10X cellranger-atac || cellcalling信息调用与处理
cellranger-atac管道执行细胞调用，确定每个条形码是否是引用中包含的任何物种的细胞。基于映射信息，管道还提供与每个条形码片段相关的QC信息。此外，该管道计算每个条形码的ATAC信号，由各种目标指标捕获，如参考包中注释的片段重叠转录起始位点(transcription start sites，TSS)的数量。所有这些每个条形码的信息都在一个单独的输出表中进行整理和生成:singlecell.csv。
单个物种分析得到的singlecell.csv的结构和内容如下图所示:
该表包含许多列，包括主条形码列。数据集中的所有条形码都列在本专栏中。no_barcode行包含与任何白名单条形码无关的片段摘要。它通常只占所有读操作的一小部分。
注意，列的数量和列名本身会发生变化，这取决于使用什么管道和引用来生成输出文件。简单地说，如表中最后两列所述，
csv可以很容易地在Python中作为一个panda dataframe加载:
可以以多种方式使用此文件。以下是一些例子:
重新生成web摘要中的目标图
假设您正在分析来自单个物种库(如hg19)的数据。要在websummary的targeting section中重现右侧的targeting plot，您可以执行以下操作:
···
import matplotlib as plt
cell_mask = (scdf['is__cell_barcode'] == 1)
noncell_mask = (scdf['is__cell_barcode'] != 1 && scdf['barcode'] != 'NO_BARCODE')
plt.plot(scdf[cell_mask]['passed_filters'],
scdf[cell_mask]['peak_region_fragments'] / scdf[cell_mask]['passed_filters'],
c='b')
plt.plot(scdf[noncell_mask]['passed_filters'],
scdf[noncell_mask]['peak_region_fragments'] / scdf[noncell_mask]['passed_filters'],
c='r')
···
编辑cellcalling，以便在aggr中使用并重新分析。
csv文件捕获is_{species} cell 条形码字段中的cellcalling信息。Cell Ranger ATAC aggr管道要求您将singlecell.csv指定为aggr_csv参数的一部分。另一方面，Cell Ranger ATAC reanalyze管道以singlecell.csv文件的形式接受单元条形码的可选输入。您可以通过编辑singlecell.csv文件中的单元格调用列来控制从每个库中分析哪些单元格。特别是，您只需要编辑is_{species} cell 条形码列。例如，如果您有一个想要保留的条形码列表，例如，在编辑条形码之后。tsv文件制作作为矩阵mex格式的一部分，可以做到以下几点:
在编辑多物种样本中的singlecell.csv时必须小心，在这种情况下，您希望分别编辑每个物种cell calling 列。
闵甘灵芝： 10*40--400 32 84
莒县17080621203： 请问10X DNA ligase buffer过高或者过低分别会有什么影响? - ？
闵甘灵芝： 过高或过低都可能会使连接效率下降. 平常加样的时候,略微高些,关系不大.低些可能缺少ATP和DTT,影响连接效率.
莒县17080621203： 某超市销售有甲乙来年各种商品,甲商品每件进价10元,售价15元;乙商品每件进价30元,售价40元. - ？
闵甘灵芝： 设购进甲种商品 x 件,则购进乙种商品 80-x 件.(1) 购进甲、乙两种商品一共需要 10x+30(80-x) 元,可列方程:10x+30(80-x) = 1600 ,解得:x = 40 ,可得:80-x = 40 ,即:购进甲种商品 40 件,乙种商品 40 件.(2) 甲、乙两种商品的总利润是...
莒县17080621203： 一群小朋友去买东西,若每人出10元则多8元;若每人出7元则少4元.有多少个小朋友?东西的价格是多少 - ？
闵甘灵芝： 设小朋友有x个,则东西的价格为(10x-8)或(7x+4)元. 10x-8=7x+4 10x-7x=4+8 3x=12 x=4 小朋友有4个,东西价格为4*10-8=32元
莒县17080621203： 快车从甲地到乙地要行10小时,慢车从乙地到甲地要15个小时,两车同时从甲,乙两地要开出,相向而行,4小时 - ？
闵甘灵芝： 设甲车速度为x,则甲车速度为10x/15=2x/3 10x - 4(x+ 2x/3)=200 x=60 铁路长度等于10x60=600 (千米)
莒县17080621203： 制作一批零件,甲车间要10天,如果甲车间与乙车间一起做只要6天就能完成.乙车间与丙车一起做,需要8天才能 - ？
闵甘灵芝： 解:设甲车间生产X个,则有乙车间(10X-6X)/6=2X/3个,丙车间生产(10X/8-16/3)/8=7X/12个 X-2X/3=2400 得X=7200 所以甲车间生产7200个,乙车间生产4800个,丙车间生产4200个
莒县17080621203： 10x9/4 - 9/4梯式计算 - ？
闵甘灵芝： 10x9/4-9/4=90/4-9/4=(90-9)/4=81/410x9/4-9/4=(10-1)x9/4=9x9/4=81/4
莒县17080621203： 学校有一批图书分给几个班.如果每班分10本,则多出48本;如果每班分13本,则还差24本.这批图书共 - ？
闵甘灵芝： 解设有x个班10x+48=13x-2410x-13x=-48-24-3x=-72 x=2424*10+48=288(本)
莒县17080621203： 对于某个函数,迭代次数足够大之后产生的迭代序列为0.4, 0.8, 0.4, 08...？
闵甘灵芝：[答案] 您好: 设实际每天x吨 10:8=x:(x-4) 8x=10(x-4) 8x=10x-40 10x-8x=40 2x=40 x=20 如果本题有什么不明白可以追问,如果满意记得采纳 如果有其他问题请采纳本题后另发点击向我求助,答题不易,请谅解,谢谢. 祝学习进步!
