如何通过已知的目的蛋白肽段序列设计引物来获取目的基因
不知道序列,知道是什么基因的话,可以根据物种之间的同源性在保守区域设计引物,然后再用race等技术扩全长,如果基因名字什么都不知道的话。。。那就图位克隆。。
“基因序列”就是"基因核苷酸序列“
设计引物就是直接根据基因序列来设计的
不用知道全长,只要基因两段的序列就能设计引物了。
1. 对提出的总RNA逆转录时,mRNA对应的cDNA有一条链与mRNA序列相同,为有意链,一条反向互补(reverse compliment, rc), 为模板链。你在纸上一画应该就清楚了,以mRNA序列(有意链)中ATG开始的20个碱基作为正向引物,以模板链TCA(TGA的反向互补序列)开始的20个碱基作为反向引物即可。
2.由于扩增Coding sequence对引物的位置要求严格(从ATG到TGA)因此设计的引物的评分通常较低(已形成引物二聚体或者有较为严重的错配),有时这会影响目标产物的扩增。我有时会先设计一对引物,这对引物分别在5'和3'UTR区域,用软件设计,要保证引物好用;这样以cDNA为模板进行扩增后,再以此产物为模板用ATG到TGA的一对引物去扩增,这样就较大程度避免了错配,比较容易扩增成功。
不是应该通过设计兼并引物进行扩增吗?具体过程我没有做过,我觉得这里说的比较好
http://zhidao.baidu.com/link?url=aGvFd6Wnt4sZOEZR4_TSH08FS7wTqKOrEgS1ZGHG-1S4ni-RNqAGH0ZlAeG6vb6CDboy6jhBfSzg8BA-idEiE_
chip-chip原理
这种方法的目的是揭示蛋白质与DNA之间的相互作用信息。ChIP-chip技术在生物研究中广泛应用,如高通量筛选特定反式因子的靶基因,寻找反式因子的体内结合位点,以及研究RNA在基因表达调控中的作用。当ChIP技术与DNA芯片和分子克隆技术结合,可以实现对已知蛋白质未知DNA靶点的高通量筛选,同时揭示反式作用因子...
获取目的基因的方法有哪些
适应于编码小分子多肽的基因。3、从mRNA合成cDNA。采用一定的方法钓取特定基因的mRNA,再通过逆转录酶催化合成其互补DNA(cDNA),除去RNA链后,再用DNA聚合酶合成其互补DNA链,从而得到双链DNA。4、利用PCR合成。如已知目的基因两端的序列,则可采用聚合酶链反应(PCR)技术,在体外合成目的基因。
如果有人在研一的时候教我这样做实验就好啦(GST pull-down)
技术简介 GST pull-down实验基于GST(谷胱甘肽-S-转移酶蛋白)与谷胱甘肽(GSH)结合的特性,通过将已知蛋白X与GST融合表达,形成GST-X蛋白。GST-X蛋白能与GSH-磁珠结合,若体系中存在与X蛋白互作的蛋白Y,则会形成磁珠-GSH-GST-X-Y复合物,从而实现与X蛋白互作蛋白的分离与检测。技术优势 该技术在...
什么是目的基因自身环化
目的基因自身环化的发现 目的基因自身环化的发现是通过对基因家族进行序列比对发现的。首先是基于人类基因库以及其他物种基因库的数据库,找到已知的目的基因。然后,通过在同一物种或不同物种的基因库中搜索与其高度相似的序列,对这些序列进行比对和分析,本质上是一种演化树重建的过程。通过比对,发现了一些...
...亲和层析从一稀蛋白混合物中纯化出目的蛋白,上述三种层析的顺序怎么...
浓度低的话可以先亲和,减小体积。然后离子交换,最后分子筛,顺便除盐。但离子交换下来体积不能太大。否则就要先分子筛了。
研究蛋白质之间相互作用的实验方法?
牢固型相互作用以多亚基蛋白复合体常见,最好通过免疫共沉淀(Co-IP) 、Pull-down技术或Far-western法研究。Pull-down技术用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白(生物素-、PolyHis-或GST-),从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白。通过Pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白...
目的蛋白的鉴定方法有哪些?
1、若是溶液中的蛋白质可用双缩脲试剂 先加入双缩脲试剂A(质量浓度为0.1g\/ml的NaOH溶液);后加入双缩脲试剂B(质量浓度为0.01g\/ml的CuSO4溶液),顺序不可颠倒,溶液显紫色则说明是蛋白质。2、某些蛋白质遇到硝酸会变黄,例如人的皮肤,实际上是蛋白质变性。3、若是固体,可通过燃烧闻气味来...
蛋白质电泳问题
问题关键是:蛋白浓度!我们的蛋白本身易降解,且纯化率低,蛋白浓度很低,再加上透析、除盐等复杂步骤,脆弱的蛋白又被大量稀释,那么增加初始蛋白来源不就可以了么?将原始菌液扩大好几倍,最后将蛋白进一步浓缩再跑胶,于是看到了漂亮的目的蛋白带~~~另:我不认为你的蛋白样品成分会影响电泳(除非...
真核原核表达系统的优缺点?
该项技术的主要方法是将已克隆入目的基因DNA片段的载体(一般为质粒)转化细菌(通常选用的是大肠杆菌),通过IPTG诱导并最终纯化获得所需的目的蛋白。其优点在于...目前,已发现有质粒的细菌有几百种,已知的绝大多数的细菌质粒都是闭合环状DNA分子(简称cccDNA)。细菌质粒的相对分子质量一般较小,约为细菌染色体的0.5%~3%...
已知酶切位点怎么获得基因
(1)对已定序列的DNA分子,只需要用已知识别序列的限制性内切酶进行一次或几次切割,分离纯化所需要的DNA片断,与 适当载体连接。 (2)对已知定位的目的基因,只要根据目的基因两侧的已知的酶切识别位点,一次就可以获得。 (3)即使含目的基因的DNA分子未定序或定位,也只须通过酶切分析,随后再通过部分酶切,...
查查先友: 一个就是你直接blast 蛋白序列,找到与你的所需要的那个基因的序列 另外就是直接search那个肽链的名字如胸腺肽Thymosin,就会出来结果,找到Homo sapiens,打开就会有一条肽链,看看是不是你需要的,那上面有一个CDS
浦北县18151589971: 考研题 微生物 请高人帮忙 先谢了 有一段已知序列的小分子抗菌肽,论述如何采用生物工程的技术进行表达? - ?
查查先友: 这是一道论述题,我自己按照我的理解给你回答一下吧,希望能够给你一些帮助 首先要知道抗菌肽的表达系统是真核的还是原核的,答题的思路是:1、利用genbank搜索已知序列,如果没有则需要自行测序2、分别测出N端和C端个15个氨基酸...
浦北县18151589971: 已知某肽基因全长120bp.拟通过DNA重组技术构建含6*his标签的重组融合蛋白...?
查查先友: 根据目的基因序列设计引物;PCR目的基因片段;跑胶,产物回收,纯化;连接T载体(如PMD18t);转化宿主菌;筛选单克隆;测序;大量培养,提取重组质粒;酶切,电泳,回收,纯化,连接表达载体(如pET系列),转化;筛选单克隆;...
浦北县18151589971: 现代生物工程能够根据已知蛋白质的氨基酸序列人工合成基因.已知人的生长激素共含有190个肽键(一条肽链),假设预期对应的密码子序列中有 - ?
查查先友:[选项] A. 和U共313个,则合成的生长激素基因中至少含有G的数目是( ) A130个 B. 260个 C. 313个 D. 无法确定
浦北县18151589971: 基因工程的基本过程 - ?
查查先友: 基因工程的基本操作步骤 1.获取目的基因是实施基因工程的第一步.如植物的抗病(抗病毒 抗细菌)基因,种子的贮藏蛋白的基因,以及人的胰岛素基因干扰素基因等,都是目的基因. 要从浩瀚的“基因海洋”中获得特定的目的基因,是十...
浦北县18151589971: 蛋白质一级结构的测定 - ?
查查先友: 展开全部1.测定多肽链的数目2.拆分多肽链3.断开多肽链内的二硫键4.测定每一肽链的氨基酸组成5.鉴定多肽链的N-末端和C-末端6.裂解多肽链为较小的肽段7.测定各肽段的氨基酸序列8.利用重叠肽重建完整多肽链的一级结构9.确定二硫键的位置
浦北县18151589971: 蛋白质组学主要包括哪些分析技术及各自特点 - ?
查查先友: 双向凝胶电泳的原理是第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离,第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离,把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开.由于双向电泳技术在蛋白质组与医学研究中所处的重要位置,它可用于蛋...
浦北县18151589971: 如何分析一个不确定的蛋白质或DNA片段 - ?
查查先友: 这是一个很大的问题...“不确定”?你是指序列未知的待测蛋白质或DNA吗?好吧,我能想到的“不确定”就是未知序列的意思了.测定未知蛋白质或者DNA的序列一般都可以用三种方法:生物方法、化学方法和物理方法.生物学方法...
浦北县18151589971: 如何进行目的基因片段分离,克隆和分析 - ?
查查先友: 分离目的基因生物芯片是高密度固定在固相支持介质上的生物信息分子的微列阵.列阵中每个分子的序列及位置都是已知的,并按预先设定好的顺序点阵.基因芯片是生物芯片的一种,其上固定的是核算类物质,主要用于DNA、RNA分析.分...
浦北县18151589971: 抗体制备必须蛋白质全长吗 - ?
查查先友: 不需要.通常根据目标要检测的部分设计一段肽段,或者就过表达一段就行.用全长很多是为了方便,直接过表达一个蛋白,纯化一下,就去免疫动物了.如果为了提高特异性的话,还是可以有选择的确定抗原的大小的.如果非常具体是哪一段,用软件设计后,直接合成肽段,也不用表达蛋白了.把肽段再连到载体蛋白(KLH,BSA等)上,就可以去免疫动物了.