kegg+enrichment
作者&投稿：易隶 （若有异议请与网页底部的电邮联系）
塞祝19257363748问： kegg中topmapstat和enrichment的区别 - ？
临颍县祛风回答： ,
塞祝19257363748问： 基因注释包括g0/cog/kegg,阐述什么是g0/cog/kegg注释及其注释的主要方法 - ？
临颍县祛风回答： 基因组注释分析主要包括哪些内容 基因组注释包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测.通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布.(2) 编码基因的预测.通...
塞祝19257363748问： 如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代谢途径 - ？
临颍县祛风回答： 登陆http://www.genome.jp/kegg 输入你要找的氨基酸名称,例如找丙氨酸就输入alanine,单击go.搜代谢途径的话可以在Search后选择KEGG PATHWAY.单击map00???查看代谢途径.
塞祝19257363748问： 什么是富集,怎么富集? - ？
临颍县祛风回答： 转帖的 富集enrichment从大量母体物质中搜集欲测定的痕量元素至一较小体积,从而提高其含量至测定下限以上的这一操作步骤.试样中含量少于0.01%的痕量物质,如果它的含量低于分析方法的测定下限,就必须采用预富集的方法.共沉...
塞祝19257363748问： 富集倍数Fold Enrichment的计算方法 - ？
临颍县祛风回答： 在做完 GO富集 之后,我们可以得到这样的富集分析结果,在结果里可以看到有两列是GeneRatio和BgRatio. GeneRatio:是一个分数,分子是富集到这个GO条目上的gene的数目,分母是所有输入的做富集分析的gene的数目,可以是差异表...
塞祝19257363748问： 如何在KEGG数据库中DIY标记感兴趣基因 - ？
临颍县祛风回答： 首先打开KEGG搜索界面,如下图.Search against输入＂hsa＂,PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”,在“Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”.在“Examples”下方选择“人”的通路.点击“Exec”,弹出查询到的通路.点击其中任何一个通路,弹出通路图界面.其中的红色块即为该基因或该基因相关的基因.点击红色块,弹出界面可以查看详细的信息.
塞祝19257363748问： 如何注释某个基因的GO,KEGG功能 - ？
临颍县祛风回答： 如何注释某个基因的GO,KEGG功能 基因注释主要基于蛋白序列比对. 将基因的序列与各数据库进行比对, 得到对应的功能 注释信息.
塞祝19257363748问： 请教如何应用KEGG做pathway分析的问题 - ？
临颍县祛风回答： 最简单的方法是用David在线工具.这里有详细的protocols: Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. 2009;4(1):44-57.
塞祝19257363748问： 如何在kegg数据库里寻找某基因的同源基因 - ？
临颍县祛风回答： 怎么找楼上说了,我说补充问题.你有两种发法,1是直接在blast的结果下面就能看到,比如Evalue 只是粗略比较的话,用这个就可以看到,哪个物种的和鸭MEF2D基因最相似,第二相似......第二个比较麻烦,要论文的话,一般要做出系统发育树,blast自带的那个树只是定性的,要把你觉得有必要比较的下载到本地,用clastalw或者mega等软件进行比对.这种东西,网上问是没希望回答清楚的,尤其是怎么使用那几个软件,你找你们学校会的同学吧
塞祝19257363748问： 如何理解KEGG散点图中q - ？
临颍县祛风回答： 在图表上点击其他一个散点,按右键,选“数据系列格式”,在出现的对话框中选“数据标志”选项卡,并勾选“Y值”选框,确定后,就会在各散点上出现以Y轴数值标示. 如果想自由输入各散点注释,可调出“绘图”工具栏,使用上面的“文本框”工具,在各散点上分别注释即可.
