autodock+vina
寻觅奢华:在GTA 5中购买游轮的完全指南
"Grand Theft Auto V"(俗称GTA 5)作为Rockstar Games开发的开放世界动作冒险游戏，以其详尽的世界设定、丰富的角色性格和无限的可能性吸引了无数玩家。在这个虚拟的世界里，玩家可以做几乎任何他们想做的事情，包括购买和拥有自己的豪华游轮。这篇文章就是为了帮助你找到购买游轮的方法和地点。
GTA5怎么刷快艇:一篇详尽的指南
《侠盗猎车手5》(Grand Theft Auto V，简称GTA5)是Rockstar Games的开放世界动作冒险游戏，提供了一个多元化、充满细节的虚拟城市和广阔的荒野环境。在这个环境中，玩家可以驾驶多种交通工具，包括快艇。然而，许多玩家可能会好奇如何在GTA5中“刷”快艇，也就是如何获得并使用这种高速交通工具。以下是一篇...
GTA5探索之旅:潜水艇钱箱的隐藏之地
《侠盗猎车手5》(Grand Theft Auto V, 简称GTA5)作为一个开放世界的动作冒险游戏，不仅提供了一个细致入微的虚拟城市供玩家探索，还隐藏了许多秘密等待玩家去发现。其中，潜水艇钱箱就是其中之一，吸引了大量玩家的关注。那么，GTA5中的潜水艇钱箱到底在哪里呢?首先，要获取潜水艇和潜水装备。在完成...
GTA5中的核潜艇探索:发现隐藏的深海秘密
Grand Theft Auto V(GTA5)无疑是开放世界类电子游戏中的瑰宝。游戏中，玩家可以探索城市，进行种种任务，体验独特的游戏角色和丰富的剧情。其中，一些特殊的元素，如核潜艇，给玩家带来了无限的惊喜和挑战。那么，这艘神秘的核潜艇究竟在哪里呢?核潜艇在GTA5中是一种非常稀有的载具，它在游戏的多个版本...
GTA5的探索之旅:沉船位置指南
在广阔的《侠盗猎车手5》(Grand Theft Auto V) 的洛桑尼奇市及其周边，玩家不仅可以在陆地上寻找各种隐藏的秘密，还可以深入大海的深处去探索被遗弃的沉船。这些沉船不仅给予玩家一种神秘的探险体验，还隐藏着丰富的宝藏等待玩家发掘。本文将为玩家揭示GTA5中那些最为人所知的沉船位置。Paleto Bay沉船 这...
GTA5中的水下探索:如何开启潜水艇之旅
"Grand Theft Auto V"(GTA5)自发布以来就被赞誉为最为深入且内容丰富的开放世界游戏之一。除了陆地上的各种冒险和任务，Rockstar Games也给玩家们带来了一个广阔的海洋，充满了神秘和宝藏。而要深入这片海域，你需要一台潜水艇。那么，如何在GTA5中开启你的潜水艇之旅呢?获得潜水艇： ...
如何在GTA5中尽情挥霍10亿美元
"Grand Theft Auto V"(GTA5)不仅是一款开放世界的动作冒险游戏，更是一个充满无限可能性的虚拟宇宙。当你在这个世界中拥有10亿美元，那么如何快速、刺激地将这笔巨额财富花光呢?以下是几条建议：豪华房产和车库：在洛圣都的各个地方，你可以买下最豪华的别墅和公寓，为自己提供最舒适的住所...
GTA 5线上:解析买的船的存放与取用位置
在《侠盗猎车手5》(Grand Theft Auto V，简称GTA 5)的线上模式中，玩家可以通过各种方式去获得各类不同的载具，其中也包括各种各样的船只。然而，购买的船只存放在何处以及如何取用，可能令许多玩家感到困惑。在这篇文章中，我们将解答这个问题。GTA 5线上的船只不同于普通的汽车或摩托车，它们并不...
探索GTA5:潜水艇的隐藏之处
“Grand Theft Auto V”(GTA5)自2013年发布以来，凭借其开放的游戏环境、丰富的剧情和高度的自由度，赢得了全球玩家的喜爱。在这个广袤的虚拟洛桑图里斯城中，有着无数的秘密等待玩家们去探索，其中之一便是那神秘的潜水艇。那么，GTA5中的潜水艇究竟隐藏在哪里呢?首先，玩家在主线任务中会接触到潜水艇...
ChemOffice化学绘图工具V160破解版ChemOffice化学绘图工具V160破解版...
ChemOffice 16.0兼具ChemDraw Professional、Chem3D、ChemFinder、ChemScript、GAMESS、Chem3D接口到Gaussian、GAMESS、MOPAC、Autodock and Conflex、ChemBioViz、ChemDraw\/Excel、ChemDraw and Chem3D ActiveX Pro插件，以及世界上首屈一指的专为化学家和生物学家设计的桌面套件ChemDraw E-Notebook。【相关...
邓州市三臣回答： 打那么多字的目的就是进入vina目录,真是好功力~简单地说,进入vina.exe所在文件夹,按住ctrl+shift,同时在空白处点击右键,选择“在此处打开命令窗口”,然后输入vina--help,意思是查看vina程序内置的帮助信息提交回答
俎珠13911236141问： 我想在Linux系统下安装名为autodock vina的软件,但是现在安装不了,不知道该怎么弄才行. - ？
邓州市三臣回答： 报错是什么啊,可以帮楼主安装一下,shell可以自动安装的,linux系统建设的, linux系统安全的, 或者是开发python程序, 都可以
俎珠13911236141问： 如何在linux系统下安装AUTO DOCK软件 - ？
邓州市三臣回答： 一、源码安装:对于本身具有开源血统的Linux系统来说,几乎所有的开源软件都支持在Linux平台运行,而这些软件一般都以源码打包形式分发,源码安装适用于所有Linux分支,只需要系统安装了gcc、make、以及automake和autoconf,源码安...
俎珠13911236141问： 求助autodock大牛,在对蛋白配体设置柔性残基时遇到了问题 - ？
邓州市三臣回答： gpf文件是通过GRID操作就可以获得的,先要编辑蛋白质的PDBQT文件,选择配体,设定Gridbox的大小,设定原子类型等等,最后保存就可以了. dock之前一定要写DPF文件,这个利用MGLtools很容易就能完成,主要包括大分子的选择,算法的选择等等
俎珠13911236141问： 分子对接的几个小问题?？
邓州市三臣回答： 1、autodock对于配体的柔性一般会自动识别可旋转键,除非你有特别的指定,一般使用系统默认的可旋转键就行.2、grid box盒子大小一般包含活性位点,且让小分子可以在里面自由旋转就行.3、我一般都是在linux系统下面使用命令执行autodgrid和autodock,自己在命令里面写好路径.不推荐使用按钮模式,有时候会出问题.4、你准备受体和配体的时候隐藏另外一个就行.
俎珠13911236141问： autodock中dlg文件怎么只能看到配体 - ？
邓州市三臣回答： 这里,mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件.一般来说,mol2是比较通用的文件格式.不过,由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应,所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式.在autodock中有个程序为mol2topdbqs,...
俎珠13911236141问： AUTODOCK对接步骤求助 - ？
邓州市三臣回答： 把autodock对接后的结果保存出来,用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了.用PYMOL可以做的.将autodock的小分子导出PDB格式,大分子部分也导出PDB格式.在maestro中有merge这一项,整合成一个完成的complex形式.在PYMOL中与晶体复合物align,可以得到叠合模式图.
俎珠13911236141问： 紧急求助Autodock连接小分子的问题,谢谢!？
邓州市三臣回答： 这个已经是两个事情了,不是一码事.Autodock做的是分子对接,而不是残基的乙酰化.如果你想做残基的乙酰化,直接用pymol处理下残基就可以,或者其他分子编辑软件.
俎珠13911236141问： 要如何将docking结果存成一个档？
邓州市三臣回答： 请问你用的是 autodock还是vina对接的呢?
俎珠13911236141问： 有人用AUTODOCK做过含heme的蛋白质与小分子的对接吗 - ？
邓州市三臣回答： UTODOCK3是没有离子参数的,所以要自己加上去,其实加上去的就是相当于AUTODOCK4的那种离子参数,所以是不用自己另外加了. 注意调整,加好原子电荷就可以去对接了. 那些离子参数也是可以改的,不过不建议乱改,除非你有其他的工作数据支持你这种修改比原来的参数更适合你的体系.
