功能富集分析
富集分析结果展示(二)——富集分析圈图
对基因功能富集结果的展示有很多种展示方法，有人说气泡图展示富集结果不好看，毕竟什么都要看颜值的。而且气泡图展示的信息有限，仅展示一些通路的基本信息，无法显示通路与基因的关系。为了满足审美观，开发了一个小工具——富集分析圈图。绘制出来的图不但能显示感兴趣的基因与通路的关系，关键绘制出来的...
知识梳理 | 富集分析 和 P 值
富集分析是一种统计方法，用于确定在特定条件下，某一特征在一组样本中是否显著集中。它的核心原理是基于超几何分布，通过计算基因列表中特定基因与疾病关联的统计学意义，评估基因的富集程度。在富集分析中，关键指标包括基因比率和P值。基因比率衡量了目标基因在样本中出现的频率，而P值则表示观察到的频率...
gokegg富集分析意义
1. Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。2. 该工具能够将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。3. 通过Gokegg富集分析，可以深入了解不同基因集之间的团数功能和生物学...
生物信息学分析包含哪些方面的内容?
3. 基因表达分析：基因表达分析是通过比较不同样本的基因表达水平，发现基因的表达模式、关键基因、调控机制等。基因表达分析包括差异分析、聚类分析、生存分析等方法。4. 功能富集分析：功能富集分析是通过对基因或蛋白质进行注释，将其归属到特定的功能通路、生物学过程、分子功能等。功能富集分析可以揭示...
基因集富集分析(GSEA)基础
基因集富集分析(GSEA)是一种研究方法，旨在确定预先定义的基因集是否在不同生物状态之间显示出显著一致的差异。它需要基因列表与功能基因集，常用的数据集来源包括MSigDB中的预定义功能基因集。数据集包含两种ID版本，即SYMBOL ID与ENtrez ID版本。具体而言，KEGG基因集存储在C2目录下，而GO基因集位于C5目录...
一文掌握GSEA通路富集分析,超详细教程!
本文旨在解析GSEA（基因集富集分析）的基本原理、操作流程以及在科学研究中的应用，帮助读者深入理解这一流行且实用的生物信息学分析方法。GSEA是一种评估预先定义的基因集在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，以判断其对表型贡献的统计学方法。GSEA的核心在于其能够评估特定基因集在不同表型状态（如疾病...
生物富集分析的前世今生
生物富集在生物信息中有着重要的地位，做生物信息分析的时候总会遇到这样或者那样的富集分析，比如GO富集分析等。大多数情况下我们都是使用线上在线分析解决。是否会遇到这样一种情况，当我们不能使用在线分析的时候，如何对我们感兴趣的基因进行富集呢？ 这似乎是一个很有趣的问题...那我们今天就来追...
基因富集分析|理解
基因富集分析是生物信息学领域中一种重要的数据挖掘技术，旨在通过分析基因表达数据，确定特定基因集在生物功能、分子过程或细胞组成中是否表现出显著的富集现象。本文将对基因富集分析的基本概念、流程、相关数据库、方法以及在线与本地分析工具进行概述。基因富集分析的基本概念 基因富集分析通过将基因按照预先...
富集分析第二弹
富集分析，来自于Enrichment这个词语 F or example, given a set of genes that are up-regulated under certain conditions, an enrichment analysis will find which Ontology terms are over-represented (or under-represented) using annotations for that gene set.通俗来说：富集分析是基于一个先验的...
GO分析和KEGG分析都是啥?
在进行差异表达分析的常见流程中，GO分析和KEGG分析是不可或缺的环节。它们分别是什么，又为何进行富集分析？首先，富集分析的目的是从海量的基因差异表达结果中，通过宏观视角理解基因功能的共同模式，避免孤立基因带来的混乱。它就像是从微观层面的细节到宏观层面的概括，帮助我们形成对整体事件的深入理解。
淮阴区环磷回答： 一直都搞不清楚这两者的具体区别,只知道是将基因富集到代谢上. 前者是功能注释,即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms,没有阀值的. 后者是功能富集,即基因集(多个基因)可能显著的集中在哪些功能上面 例如选择P...
苏哈18244655997问： GSEA分析是个什么鬼 - ？
淮阴区环磷回答： 基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 的基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集.基因集合富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化,因此可以包含这些细微的表达变化,预期得到更为理想的结果. GSEA分析有三个特点: 分析的基因集合而不是单个基因; 将基因与预定义的基因集进行比较; 富集分析;
苏哈18244655997问： DAVID在线软件进行功能富集分析的问题求助 - ？
淮阴区环磷回答： Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过程(biological process)和细胞组成(cellular component)三个部分.蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号,而GO号可对于到Term,即功能类...
苏哈18244655997问： 列举哪些公司做芯片数据的生物信息学分析比较专业 - ？
淮阴区环磷回答： 这家公司我刚做过一次甲基化芯片数据分析.做的信号通路、基因功能(gene ontology)富集分析还可以,能分析出最重要的10个信号转导途径和最重要的10个基因功能,信号通路中的基因出现频次(counts)变化柱图和GO功能的基因出现频...
苏哈18244655997问： lnc转录本的过多,什么原因,lncrna应该是低表达量的reads多,而高表达量的少,但表达 - ？
淮阴区环磷回答： 1.LncRNA简要 LncRNA是一类转录本长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平.生物体内含量相相当丰富,约占RNA的4-9%(mRNA约...
苏哈18244655997问： 紧急求助,代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用 - ？
淮阴区环磷回答： 代谢组学的代谢通路富集分析和MYROLE该怎么用 代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科.代谢物在生物系统中起着至关重要的作用,因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物,或更好地了解药物或疾病对已知...
苏哈18244655997问： 有谁可以详细讲述一下二代测序下机后数据分析流程和所用到的软件及程序? - ？
淮阴区环磷回答： 不同的测序项目,数据分析流程及用到的软件有些差异,以转录组测序为例,项目分析流程为:数据产出统计-数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析.用到的软件有SeqPrep、Sickle、Trinity、bowtie、RSEM、edgeR、BLAST、blast2go、blastx/blastp 2.2.24+、Samtools、VarScan v.2.2.7、 msatcommander、goatools、KOBAS.
苏哈18244655997问： 如何理解基因富集分析以及富集的意思 - ？
淮阴区环磷回答： Thislectureintroducesthenotionofenrichmentanalysis,whereonewishestoassignbio-logicalmeaningtosomegroupofgenes.Whereasinthepasteachgeneproductwasstudiedindividuallytoassignitfunctionsandrolesinbiologicalprocesses,therenowexistto.
苏哈18244655997问： 如何利用fisher检验做富集分析 - ？
淮阴区环磷回答： spss中进行fisher精确概率法统分析: 最短距离法是把两个类之间的距离定义为一个类中的所有案例与另一类中的所有案例之间的距离最小者.缺点是它有链接聚合的趋势,因为类与类之间的距离为所有距离中最短者,两类合并以后,它与其他类之间的距离缩小.
