查蛋白质结构的网站
如何批量下载指定一系列蛋白质的结构?
当你遇到导师要求分析特定蛋白质结构或对比多个蛋白共性结构时，你是否渴望有一个便捷的工具能自动下载并处理这些任务？我有同感，因此开发了一个基于Julia的脚本GetPDB，即使不熟悉Julia，通过安装Linux子系统或虚拟机也能轻松上手。以下是使用步骤：1. 首先，确保你有一个Linux环境，可以在Windows上使用...
查看蛋白质三维结构的软件叫什么
pymol 非常强大的蛋白质三维结构显示软件。可以形成各种图片，还可以制作动画。
在ncbi上我搜到了一个蛋白~我如何知道这个蛋白有没有3d结构?
不放心的话，可以在string啦，或者其他的数据库中找相关的链接，看看有没有PDB的相关标号，就是4位由数字和字母混合成的晶体结构标号。几方面一综合，就知道有没有了。不过如果不是关键蛋白质的话不要抱太大的希望，结晶难度很大，所以存在的晶体结构不是很多的，没有晶体结构的3D结构都是预测或者推测...
NCBI如何查蛋白质的结构域?比如我想搜索人类蛋白质中具有ABC结构域的蛋 ...
在structure里输入 ("ABC"[PDB Description]) AND "homo sapiens"[Organism] 试试看是不是你要的。关键词比较多，最好用Advanced Search。回复 沧海蓝天★：description 是对结构的描述信息，你说的ABC结构域，如果有的话，在description里面会有关键词“ABC”。PDB是存储蛋白质结构的数据库，也可用...
生物界的alphafold2,真的能解决了蛋白质的结构问题吗?
对一个蛋白而言，它的空间布局概率达到10的后面的300个零的那么多。用穷举法基本上是不太可能进行的每日任务。难题是蛋白在大自然在几ms的时间以内，就进行伸缩了。这就很邪性啊，蛋白是怎样在那么多种多样概率中快速的转变成它必须变化的哪一个构造呢？从1980年生物学家就试着利用计算机来处理这个问题...
怎么知道蛋白质有几种亚型?
所以现在查找蛋白亚型的网站：首推uniprot网站，对于蛋白的信息还算比较清晰。其次是NCBI数据库。举例说明：比如 Human FBXW7：在uniprot中链接：http:\/\/www.uniprot.org\/uniprot\/Q969H0 中 Alternative products 下方有亚型信息。在NCBI中链接：http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/gene?cmd=Retrieve&dopt=...
为什么从蛋白质的一级结构准确预测其三维结构那么难呢?
应该从支配这个尺度的主要物理规律上判断）这个尺度是统计力学的一块硬骨头。其他生物大分子参与蛋白质折叠的过程，高度有序。不是随机过程，可惜我们看不到。这个过程恰恰把蛋白质折叠向一个亚稳定状态（能量较高局部最优结构），通常十分稳定的蛋白不会有活性。...
急求解答:蛋白质二级结构的预测的方法?
或取出现次数最多的构象态，或对各种可能的构象态给出得分值。 ⑥综合方法：综合方法不仅包括各种预测方法的综合，而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分类预测结果等信息的综合。多个程序同时预测，综合评判�0�3一致结果；序列比对与二级结构预测；双重预测。
蛋白质的一级结构,二级结构,三级结构,四级结构的特点以及主要维持作用力...
4.四级结构（quaternary structure）：具有三级结构的多肽链按一定空间排列方式结合在一起形成的聚集体结构称为蛋白质的四级结构。如血红蛋白由4个具有三级结构的多肽链构成，其中两个是α-链，另两个是β-链，其四级结构近似椭球形状。维持作用力：用约20种氨基酸作原料，在细胞质中的核糖体上，将氨基酸...
所有的蛋白质都具有一、二、三、四级结构。这句话对吗
不对。就像蛋白质的分子量是不定的一样，蛋白质的结构也有复杂与简单，造型也是各有不同，因此并不是所有的蛋白质都有一、二、三、四级结构。所有蛋白质都有一级、二级结构，三级结构一般是球状蛋白质，即一条完整的肽链所形成的紧密的结构，四级结构只有多聚蛋白质才有，即三级结构的蛋白质亚基间的...
蓟县力度回答： 蛋白质数据库介绍 蛋白质数据库 1. PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库.这是...
尉迟杨15866465917问： 常用的查询蛋白质结构以及序列的数据库主要有哪些? - ？
蓟县力度回答： 蛋白质结构数据库,一般用PDB,还有其他衍生出来的数据库,比如DSSP,HSSP等等. 如果要差序列结构,在NCBI中也可以差,EMBL中也都有,不过建议在PDB中查看,将文件下载下来,用一些常用的软件进行查看,并且可以看到一级,二级等高级结构,或者模拟结构.
尉迟杨15866465917问： 怎样通过PDB网站查询蛋白质的结构,并绘图作出其活性中心,二维结构等相关信息 - ？
蓟县力度回答： PDB网站的查询方式其实很简答,可是输入ID,也可以直接输入你要查找的蛋白的英文名字,数据库提供的都是已经解析的蛋白,因此,里面会有详细的介绍该蛋白的各个特征,包含结构,活性中心以及底物等.结构分析软件很多,pymol是其中一种,也可以用spdviewer,chimera等等.都可以做出漂亮的图.
尉迟杨15866465917问： 怎么查一个蛋白质的mRNA序列 - ？
蓟县力度回答： 1.输入以下网址(pubmed,我查文献用的,是ncbi的)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/ 2.再search框中选择蛋白protein,在输入你要蛋白 3.选择你要蛋白的种属,如 Homo sapiens-人源 Mus musculus-小鼠,点击. 4.进入以后一直往下拉,...
尉迟杨15866465917问： 可以通过一个蛋白的氨基酸序列查它的结构域吗?有什么软件或网站查吗?谢谢! - ？
蓟县力度回答： 您好!http://www.uniprot.org/ 就可以进行查询. 百度教育团队【海纳百川团】为您解答.感谢您的采纳 O(∩_∩)O .如有疑问,欢迎追问.
尉迟杨15866465917问： 能教我怎么在NCBI上查蛋白质的一级结构吗?详细点,谢谢了! - ？
蓟县力度回答： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/进入点右边的protein然后输入你要查的蛋白质在右边有相应物种的,你选择就行,例如如果是人的就是Homo sapiens (12)然后就在里面找了,找完了打开,最后的那个ORIGIN可能就是吧.我查的是核苷酸序列,不知道跟你的一样不,给你参考下.
尉迟杨15866465917问： 如何利用网上数据库查找一种人源性蛋白的一级结构序列,并与小鼠的该同源蛋白序列进行比较? - ？
蓟县力度回答： 你可以去网上找PDB数据库.或者是SWISS-PROT库、PIR库,PDB库是一个蛋白质一级结构数据库....或者去GenBank数据库看看,不过这个好像是以核酸为主的.
尉迟杨15866465917问： NCBI如何查蛋白质的结构域?比如我想搜索人类蛋白质中具有ABC结构域的蛋白,在structure里面输入什么? - ？
蓟县力度回答： 真有叫ABC的结构域呀... 在structure里输入 (＂ABC＂[PDB Description]) AND ＂homo sapiens＂[Organism] 试试看是不是你要的. 关键词比较多,最好用Advanced Search.回复 沧海蓝天★:description 是对结构的描述信息,你说的...
尉迟杨15866465917问： 有没有根据序列预测蛋白质结构的软件 - ？
蓟县力度回答： 如果基因是已知的,那从ncbi上的gene数据库可以直接查到其编码蛋白是什么,然后再在蛋白质数据库输入蛋白质名称就能查到其功能.如果是未知的,就用ncbi中blastx功能可以查看这个基因的编码产物是否与其他蛋白质类似,推断其功能.当然也可以用其他软件绘制出可能存在的高级结构然后再进行判断,比较复杂,我也没具体研究过
