三代扩增子测序
14.捕获测序
MIP的优势是特异性好而且捕获完成后的片段能够直接进行建库，其缺点则是捕获效率不高，有些区段难以设计探针进行捕获。多重PCR靶向捕获测序技术则是利用多重PCR反应，同时扩增多个目标区域序列，得到扩增子产物；然后通过PCR反应或者酶连接反应，将二代测序所需的接头序列（adapter）引入到扩增子产物的两侧，...
代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序
[如何知道下图某疾病状态下哪种属细菌丰度高？如何找差异菌？]2.寻找过去的研究中已经证实的和疾病发生发展相关的代谢物比如氨基酸。3.此次研究中某疾病状态下的代谢物，与优势菌群的正比或反比关系。1.测序结果显示不同疾病状态下菌群是否有显著差异；2.16S 扩增子测序比较细菌差异表达谱，3.微生物代谢...
单细胞基因组测序的内容
不同于以往的非线性或指数型扩增方法，MALBAC技术利用特殊引物，使得扩增子的结尾互补而成环，从而很大程度上防止了DNA的指数性扩增，从而解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚，并使基因组测序的模板需求量从µg级降至单细胞水平。MALBAC技术原理如下：图1：MALBAC技术原理MALBAC Primers ...
多重PCR技术知多少
此外还研发改良了多种分子遗传学技术服务手段，最具代表性的服务平台包括低中高通量单核苷酸多态性（SNP）检测，中高通量微卫星（STR\/SSR）检测，二代多重PCR扩增子建库，二代靶向重测序，拷贝数变异多样性（CNV）检测，实验小鼠遗传背景鉴定，细胞鉴定多种基因表达定量（MCF）检测，microRNA检测等平台。
微生物群、宏基因组和微生物组的区别2021.7.31
随着测序价格的下降，宏基因组允许微生物生态研究比之前更大的尺度和更多细节。每张图代表的是相同的群体，然而不同的方法可以定义此群体可提供的不同信息。 对于我目前的研究方向就是通过扩增子测序进行16S rRNA的测序然后进行微生物多样性的分析，今天发现了一个有意思的分析流程（这其实...
2022-02-21 避免RNase污染
不过,除非样本发生严重降解,反转录实时定量PCR(RT-qPCR)的应用中对于小扩增子的分析一般不会受到影响。带有某种程度降解的RNA样品仍可进行一些其它类型的分析,如二代测序,以及核酸酶保护分析(NPAs)。在某些类型的样品(如福尔马林固定,石蜡包埋(FFPE)样本或储存时间过久的样本)中,RNA降解是不可避免的。 操作RNA时的...
在线做韦恩图-PPT中怎么绘制Venn维恩图
韦恩图(Venndiagram),是用于展现集合之间大致关系的一类图形,常见于多个或多组样本共有或特有信息的可视化展示。其中,圆形或椭圆形重合部分(overlap区域)就是集合与集合元素的交集(共有部分),非重叠部分即为特定集合的特有元素(独有部分)。韦恩图常用于微生物组研究(扩增子测序、宏组学研究)及转录组相关...
简化甲基化测序和甲基化测序的区别
目前表观遗传学DNA甲基化研究测序方法常见的有:全基因组重亚硫酸盐甲基化测序[WGBS]、精准DNA甲基化和羟甲基化测序[oxBS-seq]、优化版简化甲基化测序[RRBS\/dRRBS\/XRBS]、单\/微量细胞全基因组甲基化测序[scWGBS]、扩增子(羟)甲基化测序、(羟)甲基化DNA免疫共沉淀测序[(h)MeDIP-seq]等6种,适用于不同DNA...
生命科学方面近几年的高端仪器谁知道有哪些?
直接，实时的测序技术 ? 实现更多的研究和市场应用 ? 快速的运行时间提速研究周期和文章的发表 ? 革新性的半导体测序芯片，无需光学检测和扫描 测序和分析流程 Ion Torrent 测序流程标准的要素包括，从准备随机片段的DNA 文库或者扩增子文库，到样本的PCR 扩增和在PGM?的测序运行。完成整个PGM?的测序...
宫颈癌筛查有哪些项目?
或许还可以试试这个方法，三分钟自检，10分钟出结果！尿中游离巯基检测试剂盒(生化法)【预期用途】用于30岁及以上的女性体外定性检测尿液中游离巯基含量，适合于对宫颈CIN(宫颈上皮细胞不典型增生)的辅助诊断，CIN分级的确定及肿瘤的确诊必须依靠组织学确定，该产品检测不能作为任何恶性肿瘤的早期诊断或确诊...
桃山区单硝回答： 第一代测序:指双脱氧末端终止法,扩增后通过毛细管电泳读取序列,每次获取数据量少.第二代测序:为高通量测序,采用微珠或高密度芯片边合成边测序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次获得数G数据,相对与第三代,都仍然需要扩增的方法放大信号,扩增后再检测.第三代测序:特点是单分子测序,多基于纳米科技,无需扩增,对单分链DNA/RNA直接用合成、降解、通过纳米孔等方式直接测序,核心特点是无需扩增所以成本更低.
豆卢狗18456174396问： 什么是第三代基因测序技术? - ？
桃山区单硝回答： 第三代基因测序技术即基于纳米孔的单分子读取技术 在纳米孔测序技术中,DNA分子依靠核酸外切酶以一次一个碱基的速度通过小孔.这个酶能清楚地区分出4个DNA碱基编码:A、C、G、T,也可以检测出该碱基是否被甲基化,一个单孔能在大约70天左右测定一个完整的基因序列. 纳米孔技术不需要荧光标记物并且很可能不需要进行扩增,能直接并快速“读”出DNA,同时足够廉价,使进行大量重复实验成为可能. 纳米孔公司已经研发出包含几百个纳米孔的芯片,该芯片可以用在一台机器上,快速且廉价地给大量DNA进行排序.
豆卢狗18456174396问： 探针捕获测序和扩增子测序的区别 - ？
桃山区单硝回答： 探针捕获测序和扩增子测序的区别 转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和.转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特...
豆卢狗18456174396问： 谈谈基因测序技术经历了哪几个发展阶段,这些技术的特点分别是什么 - ？
桃山区单硝回答： 基因测序也称DNA测序,是现代生物学研究中重要的手段之一.基因测序技术经过了三个发展阶段.第一代DNA测序技术是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)提出的链终止法.第一代技术准确率高,读取长,是至今唯一可以进行...
豆卢狗18456174396问： 用于扩增子测序的pcr扩增一般采用多少循环数 - ？
桃山区单硝回答： 没有规定,只要目的条带清晰可见就行,可以根据预实验来确定.过多的循环数会导致碱基错配,过少循环导致产物太少不利于测序.
豆卢狗18456174396问： 全基因组组测序结果 扩增子和reads的区别是什么 - ？
桃山区单硝回答： 扩增子是指经过PCR扩增出来的产物.reads是指某个片段经过测序得到序列信息.
豆卢狗18456174396问： 基因检测方法有好几种,哪一种方式比较好 - ？
桃山区单硝回答： 需要按照实际需求去选择,没有哪个最好的说法,合适的就是最好的 常用基因诊断技术: 一、Southern印迹法(Southern blot)基本原理是:硝酸纤维膜或尼龙滤膜对单链DNA的吸附能力很强,当电泳后凝胶经过DNA变性处理,覆以上述滤膜...
豆卢狗18456174396问： 带三代测序技术(单分子测序)的错误率高的缺点可否用多次测序来解决? - ？
桃山区单硝回答： 可以,一般都是靠高深度来弥补.
