clustal比对第一步
作者&投稿：鄞菁 （若有异议请与网页底部的电邮联系）
lulutal可以用作英文名吗?
lustal 吧。
察哈尔右翼前旗小儿回答： 1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位.假设序列名为cox1.fas2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式.软件使用截图: 打开要换换的文件,然后“...
辟寒17266221581问： 如何用clustalx做序列同源比对后的结果图 - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(Dos版本)很适合这些方面的要求,Clustal X是window版本. 用Clustal比对后的序列,有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析,但大部分人的方法都是直接截图,这样的后果就是图片一点都不美观.如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途,图片的质量还是需要高一点的.
辟寒17266221581问： PAML进化分析的输入文件如何得到 - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 应该放哪1. 首先用Clustal X进行序列比对:要保证:保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位.假设序列名为cox1.fas2. 使用DAMBE软件进行转换成PML格式.软件使用截图: 打开要换换的文件...
辟寒17266221581问： MEGA4.1怎么做进化树? - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等.MEGA 还可以通过网络(NCBI)进行序列的比对和数据的搜索.打开软件选择...
辟寒17266221581问： 求助大神:请问如何查找基因的保守或特异序列? - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 一个基因组怎么会有保守序列.... 你要去选择一部分基因或基因组 或者用BLAST找 然后把它们的序列导入Clustal进行比对
辟寒17266221581问： 我要做一个系统树,序列是从NCBI上粘贴下来的,但是word和txt格式无法Clustal比对,有高人能指点一下么? - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 从NCBI上可以直接下载各种格式的序列文件,clustal是可以读取fasta格式的.具体看看图吧.图示搜索核酸序列之后,选择自己想要的序列然后下载到本地磁盘.序列下载下来就可以用clustal打开了.另外,最好不要把fasta序列文件放到桌面,貌似有些版本的clustal不能装入放在桌面的序列文件.
辟寒17266221581问： 生物信息学clustal2.1怎么生产tree view 可以用的文件做出系统进化树 - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 用蛋白互或者基因的序列做进化树,大概分为两个步骤,一个是比对,一个是构建进化树,clustalX主要是用来进行比对的,构建的进化树只是前导树,不够准确.如果需要构建进化树还是选择下其他专业的软件靠谱些,强烈推荐下新手使用MEGA5,比较容易上手,而且已经嵌入了Clustalw和muscle的比对,不需要另行装比对软件.而且可以直接生成树状图,避免使用tree view.官方网址:http://www.megasoftware.net/
辟寒17266221581问： 怎样查基因的保守序列? - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 找几个进化树上和这个物种相距逐渐变远的生物的这个基因 然后几个基因相互做同源比对
辟寒17266221581问： 我想扩增一个未知的基因,CLUSTAL X和PRIMER5.？
察哈尔右翼前旗小儿回答： 找几个近源的物种的该基因clustal,找出几个长度大于20的保守区,在这几个保守区域拉几条引物,放到primer5里评一下分,找一对分数高的引物,产物长度200-1000bp都可以,扩去就行了.如果找不到完全一致的引物,就在不一样的那个碱基上设计成简并的.
辟寒17266221581问： 如何进行两蛋白质序列比对? - ？
察哈尔右翼前旗小儿回答： clustal x 可以做全序列比对 如果要做进化树 再用MEGA4.0
