处理条件下spike-in大小因子和解卷积大小因子之间存在正相关关系(图7.3),表明它们在测序深度和捕获效率上捕获了相似的技术偏倚。 但是,我们还观察到,就亲和力或时间的增加而言,对T细胞受体的刺激不断增加,导致spike-in因子相对于文库大小因子而言有所...
单细胞转录组测序揭秘成纤维细胞促癌机制
单细胞转录组测序揭示一类与胃癌临床表现差有关的促侵袭肿瘤相关成纤维细胞 Single-cell RNA sequencing reveals a pro-invasive cancer-associated fibroblast subgroup associated with poor clinical outcomes in patients with gastric cancer 【发表期刊】 Theranostics 【影响因子】 11.556 【发表单位】 ...
Nature综述:单细胞和空间转录组的数据整合
该类研究的步骤是，先对不同类型的细胞测序后进行聚类，之后通过空间标记及染色切片，拿到空间的转录信息，之后对空间中的每个方格进行细胞类型判别，得出图d中，两种细胞间相互作用的，关于配体受体相互作用的发现，即绿色的细胞和红色的细胞相邻，而红色的蓝色的细胞不相邻，故其中没有相互作用。具体的研究...
干货分享|三代人目标区域测序技术
天然杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)区域具有高度同源性、重组率、多态性及重复序列等特点，利用二代高通量测序不能得到完整的单倍型信息。文章中提出了一种自主设计探针捕获目标区域，利用长读长测序来组装人类二倍体 KIR 单倍型的新方法。该方法设计了18个捕获探针来捕获 KIR 区间长度为2-8kb的DNA片段。
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东源县13880043620： 简述T细胞活化的双重信号及生物学意义 - ？
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东源县13880043620： T细胞和B细胞识别的抗原有什么不同 - ？
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东源县13880043620： T细胞的抗原受体是什么 - ？
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东源县13880043620： T细胞如何识别靶细胞 - ？
子顷瑞联： 这个“有人说”的说法是错误的,效应T细胞怎么会和抗原结合?应该是T细胞与抗原结合产生效应T细胞,然后效应T细胞与靶细胞结合.实际整个过程是这样的:免疫细胞有两种:B细胞和T细胞当病毒(即抗原)进入机体时(首先起作用的...
东源县13880043620： 特异性细胞免疫的基本过程 - ？
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东源县13880043620： 试述T细胞决定簇和B细胞决定簇的特性有何不同? - ？
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东源县13880043620： 嵌合抗原受体和t细胞受体的区别 - ？
子顷瑞联： 目的研究异基因骨髓移植(allo-BMT)和非清髓性干细胞移植(NST)两种移植方式在供体细胞嵌合状态的形成及转归上的差异,探讨早期供体细胞植入的关键因素.方法对20例接受allo-BMT和18例NST的患者进行回顾性比较,研究两组患者疾...
东源县13880043620： Th细胞的特性及功能 - ？
子顷瑞联： Th2细胞主要分泌IL-4, IL-5, IL-6和IL-10等,主要功能为刺激B细胞增殖并产生免疫球蛋白G(immunoglobulinG,IgG)1和免疫球蛋白E(immunoglobulinE,IgE)抗体,与体液免疫有关.少数Th细胞被称为Th3细胞,它除分泌大量的IL-4和IL-10外,主要高...
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子顷瑞联： 我不是很明白直接刺激的意思?是指抗原原形刺激,还是指刺激的过程是直接的? 当抗原进入机体后,由抗原呈递细胞(APC)吞噬处理形成抗原肽,并与MHC(主要组织相容性复合体)结合,形成抗原肽-MHC分子复合物并呈递于APC表面,成熟T细胞的TCR(T细胞受体)识别抗原肽-MHC分子复合物,向T细胞内传递第一信号.同时,在协同刺激分子,粘附分子等的共同作用下,向细胞内传递第二信号.两者相互作用,使T细胞活化,产生不同的效应T细胞.
