scaffold+n50
samtools常用命令详解
(5)提取paired reads中比对到参考基因组上的数据 (6)提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 (7)提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 (8)根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 (9)sam 和 bam 格式转换 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmos...
samtools使用大全
samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam 根据fasta文件,将 h...
脚手架的词性脚手架的词性是什么
脚手架的词性是：名词。脚手架的词性是：名词。拼音是：jiǎoshǒujià。注音是：ㄐ一ㄠˇㄕㄡˇㄐ一ㄚ_。结构是：脚(左右结构)手(独体结构)架(上下结构)。脚手架的具体解释是什么呢，我们通过以下几个方面为您介绍：一、词语解释【点此查看计划详细内容】脚手架jiǎoshǒujià。(1)供工人在高...
我用到的Samtools介绍
samtools sort test.bam default 参数-n则是根据read名进行排序。 samtools sort -n test.bam sort_left usage: samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 例如:samtools sort abc.bam abc.sort samtools ...
脚手架的造句脚手架的造句是什么
脚手架的造句有：脚手架上的横木，横板脚手架上的一条横木，附着于直柱之上，支撑脚手架跳板短横木。与网友提供的照片不同的是，在记者到达现场时，原本位于建筑左上方的招牌“爱江山”已经消失，墙边还有尚未拆除的脚手架。拼音是：jiǎoshǒujià。词性是：名词。结构是：脚(左右结构)手(独体结构)...
淇滨区吉萨回答： 给你举个例子,比如一个基因组大小是1M,测序得到若干条reads,这些reads进行拼接,如果完全可以拼接起来,中间没有gap的序列称为contig,即连续的意思. 如果中间有gap,但是可以知道gap的 长度,这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架(非连续)的意思.然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列,然后相加,当恰好加到1M的50%,也就是500k的时候 ,那一条contig 或者scaffold 的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50.很明显这个数值越大说明组装的质量越好.
达奚省18371682130问： 高通量测序基因组拼接技术指标中的Contig N50和Scaffold - ？
淇滨区吉萨回答：[答案] Contig N50:Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig 1,Contig 2,contig 3...………Contig 25.将Contig按照这个顺序依次相加,当相加...
达奚省18371682130问： 基因组测序的框架图和精细图有什么不同 - ？
淇滨区吉萨回答： 框架图能覆盖基因组常染色体区域90%,覆盖基因区域95%,contig N50达到5 kb,scaffold N50达到20 kb,单碱基错误率在十万分之一以下.精细图能覆盖基因组常染色体区域95%,覆盖基因区域98%,contig N50达到20 kb,scaffold N50达到300 kb,单碱基错误率在十万分之一以下.
达奚省18371682130问： 基因测序哪些文章影响因子比较低 - ？
淇滨区吉萨回答： 全基因组测序项目发表文章档次的三个影响因素 随着高通量测序技术的迅速发展及成本的不断降低,物种全基因组测序项目从最初耗时10年并花费几十亿美元的人类基因组计划到现在仅需几个月、花费几百万甚至几十万即可完成.因此,物种...
达奚省18371682130问： 全基因组测序能发什么有影响因子的杂志 - ？
淇滨区吉萨回答： 这通常是研究者开展全基因组项目时比较关注的因素,然而事实并非如此.组装结果是评价一个物种基因组项目结果好坏的重要的指标,如Scaffold N50的长度、基因组的覆盖率等.其中,Scaffold N50是指通过shotgun文库测序的数据及mate pair文库的数据组装后得到的所有Scaffold按照长度从大到小的顺序依次累加,待总和为所有Scaffold总长一半时遇到的那个Scaffold长度.因此,Scaffold N50越长说明组装结果越好.最理想的组装结果是物种有几条染色体就组装得到几个Scaffold,即每个Scaffold都是一条染色体.
达奚省18371682130问： 脚手架是什么? - ？
淇滨区吉萨回答： 脚手架(scaffold) 指施工现场为工人操作并解决垂直和水平运输而搭设的各种支架.建筑界的通用术语,指建筑工地上用在外墙、内部装修或层高较高无法直接施工的地方.主要为了施工人员上下干活或外围安全网维护及高空安装构件等,说...
达奚省18371682130问： 基因中的scaffold序列是什么意思? - ？
淇滨区吉萨回答：[答案] 我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系,这样的排列就形成了scaffold.换言之,scaffold...
达奚省18371682130问： 脚手架搭建 - ？
淇滨区吉萨回答： 脚手架搭建——脚手架出租——脚手架租赁价格——首选南--京--全--宁--钢--管--脚--手--架--出--租--搭--建--有--限--公--司--1--8--9--1--2--9--5--3--8--9--9--吴--女--士 专业承包;活动脚手架,建筑脚手架,钢管脚手架,及毛竹脚手架搭建拆除工程....
达奚省18371682130问： 脚手架的种类有哪些 - ？
淇滨区吉萨回答： 有很多种啊,圆盘脚手架、门式脚手架、碗扣脚手架这些是比较新型的,传统的脚手架比较常见的就是钢管扣件式脚手架了,以上这些行业龙头企业元拓集团都有生产,圆盘脚手架出口量非常大.
达奚省18371682130问： 一步脚手架高度是多少 - ？
淇滨区吉萨回答： 高度是10米.定额中结构脚手架步距按1.2m,装饰脚手架步距按1.8m考虑.脚手架的高度从搭设脚手架的平面起,到所应完成工作项目的最高点.脚手架的高度除以步距,所得的商如为整数,则减1;所得的商如不为整数,则舍去小数点后面的...
