VMD扩展molUP安装与高斯接口使用
作者&投稿：兆昆显 （若有异议请与网页底部的电邮联系）
molUP的主要功能包括：
1. 在VMD中加载高斯输入文件(.com)和输出文件(.log)。
2. 设定ONIOM层（High-, Medium-, and Low-level）。
3. 在几何优化期间选择自由和固定原子。
4. 分析和编辑原子电荷。
5. 使用高斯输入部分设置新的计算。
6. 跨反应坐标进行负载扫描，绘制结构能量图。
7. 加载高斯频率计算，动画显示振动模式并展示向量。
8. 展示蛋白质、不同离子层和固定原子的快速表示。
9. 结构操控：调整键长、角度幅度、二面角扭转。
10. 提供完整的参考书目列表。
11. 添加新的原子和分子碎片。
12. 移除新原子。
欲了解更多信息，访问molUP官网或查看源代码。
联系作者：hfernandes@med.up.pt
molUP的引用：S. Fernandes, H., M.J. Ramos, and N. M. F. S. A. Cerqueira, molUP: A VMD plugin to handle QM and ONIOM calculations using the gaussian software. Journal of Computational Chemistry DOI：doi.org/10.1002/jcc.251...
安装molUP需要具备以下条件：
操作系统：macOS、Linux和Windows
可视化分子动力学(VMD)版本：1.9.3或更高版本
安装方式包括自动和手动两种：
自动安装：通过vmdStore快速安装molUP。
手动安装：下载软件包，将molUP目录复制到计算机的指定位置，并修改环境变量文件以指向molUP的安装路径。
molUP现在支持从命令行直接加载高斯文件（适用于macOS和Linux）。
使用教程：编辑.bashrc或.bash_profile文件，添加molUP的路径，并从命令行调用。
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璩志欣路： 可以通过电路板上的走线等找到线路,首先找到GND端,然后还剩下三根一根是电源VCC,可以通过走线看哪根走到电源附近或类似稳压器附近就可以,剩下两根是TX/RX,现在就好办了.首先将COM转换TTL的232转换板连接到电脑串口,然后转换板另外一端接好GND脚,TX/RX两根线随便接到转换板后运行电脑程序读数据,能够读出说明成功了,不行的话倒换下TX/RX两根线一般就可以了.
右玉县19577625644： 高斯贝尔与电脑串口连接 - ？
璩志欣路： 你问的这个 是 串口连接 的 关键 串口 一般 9线 但通常 通信 只需 3 线 一般 连接 3线即可 A 端 B 端 Tx发送 - Rx接收 Rx接收 - Tx发送 Gnd信号地-Gnd信号地 所以关键是 了解 2端 的 信号线 定义,对应连接 就可以了
右玉县19577625644： 高斯 func1.cub是什么文件 - ？
璩志欣路： Multiwfn图形化软件的文件.------------------------------------- 使用Multiwfn图形化研究弱相互作用 文/Sobereva 虽然能显示高斯类型格点文件的等值面的程序很多,但支持将一个函数数值用不同颜色填到另外一个函数的等值面上的可视化程序比较有限...
右玉县19577625644： 高斯卫星天线(小锅子)怎么接 - ？
璩志欣路： 锅盖没有对准卫星是不能自动搜索的, 你现在用这个方法; 菜单——节目设置——转发器设置,然后按照下面方法调整锅盖; 1 组装好锅盖, 2 安装高频头(高频头的F接口向下), 3 接收机和电视连接好. 4 接收机和高频头通过馈线连接好...
右玉县19577625644： Materials Studio 中作的图能导入GaussView吗 - ？
璩志欣路： 不是VMD可以和lammps实时连接查看3D结构吗?另外,如果想用其他软件查看3D结构推荐vesta和Accelrys DS ViewerPro 6.0,比较方便支持xyz格式,因为xyz格式比较简单,容易进行格式转化;如果你要用MS查看3D的结构的话就要转化成它支持的格式
右玉县19577625644： 宇宙是怎么诞生的???ee - ？
璩志欣路： 宇宙在诞生前是什么样的?如同西瓜里含有西瓜种子那样,大宇宙空间含有小宇宙(...
右玉县19577625644： 高斯贝尔国芯的小锅卫星怎么升级,？
璩志欣路： 中9机器后面升级口有2种方式,一种是R232接口,俗称9孔 一种是简化4针(也有5针的). 1,机器后面接口照片,其中9孔的 靠近LNB输入的 5 为G(接地)2为RX 3为TX 2,9孔升级口接法,可以用3根小电线剥皮插入对应孔中(网线也行) 3,4针接法,可以用电器里的排线改造.电脑里的软驱电源线头也行,只要用G,RX,TX这3个接头,3.3V是电源,千万不要接,5针的最从左到右也只要接前面3根. 4,开启主机(已经能正常收看的机器)连续按4个F4,出现以下界面,将第一排改为5, 5,按确认键后, 6,开需要升级机器电源, 最后主机提示005就可以了,关机,再开启机器就可以了....
右玉县19577625644： 卫星锅怎么安装? - ？
璩志欣路： 有些是 可以的, 高斯贝尔小型卫星锅这个可以收到, 安装简单,但是要调台 工具:8~10扳手两把,十字螺丝刀,冲击钻,6毫米膨胀螺丝4根. 先把小锅按顺序装好把高频头也装上,F头接口朝下;把主杆用膨胀螺丝垂直的固定在墙面上(墙...
右玉县19577625644： 线性扩展与对数非线性扩展各有什么特点 - ？
璩志欣路： 词目: 非线性扩展. 英文: nonlinear stretching .释文: 通过对图像值作非线性变换改变图像值分布的反差扩展方法.设Dn和D'k为变换前后的图像值,a、b、C为调节系数,常用的非线性变换有:①对数变换,D'N=a lg(Dn+b)+c;②指数变换,D'N=aexp(DN+b)+c;③高斯扩展,以高斯概率密度函数为变换函数对图像作变换,使图像值接近于均值为μ,均方差为σ的正态分布.
右玉县19577625644： 电视遥控器怎么跟高斯贝尔机顶盒遥控器接收 - ？
璩志欣路： 你是说高斯贝尔牌子的机顶盒遥控器要学习 电视机遥控器按键值吧! 方法如下: 1. 按住学习型的遥控器(机顶盒)上方的“SET”设置键大约2秒,等红色灯长亮后松开“SET”设置键,此时遥控器处于学习待命状态. 2.按下电视机的遥控器〔待机键〕,学习型遥控器指示灯会一闪一闪的,这时按下学习型遥控器学习区的〔待机键〕,这时指示灯又会变成常亮. 3.学习一个键之后,就可以选择其他键来学习,以此类推! 4.学习成功后,将学习型遥控器对准电视机按下刚学习的“电视机”等键,可正常遥控电视机;红色灯闪烁指示.
