常规转录组测序和数字基因表达谱测序(RNA-seq)有什么不同?初接触,很多不懂。。
转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同:
第一,测序目标不同。
转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列(21 bp);
第二,代表性不同。
数字表达谱测序只测定21bp序列,而转录组测序测定转录本全长,因而可以更准确地代表样品转录表达情况;
第三,应用范围不同。
转录组测序应用范围广泛,不仅可以检测表达量差异,而且可以发现新的转录本和可变剪切等。而表达谱测序只能粗略检测表达量差异,不能反映基因转录表达的特点和规律;
第四,参考序列要求不同。
转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种,而且也适用于基因组序列未知的物种。而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种。
转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同:
第一,测序目标不同。
转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列(21 bp)。
第二,代表性不同。数字表达谱测序只测定21bp序列,而转录组测序测定转录本全长,因而可以更准确地代表样品转录表达情况。
第三,应用范围不同。转录组测序应用范围广泛,不仅可以检测表达量差异,而且可以发现新的转录本和可变剪切等。而表达谱测序只能粗略检测表达量差异,不能反映基因转录表达的特点和规律。
第四,参考序列要求不同。转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种,而且也适用于基因组序列未知的物种。而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种。因此,对于想要检测表达量差异的客户,我们推荐进行转录组测序,以获知更精确的转录组信息。
如果你已经有参考基因组,使用所谓“表达谱”测序是可以的。此外,表达谱方法更便宜,但个人觉得适用性不如转录组广泛,可做的分析有限。
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
基因表达谱指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息,这样编制成的数据表就称为基因表达谱。
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
基因表达谱分析直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比,基因表达谱测序要求的读长更短,测序通量更小,仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点,能很好的替代以往的数字化表达谱分析。
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venn图在线绘制-PPT中怎么绘制Venn维恩图
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转录组测序和表达谱测序的区别是什么
转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同:第一,测序目标不同。转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列(21 bp)。第二,代表性不同。数字表达谱测序只测定21bp序列,而转录组测序测定转录本全长,因而可以更准确地代表样品转录表达情况。第三,应用范围不...
转录组测序和表达谱测序的区别是什么
RNA等)的总和。转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测...
转录组测序和表达谱测序的区别是什么
转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入...
转录组测序和表达谱测序的区别是什么
转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入...
占娥茶苯:[答案] 转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同:\x0d第一,测序目标不同.\x0d转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列(21 bp);\x0d第二,代表性不同.\x0d数字表达谱测序只...
廊坊市13587099375: 转录组测序和数字表达谱测序有什么区别 - ?
占娥茶苯: 转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同:第一,测序目标不同.转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列(21 bp);第二,代表性不同.数字表达谱测序只测定21bp序列,而转录组测序测定转录本全长,因而可以更准确地代表样品转录表达情况;第三,应用范围不同.转录组测序应用范围广泛,不仅可以检测表达量差异,而且可以发现新的转录本和可变剪切等.而表达谱测序只能粗略检测表达量差异,不能反映基因转录表达的特点和规律;第四,参考序列要求不同.转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种,而且也适用于基因组序列未知的物种.而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种.
廊坊市13587099375: 转录组测序和表达谱测序的区别是什么 - ?
占娥茶苯: 转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和.转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎...
廊坊市13587099375: 转录组测序和表达谱测序的区别是什么 - ?
占娥茶苯:[答案] 转录组学,是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科.转录组学的研究对象包括mRNA和非编码RNA等.新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息,...
廊坊市13587099375: 转录组测序和RNA - seq的区别是什么 - ?
占娥茶苯: 转录组测序和RNA-seq是一样的,他们的关系如下: 1. 转录组测序的方法很多,而RNA-seq是当前转录组测序的一种测序方法,又称为二代测序,包括454,solexa等. 2. RNA-seq即转录组测序技术,就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding ...
廊坊市13587099375: 转录组测序的介绍 - ?
占娥茶苯: 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括 mRNA和非编码RNA .转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域.
廊坊市13587099375: 转录组测序和DGE的关系是什么? - ?
占娥茶苯: 转录组和DGE主要的差别在于数据量和分析内容上,转录组的数据量较大,除了分析差异基因,还可以进行基因结构分析,而DGE就是数字基因表达谱,它的数据量较小,一般只分析差异基因,不能进行基因结构分析.
廊坊市13587099375: 高通量中低通量snp技术有哪些 - ?
占娥茶苯: 根据你的测序需要,如果是仅仅检测表达,可以使用单端的短序列测序,一般10M以上reads都满足要求,如果是还要检测SNP或可变剪切以及新基因之类的话需要使用更长片段的双端测序,一般2x100以上或者2x125,数据量大概在2-3G以上,...
廊坊市13587099375: 转录组测序得到的序列包含内含子吗 - ?
占娥茶苯: 包含的,因为转录组是整段序列进行转录的,产生的信使rna包括了外显子和内含子的序列
廊坊市13587099375: 基因表达分析与基因组测序与什么联系 - ?
占娥茶苯: 基因表达分析是看表达量的,基因组测序是看基因组的突变情况,有无缺失,突变等,一个是定量的一个是定性的,可以理解为