柯南的剧情被分了几个部分

名侦探柯南的主线剧情分别是哪几集？~

主线剧情
　　001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝药变小。大幕拉开)
　　002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道身份）
　　043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
　　048~049外交官杀人事件(服部平次登场，第一次恢复)
　　054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
　　057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
　　128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
　　129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
　　176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
　　177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
　　178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
　　226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
　　227 格斗游戏的陷阱（下集）
　　230 诡密的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
　　231 诡密的乘客（下集）
　　242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
　　258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场）
　　259 来自芝加哥的男子（下集）
　　269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
　　270 犯罪的遗物 （下集）
　　271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
　　272 急忙掩饰的忽略（下集）
　　277 英语教师VS西部名侦探（上集）
　　278 英语教师VS西部名侦探（下集）
　　279 迷宫的阴暗（上集）
　　280 迷宫的阴暗（下集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
　　286 工藤新一纽约事件（事件篇）
　　287 工藤新一纽约事件（推理篇）
　　288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
　　307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
　　308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
　　309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
　　310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
　　311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
　　329金钱买不到的友情（上集）
　　330金钱买不到的友情（下集）(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
　　335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
　　336 东京现影所的秘密（前篇）
　　338 四辆保时捷（前篇）
　　339 四辆保时捷（后篇）
　　340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
　　341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
　　343 便利店的陷阱（前篇）
　　344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片）
　　345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
　　346 寻找P股上的印记（前篇）
　　347 寻找P股上的印记（后篇）
　　361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
　　362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真新出医生回归）
　　385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
　　386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
　　387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
　　425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
　　429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
　　430 无法回到从前的两人(后篇)
　　462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
　　463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
　　464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
　　465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
　　484 黑色照片的去向（前篇）
　　485 黑色照片的去向（后篇）
　　491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
　　492 红与黑的碰撞 血缘
　　493 红与黑的碰撞 绝叫
　　494 红与黑的碰撞 冥土
　　495 红与黑的碰撞 昏睡
　　496 红与黑的碰撞 侵入
　　497 红与黑的碰撞 觉醒
　　498 红与黑的碰撞 搅乱
　　499 红与黑的碰撞 伪装
　　500 红与黑的碰撞 遗言
　　501 红与黑的碰撞 嫌疑
　　502 红与黑的碰撞 洁白
　　503 红与黑的碰撞 决死
　　504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈身份受到怀疑）
　　509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息，组织排出一名代号为波本的侦探。冲矢昴出场，新一轮对决即将开始）
　　510 柯南VS W暗号之谜
　　511 推理对决！新一VS冲矢昴
　　542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
　　543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
　　值得一提的是，004在漫画版中与动画版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而动画版却改成了两个长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南动画版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美被琴酒杀害，而动画版改成了被警察逮捕。
　　另外第五部剧场版“向天国倒计时”中琴酒和伏特加也出场了，他们杀死了背叛组织的电脑工程师原佳明，并试图追杀雪莉，但是没有杀成。
　　第十三部剧场版“漆黑的追踪者”中琴酒、贝尔摩德、伏特加再度登场。根据剧透另一名登场的组织成员代号为爱尔兰。

　　内容简介（按时间顺序，并非剧集顺序）
　　*身为女明星的莎朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识
　　*真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来
　　（莎朗对小朱蒂说的"A secret makes a woman woman”（秘密会使人有女人味）令她印象深刻）
　　*新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （286 工藤新一纽约事件 银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一）
　　*莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是”贝尔摩德”（Vermouth即苦艾酒）
　　*新一被黑衣组织攻击，并被琴酒强行灌药而变成了柯南
　　*漫画版的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号
　　*漫画版中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
　　* 电玩公司杀人事件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死
　　*黑暗组织10亿抢劫事件 哀的姐姐宫野明美被杀害
　　*来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 哀逃离组织并寄住阿笠博士家
　　*黑暗中的死角杀人事件，新出明智的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案
　　*与黑暗组织的再会 哀被组织成员匹斯克绑架，后在柯南的协助下逃脱，匹斯克因身份暴露被琴酒灭口
　　（当时贝尔摩德也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）
　　* 贝尔摩德制造车祸企图害死新出明智一家，并开始假冒新出明智的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出明智，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视
　　*危命的复活，柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现
　　*格斗游戏的陷阱 朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。）
　　*神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人（现在看来应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）
　　*柯南等人认识了来自芝加哥的老人”詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走
　　*佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止（本集唯一值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（贝尔摩德）帮助他圆了谎，这表明了贝尔摩德这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物）
　　*犯罪的纪念品事件（案件本身无关紧要，与主线有关就是目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导）
　　*方块三角事件，柯南又一次在朱蒂面前破案（案件本身仍然无关紧要，这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（即赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给GIN，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。个人认为这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令）
　　*西部名侦探vs英语老师，案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）
　　*中华街雨中的似曾相识。承接前面兰回忆起“戴黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了黄金苹果事件（具体见前）
　　*无声的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇
　　柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被Gin识破而失败（虽然是和黑暗组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了），唯一的影响就是最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了）
　　*金钱买不到的友情 （剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲贺利娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划）
　　*黑暗中的圈套，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）
　　* 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）
　　*博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员”卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）
　　PS：这位卡尔多瓦斯可算是组指出场成员中最霉的一个，连个脸都没露，话没说半句就挂了。
　　*朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。
　　*贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里。。。。真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个密底纷纷揭晓，形势几变，具体情节这里也不详述了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南知道了黑暗组织BOSS的邮箱地址，即“七个孩子”的曲子）
　　*柯南等人去一钢琴世家，调查“七个孩子”的曲子
　　*小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。
　　*贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。
　　*小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
　　*水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织排出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昂。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？

名侦探柯南 TV 主线剧情 更新于2017年8月3日

注：704集以前借鉴了【芮芮208】的回答，705集以后为自己整理纯根据记忆剧情手打如果认为整理的细致请采纳
集数参照为拆分前的TV集数，与爱奇艺集数有差别，参考请搜索TV对照表
001 云霄飞车杀人事件（琴酒、伏特加出场，工藤新一被灌下药变小）
002 董事长千金诱拐事件（阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名为江户川柯南）
004 大都会 暗号地图藏宝事件（少年侦探团成立）
005 新干线大爆破事件（知道黑衣人代号）【动画、漫画剧情不同】
013 奇怪的寻人事件（宫野明美第一次出场）【动画漫画剧情不同】
043 江户川柯南诱拐事件（工藤夫妇知道新一变小）
049 外交官杀人事件（后篇）（服部平次登场，工藤新一第一次恢复）
054 电玩公司杀人事件 （龙舌兰出现，被炸死）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）（平次知道柯南的身份，二人成挚友）
118 浪花连续杀人事件（沼渊己一郎第一次出场，被警方逮捕）
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 （灰原哀出场，组织代号“雪莉”，说出药名是APTX4869）
130 竞技场无差别恐吓事件（前篇）（灰原说：“工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。”）
162 飞天密室 工藤新一最初的事件 （小兰回忆工藤新一最初的事件）
170 黑暗之中的死角（前篇）（重要人物新出智明医生登场）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）（匹斯可出场，任务为暗杀吞口重彦。贝尔摩德出场）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）（宫野志保第一次恢复，匹斯可知其身份）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）（匹斯可被琴酒灭口，灰原哀逃脱。揭示贝尔摩德组织成员身份）
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
222 人鱼失踪记（事件篇） （提到了宫野志保，暗示灰原的研究与长生不老有关）
226 格斗游戏的陷阱（前篇）（茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（后篇）（茱蒂称呼柯南为Cool guy【小酷男】）
230 谜一样的乘客（前篇）（赤井秀一出场。灰原感觉到汽车上有强烈的组织成员气息）
242 元太的灾难（提到琴酒是左撇子）
254 本厅刑事恋爱物语4（后篇）（新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器）
258 来自芝加哥的男子（前篇）（詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（后篇）（詹姆斯称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 犯罪的遗物（前篇）（毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物（后篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）（柯南被怀疑，形势危急）
274 幽灵屋的真相（前篇）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南分析案情）
277 英语教师VS西部名侦探（前篇）（柯南让博士调查克丽斯·温亚德）
284 中华街雨中的似曾相识（前篇）（小兰回忆起包含克丽斯和秀一的纽约的事情）
285 中华街雨中的似曾相识（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克丽斯是美国已故大明星莎朗·温亚德的女儿）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德杀死真正杀人魔后假扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道秀一是FBI。贝尔摩德打算杀死秀一，却被打伤。兰和新一救下受伤的杀人魔。结尾处，莎朗对有希子说：“我也有我的angel了。”为后续剧情作铺垫）
290 迷途森林中的光彦（后篇）（提到沼渊己一郎是组打算培养的杀手，却被其逃脱。最后沼渊再次被警方逮捕）
307 无声的证据（前篇）（得知龙舌兰生前信息，再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）（柯南、小兰路上偶遇赤井秀一。小兰告诉柯南秀一是FBI。柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（对板仓卓的日记进行详细研究，获得情报）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（追踪组织，险些被琴酒发现。灰原哀对赤井秀一有感觉）
335 东京现影所的秘密（前篇）（柯南、灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）（追踪者为秀一手下，跟踪失败。秀一对着灰原的照片说：“真是像啊。”）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系。贝尔摩德在博士家安装窃听器，得知了灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）（柯南等人去寻找灰原父母可能留下的信息）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）（茱蒂辞去老师职务，貌似有所行动）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对茱蒂身份的怀疑。为下一集中小兰从茱蒂的后车厢出现，并救下灰原，做出了铺垫）
345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（茱蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI，贝尔摩德真实身份是克里斯同时也是莎朗，一直假扮为新出医生行动。贝尔摩德对柯南承诺：放弃雪莉。解释了286～288《工藤新一纽约事件》的全部线索）
346 寻找屁股上的印记（前篇）（为上一集善后，茱蒂希望哀参加证人保护计划）
347 寻找屁股上的印记（后篇）（哀拒绝参加证人保护计划）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
372 沉默的航线（后篇）（柯南对345集中贝尔摩德给Boss发邮件时的按键音有些奇怪的感觉）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩德的按键音相似，推测Boss在鸟取县）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（尾奏曲） （柯南发现组织Boss的邮件地址是《七个孩子》的旋律）
394 奇异屋宇大冒险（封印篇）（组织Boss的邮件地址被柯南破解。哀似乎有些了解Boss，警告柯南这个邮件地址是“潘多拉的魔盒”）
425 黑色冲击！被组织的魔掌触碰的瞬间 （组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止。烽烟再起）
429 无法回到从前的两人（前篇）（本堂瑛佑出场）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事奇妙，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）（找到本堂瑛佑的父亲的照片）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职（赤井疑似死亡）
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑得知柯南是工藤新一。当他说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井之死显得更加神秘）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给FBI传递信息，组织派出一名代号为“波本”的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜（柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家。昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下。昴喝波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
542 让鱼儿消失的一角岩（前篇）（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，灰原对柯南说出她对冲矢的怀疑）
543 让鱼儿消失的一角岩（后篇）（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感。结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
563 侦探团VS强盗团（骚乱）（回忆秀一潜入组织前与茱蒂分手。与脸上有烧伤、疑似秀一的人登场。茱蒂被卷入强盗案）
564 侦探团VS强盗团（沉默）（“伤疤男”自始至终没有说话，最后右手开枪救了柯南。少年侦探团知道茱蒂身份）
578 召唤危机的红色预兆（侦探团说道银行抢案中看到类似秀一的人物，柯南大吃一惊。FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花百货商厦）
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现。商厦遭炸弹劫持，局势再次混乱，赤井之死遭疑）
580 紧迫黑色的时限（基尔被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为“笨狼”，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的。“伤疤男”对着狙击枪轻蔑的一笑。贝尔摩德传达Boss指令，琴酒下令撤退，并似乎不再对基尔表示怀疑。“伤疤男”是否为真秀一被质疑）
616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）
617 福尔摩斯的默示录（Love is 0）
618 福尔摩斯的默示录（撒旦）
619 福尔摩斯的默示录（Code break）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start）（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
623 紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡。灰原再次对冲矢昴有组织感觉）
646（伪651） 幽灵旅馆的推理对决（前篇）（世良真纯登场，自称侦探，身份可疑）
647（伪652）幽灵旅馆的推理对决（后篇）（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上）
648（伪653）侦探事务所笼城事件（勃发）（世良来侦探事务所打听柯南信息，柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭炸弹劫持，事态危急）
649（伪654）侦探事务所笼城事件（狙击）
650（伪655）侦探事务所笼城事件（解放）
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决
658 巧克力的炙热陷阱
663 追逐深山锹形虫

664 名犬Cool的功劳Ⅱ
665 疑惑的姓名首字母K
666 雨夜的恐吓犯
669 黑暗塔的秘宝（前篇）
670 黑暗塔的秘宝（后篇）

677 没有脚印的沙滩
678 长崎谜之剧场（幕末篇）
679 长崎谜之剧场（现代篇）
680 仙人掌狂想曲
686 装载了定时炸弹的汽车
687 谁都解不开冰冻的圈套
688 高木警官捡到3000万
689 来自委托人的留言
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）
705 密室里的柯南
706 解密的波本
722 香甜冰冷的快递（前篇）
723 香甜冰冷的快递（后篇）
734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱

738 小五郎在酒吧里（前篇）
739 小五郎在酒吧里（后篇）
740 小兰也倒在浴室里了（前篇）
741 小兰也倒在浴室里了（后篇）
744 嫌疑人是京极真（前篇）
745 嫌疑人是京极真（后篇）
759 结局惊人的恋爱小说（前篇）
760 结局惊人的恋爱小说（后篇）
770 气氛僵硬的茶会（前篇）
771 气氛僵硬的茶会（后篇）
772 工藤新一水族馆事件（前篇）
773 工藤新一水族馆事件（后篇）
779 绯色的序章
780 绯色的追寻
781 绯色的交错
782 绯色的回归
783 绯色的真相
813 悄靠近安室的黑影
814 博客女演员的密室案（前篇）
815 博客女演员的密室案（后篇）
822 嫌疑人是恩爱情侣（前篇）
823 嫌疑人是恩爱情侣（后篇）
827 好吃得要命的拉面2（前篇）
828 好吃得要命的拉面2（后篇）
836 关系不好的女子乐团（前篇）
837 关系不好的女子乐团（后篇）
843 侦探团的各执一词（前篇）
844 侦探团的各执一词（后篇）
847 千叶的UFO疑案（前篇）
848 千叶的UFO疑案（后篇）

849 结婚申请书的密码（前篇）
850 结婚申请书的密码（后篇）
853 樱花班的回忆（前篇）
854 樱花班的回忆（后篇）

861 与17年前一样的案发现场（前篇）
862 与17年前一样的案发现场（后篇）
863 灵魂侦探遇害事件（前篇）
864 灵魂侦探遇害事件（后篇）
866 背叛的舞台（前篇）
867 背叛的舞台（后篇）

　　第一阶段：变小的名侦探！搜寻黑衣组织的历程

　　这一部分从001集云霄飞车杀人事件开始到128黑暗组织10亿元抢劫事件结束，主要围绕柯南展开，讲述了新一在游乐园被GIN灌下毒药变成柯南，然后寄宿在小兰家一边解决日常案件，一边秘密寻找着组织的蛛丝马迹。在这期间，是柯南一个人搜寻组织线索，主要目的是APTX4869的解药。

　　001云霄飞车杀人事件，新一变小

　　054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。他本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易获得全世界最有才华的程序设计师的名单，柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧时，那里却发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。

　　第二阶段：两个黑衣组织的女子！满月之夜的推理对决

　　两个黑衣组织的女子指灰原和VERMOUTH。
　　这一部分从129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件开始到361帝丹高中的学校怪谈（前篇）结束，主要围绕灰原展开，讲述了宫野志保吃下APTX4869变小为灰原哀逃出组织找到了柯南，而组织的得力干将GIN，VERMOUTH等人又开始四处搜寻叛徒，连FBI也牵扯了进来，从此柯南就陷入了一边隐藏身份躲避组织追捕宫野志保的触角，一边窥测组织计划加以阻止的危机四伏的旅途。

　　128 黑暗组织10亿元抢劫事件，讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀，为灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。

　　129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，灰原出场。

　　170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。这时候新出只是帝丹高中篮球队的临时教练而不是校医，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，校医应该是VERMOUTH假扮成新出后为了调查当上的。从《361帝丹高中的学校怪谈（前篇）》中的柯南的话可以得到佐证。
　　另外值得一提的是在这一集里，因为新出智明，柯南吃醋了。

　　176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是窃听器被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。（一根茶色头发就联想到了灰原，更证明了灰原在组织里不是个一般人物。）柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。柯南一方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。这一集我们的得到了很多信息，通过PISCO的话，我们的得知灰原研究的药不是单纯的毒药（“进展到了这个阶段”），而且她是继承了父母的研究。从后来GIN与VERMOUTH的对话中，我们比柯南更早得知了VERMOUTH就是当时的在场的美国超人气女星克里斯宾雅德，是她将紫色手帕分给PISCO想替他掩盖罪行。后来柯南怀疑当时PISCO有同伙也是基于此。VERMOUTH在事件后熄影并在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事”。（本人推测，这个“一直担心的事”应该与寻找新一有关。VERMOUTH在组织中虽然很受BOSS宠爱，但是长期混迹于冰冷的黑色中的生活厌倦，她的内心深处其实一直期待有美好的事物出现，有一颗划破黑暗的银色子弹解脱这阴暗的生活。在NY事件中VERMOUTH认识了的聪明勇敢的新一和阳光善良的兰，两人都给她留下了深刻印象。纯洁善良的兰使她重新燃起了希望，相信世间有真善美的存在，她也从此称兰为ANGLE。新一那相信一切都可以做到的自信眼神和聪慧练达的洞察力，更使她认定新一就是那个能终结黑暗组织的银色子弹。VERMOUTH十分珍视两人这份纯真的感觉，因此后来也一直不愿伤害两人，还多次设法保护，甚至柯南不离开就不对灰原下手。因此当她得知新一被组织用APTX4869下毒一直神秘失踪时，这个深受她器重的新一的下落就成了她“一直担心的事”，她也在日本隐居下来开始寻找新一，因此我认为是VERMOUTH先发现柯南的身份，然后才发现了灰原。这里她极有可能结合了自身变年轻的经历想到了新一变小的可能性。我推测她当年由于某种巧合使自身细胞活化重组而变的年轻，而那时宫野教授正因为怀有细胞自死然后活化的激进理论而被人称为疯狂科学家，黑暗组织的BOSS看到了宫野教授细胞理论对其计划的巨大价值而给宫野教授提供资金和资源供其研究，而VERMOUTH的变年轻更给了宫野教授的理论以现实的支持。在宫野夫妇死去后，他们的女儿志保继承了研究，但药物并未完成，此实验阶段的药物造成了实验对象的大量死亡，并且毒素无法从尸体里验出，从而使组织看到了APTX4869作为毒药的可能性，并且还可以顺带做人体实验，从而擅自将其作为杀人工具，此举还引起了灰原的不满。）VERMOUTH决定从小兰入手寻找新一，因此她盯上了新出智明的身份，决心杀死他并冒充他的身份当上帝丹高中的校医进行秘密侦查。VERMOUTH利用女星克里斯宾雅德的身份频繁出入新出的诊所，调查新出的生活习惯和人际关系，准备伺机取而代之。这时从美国尾随她而来的FBI朱蒂等人也洞察到了VERMOUTH的举动，便设下骗局，使真正的新出在她面前“事故死去”，其实将之秘密转移，并且开始监视新出的诊所。VERMOUTH看见新出一家在自己眼前出了事故，虽然有些疑惑，但还是假扮成新出出现。

　　188-193危命的复活，在这一系列中，VERMOUTH假扮的新出已经当上了帝丹高中和帝丹小学的校医。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，却被化身为新出的VERMOUTH发现，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，这一点可以从后来在朱蒂老师复制的照片那里得到佐证。VERMOUTH这时确认了新一没有死，但是由于当时灰原假扮的柯南也在场，因此还没猜到柯南=新一。有人说朱蒂这时也在场，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂当时却是在场，从227格斗游戏的陷阱（后篇），她对兰夸奖舞会上的新一“SO COOL”来看，那天她一定见过新一。（这时朱蒂就已经潜进了学校这件事本身也证明了另一个事实，这时的新出就已经是VERMOUTH假扮的了。）可是除了那时有心调查新一的VERMOUTH会特别拍下照片外，都不知道新一是何方神圣的朱蒂怎么会特别拍下这个素未谋面的小子的照片呢？因此，照片还是VERMOUTH拍的。

　　226-227格斗游戏的陷阱，朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。（这一举动也暗示着VERMOUTH已经在她的房间贴上了柯南的照片，并且已经知道了柯南的真实身份。我推测这时候并没有贴出宫野志保的照片。）事后朱蒂打电话给同伴时，给VERMOUTH取了“腐烂的苹果”的代号。但她表示她的监视对象“换了个身份，正在上学”在当时也给了我们她监视的就是柯南的误导。

　　230-231迷一样的乘客，刚开始时VERMOUTH与GIN的一段戏就表明了本集和主线有关，我们不但得到了VERMOUTH精于易容的信息，而且知道了她的目的是在日本寻找什么人，她的口头禅是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕（青山在漫画中告诉我们这个人就是VERMOUTH），后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。朱蒂和赤井都是在监视VERMOUTH，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是VERMOUTH都没有发现到哀。本集也是赤井秀一的第一次正式登场，不过他由于伪装感冒蒙着脸，灰原也因为柯南的保护没有露脸，所以两人都没有发现对方。当被制服的劫匪问朱蒂到底是谁时，她竟然也爆出了一句"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"! 难道朱蒂老师的真实身份便是VERMOUTH？这一集灰原的感觉使我们找出了三个嫌疑人，朱蒂，赤井和新出，另外值得一提的是新出（VERMOUTH）在车上有维护柯南的举动。少年侦探团在车上说，感谢新出医生前几天帮他们做内科检查，但是灰原缺席。（新出医生可能通过这次身体检查，确认了柯南就是新一的事实。而且证明了假新出当时的目的是新一而不是到哀，否则哀的身份早就被她发现了，这一点可以从“361帝丹高中的学校怪谈”得到印证。）这一集开始VERMOUTH发现了自己的诊所受到了FBI的监视，也知道自己化妆的假新出身份已被FBI所知。（这时FBI已经掌握了VERMOUTH诊所里柯南，小兰和舞会上新一的照片，但是这时应该还没有贴出志保的。）因此她开始采取一系列误导和利用FBI的措施，首先她故意偷走了与毛利相关的所有案卷，在《269-270犯罪的纪念品》可以知道。

　　258-259来自芝加哥的男人，FBI头头登场。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南破解出熊猫车的暗号，救出了布莱克。布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。PS：这一集赤井的长发和点烟的样子甚至让人怀疑他和GIN是同一人！赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。柯南说布莱克先生不是坏人，只是对詹姆斯这个名字与莫利亚蒂教授相同有些在意（与詹姆斯 莫利亚蒂――福尔摩斯的宿敌同名），同时怀疑赤井。

　　266-268情人节的真相，京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。

　　269-270犯罪的纪念品，破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。（后来据VERMOUTH说，偷窃毛利小五郎相关的所有案卷是让人不知道她其实是在找新出一个案子的记录，她找新出案件的资料是为了瞒柯南等人，虽然FBI已经知晓她的真实身份，但为了不在与小兰，柯南等历经了案件的人的接触中露出马脚，她还是要掌握案件的资料，但没想到是被改过的。再送回来是误导FBI让他们以为她留在日本的目的是与毛利侦探有关，从而让FBI监视毛利事务所来暴露身份。）故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，但给人以赤井监视柯南的的误导。还有柯南本来想问兰关于带黑色针织帽的男人的事，但是最终没有说出口。

　　271-272急忙掩饰的忽略，柯南又一次在朱蒂面前破案。从朱蒂提醒兰有无人跟踪看，案卷被窃引起了FBI的警觉，朱蒂怀疑黑衣组织将对毛利不利。朱蒂在谈话中用鸵鸟一词来形容柯南小孩却有大人的智慧，并且提到了bureaus（事务所）代指FBI。（好像和后面出来的COMPANY代指CIA有点对应啊）本集结束时朱蒂说到了收割苹果的时候了，暗示FBI要对VERMOUTH采取行动了。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。（本人推测此时VERMOUTH已经通过在《188-193危命的复活》系列中柯南暂时恢复新一这一事实联想到志保可能就在附近给柯南配置解药，并且决定将其找出来加以消灭，她借助FBI监视诊所的机会贴出了SHERRY的照片作为靶子，希望FBI帮她找出SHERRY。）

　　277-278英语教师VS西部名侦探，博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，然后柯南又回顾了PISCO案件，怀疑克里斯是他的同伙，并进一步怀疑朱蒂=克里丝。虽然两人长相完全不同，但柯南知道克里斯精于化装。于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。这一集的重点就是最后在朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南，兰和舞会上的新一的照片，并且照片上的字迹和VERMOUTH的一模一样。按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出医院，发现相关的照片后复制的。不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的的很大的误导，还有她最喜欢喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。

　　279-280迷宫的阴暗，博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，她才第一次面对媒体。面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人气女明星也出现在了莎隆的葬礼中，从画面看正是有希子。（我认为正是基于这个证据，柯南推理出了莎龙和克里斯其实是一个人。）

　　286-288工藤新一NY事件，承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。

　　309-311与黑暗组织接触，案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩。（估计应该是指宫野明美，他的女朋友。）有人提到，对赤井说兰“经常”哭感到难以理解，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探所，因此多次看见兰暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，获知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。

　　335-336东都显影所的秘密，有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。其实后来得知是赤井手下的人在监视柯南等人，结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了，说明了FBI已经中了VERMOUTH的圈套，帮助她找到了变小的SHERRY。但是当时却让人觉得赤井很可疑。

　　338-339 4辆保时捷，开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，为什么不对博士老实说出对新出的怀疑？但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式确认了哀就是SHERRY，并且在博士家装了窃听器，但是朱蒂同时也在场，所以那时我们将所有的怀疑都加到了朱蒂身上。结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”VERMOUTH要准备采取行动了，真是山雨欲来风满楼啊。

　　340-341厕所隐藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。这一集透露了很多内容，开头处柯南说了句“如果我的推理正确的话，我们应该已经不在人世了”，证明他已经知道新出是克里斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已经暴露，正是不知道她为什么还没有采取行动。灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。另外值得一提的是，在灰原的梦中，青山已经给出了VERMOUTH究竟装扮成了何人的暗示，眼睛没问题的话，一定就可以发现了。

　　343-344便利店的阴谋，柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。（其实是要对VERMOUTH采取行动了）在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。这也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂后车厢里想调查她究竟想做什么。

　　345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理,柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕。（柯南这时应该不确定朱蒂和新出谁是VERMOUTH，而且他俩还有可能是一伙的，所以他带上了窃听器）朱蒂在车上表明了FBI的身份后，柯南告诉了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此来揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。而且VERMOUTH对FBI监视新出诊所也早已知晓，偷走案卷是为了引诱FBI暴露身份，贴出宫野志保的照片是利用FBI寻找目标。正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。

　　346-347寻找屁股上的印记，上集案件的扫尾，朱蒂用救援被绑架的柯南和小哀将这次惊险的对决瞒了过去，哀经过步美等人的间接鼓励，终于鼓起勇气面对自己的命运，决定与黑暗组织抗争，而且拒绝了FBI的证人保护计划。

　　第三阶段：魔鬼之音！银色子弹的镇魂曲

　　魔鬼之音指BOSS邮箱地址的手机按键音《七个孩子》。
　　这一部分从371-372沉默的航线开始到赤井之死结束，主要围绕水无怜奈展开，讲述了柯南在满月之夜的对决中掌握了BOSS邮箱地址的手机按键旋律，经过确认后得知这是儿歌《七个孩子》，后来通过它偶然发现了主播水无怜奈是黑衣组织成员，经过对决后水无落入了FBI掌握，原来她是CIA的卧底。但是黑衣组织很快得知水无的藏身地点，双方展开了激烈的对决，最终水无回到组织成为“永不脱落的钢楔”，但付出的沉重代价却是银色子弹赤井不幸被杀。

　　371-372沉默的航线，柯南对冲绳事件中本山先生打电话的手机按键音有奇怪的反应。

　　375星星和香烟的暗号，结尾处山村警官给在鸟取县的祖母打电话的手机按键音也使柯南产生了奇怪的反应。

　　385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音，通过对前两次熟悉的手机按键音的分析，柯南确认了组织头目的邮件地址中前四位与鸟取县的区号相同，是0858，在询问了拥有绝对乐感的羽贺响辅后，柯南得知了有这个曲调的歌曲正是《七个孩子》！

　　394奇异屋宇的大冒险，开始阶段柯南分析黑衣组织是通过儿歌记忆BOSS的邮件地址的，这样就可以避免储存在手机里了，并且推测出了被灰原成为潘多拉的魔盒的黑衣组织BOSS的真实邮件地址，却因无法深入被灰原哀劝止。（莫非灰原早已知道了这个邮件地址？甚至BOSS的真实身份？她还有多少事瞒着柯南？）

　　425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，通过忘记取回的窃听器，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。不料琴酒发现水无鞋底的窃听器，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装窃听器的勾当揽到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。

　　429-430无法回到从前的两个人，小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。

　　446-447封印的洋窗，本堂暗中监视柯南，柯南因为担心本堂发现不敢亲自破案。

　　462黑衣组织的影子 年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。

　　463.黑衣组织的影子 奇怪的照明，本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。

　　464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬，本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。

　　465.黑衣组织的影子 珍珠流星，在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。

　　466分不开的雪人，开头处柯南推测到组织已经知道水无受伤住院的事实了，并分析黑暗组织不会对孩子进行报复，而且对本堂的真实身份很疑惑。

　　479 与服部平次共度的3天，柯南推测水无可能是杀了本堂瑛佑的亲疏然后整容成她的模样的，因此让服部调查水无年轻时在大阪的事情。

　　484-485黑色照片的去向，服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。

　　491-504 红与黑的碰撞 秀一殉职。

　　现在应该算第四阶段，波本出场。

没有分成几个部分
一直是一个主线剧情

主线剧情：

001 云霄飞车杀人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑衣组织10亿元抢劫事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇）
170 黑暗中的死角（前篇）
171 黑暗中的死角（后篇）
176 与黑衣组织的再会（灰原篇）
177 与黑衣组织的再会（柯南篇）
178 与黑衣组织的再会（解决篇）
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
226 格斗游戏的陷阱（前篇）
227 格斗游戏的陷阱（后篇）
230 谜一样的乘客（前篇）
231 谜一样的乘客（后篇）
242 元太的灾难
253 本厅刑事恋爱物语4（前篇）
254 本厅刑事恋爱物语4（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
269 犯罪的纪念品（前篇）
270 犯罪的纪念品（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（前篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
274 幽灵屋的真相（前篇）
275 幽灵屋的真相（后篇）
277 英语教师vs西部名侦探(前篇)
278 英语教师vs西部名侦探(后篇)
279 迷宫的阴暗（前篇）
280 迷宫的阴暗（后篇）
284 中华街 雨中的似曾相识(前篇）
285 中华街 雨中的似曾相识(后篇）
286 工藤新一NY事件（事件篇）
287 工藤新一NY事件（推理篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）
289 迷茫森林中的光彦（前篇）
290 迷途森林中的光彦（后篇）
307 无声的证词（前篇）
308 无声的证词（后篇）
309 与黑衣组织的接触（交涉篇）
310 与黑衣组织的接触（追踪篇）
311 与黑衣组织的接触（决死篇）
312 夕阳染红的女儿节人偶（前篇）
313 夕阳染红的女儿节人偶（后篇）
329 金钱买不到的友情（前篇）
330 金钱买不到的友情（后篇）
333 相似的公主（前篇）
334 相似的公主（后篇）
335 东都显影所的秘密（前篇）
336 东都显影所的秘密（后篇）
338 4辆保时捷（前篇）
339 4辆保时捷（后篇）
340 洗手间里隐藏的秘密（前篇）
341 洗手间里隐藏的秘密（后篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★
346 寻找屁股上的印记！（前篇）
347 寻找屁股上的印记！（后篇）
350 被遗忘的手机（前篇）
351 被遗忘的手机（后篇）
361 帝丹高中学校怪谈(前篇)
362 帝丹高中学校怪谈(后篇)
371 沉默的航线（前编）
372 沉默的航线（后编）
374 星星与香烟的暗号（前篇）
375 星星与香烟的暗号（后篇）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(上)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(中)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(下)
394 奇异屋宇的大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇的大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇的大冒险（解决篇）
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间★
427 超秘密的上学路（前篇）
428 超秘密的上学路（后篇）
429 无法回到从前的两个人(前篇）
430 无法回到从前的两个人(后篇）
446 被封印的欧式窗（前篇）
447 被封印的欧式窗（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
479 和服部平次在一起的3天★
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
510 柯南vs双重暗号之谜
511 推理对决！新一vs冲矢昂

剧情米有被分割阿..
除了中国会把柯南分为几部几部之外..
它其实是很完整的..

现在还是老样子..
不断的出现一些新人物.
不知道干嘛的..
赤井秀一在58-59卷英勇牺牲了.
然后呢.最近就是新一又变回了一次..
再就没什么了..
等他长大吧..

http://baike.baidu.com/view/4898.htm
百度百科，进去看看！

没有几部分啊,现在是赤井秀一死了

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涞源县19276079029： 名侦探柯南剧集分几个阶段 - ？
阙性心灵： 最多的是他和兰,小五郎在一起的,还有少年侦探团,灰原,服部平次,基德 ,FBI,CIA等的剧情还一些零碎的,像警视厅恋爱物语,帮助纪律师辩护的等等

涞源县19276079029： 《名侦探柯南》怎么分的?？
阙性心灵： 柯南分为TV,OVA版,剧场版.其中TV版里面又有特别篇,一般是1小时或2小时特别篇,比普通的剧情要长.而TV版现今出到522集.剧场版目前出到剧场版12,有时间可以看一看.OVA版一般和TV版的时间相仿,但是画质很高清的哦.至于你问的江西卫视播的那是TV版,是名侦探柯南的第三部,在卡酷动画和金鹰卡通很常见的.

涞源县19276079029： 名侦探柯南能成几个部分 - ？
阙性心灵： 建议您不要这么分类,因为在一些集数中,许多任务是交叠出现的.当然柯南是每集都有啦!附比较好看的几块部分:主线剧情必看: 001云霄飞车杀人事件(组织) 043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小) 048~049外交官杀人事...

涞源县19276079029： “名侦探柯南”到底怎么分的集?怎么还分“部”?都要糊涂了.......？
阙性心灵： 对啊,一个案件才算是一集的,集的代表是TV版的,部就是那个剧场版的多少部咯,

涞源县19276079029： 《名侦探柯南》到底算怎么分哒?剧场版和特别节目是什么?谁能详细解释以下?？
阙性心灵： 柯南分为漫画,动画,剧场版,OVA 漫画不用说了 动画分为20分钟的和特别篇 20分钟的就是一般的, 特别篇有1个小时的还有2个小时的(一般是日本有什么节日之类的就会出一集比较长点的) 剧场版是电影性质的 每年出一个 OVA是柯南漫画版在日本的《少年SUNDAY》上连载时,为了吸引顾客而送的碟

涞源县19276079029： 《名侦探柯南》的主线剧情 - ？
阙性心灵： 新一变柯南TV1-2集 新一暗中观察的毛病始终改不了,这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易,看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下,变小后的新一来到了阿笠博士这里,说明原委后博士相信了他,...

涞源县19276079029： 名侦探柯南出到第几部?第几集?几个剧场版?？
阙性心灵： 柯南总体剧情不分部或者季,只有剧场版才分: 柯南剧场版(MO): 第一部:1997 引爆摩天楼 (时计じかけの摩天楼) 1997/04/23 第二部:1998 第十四个目标 (14番目の标的) 1998/04/15 第三部:1999 世纪末的魔术师 (世纪末の魔术...

涞源县19276079029： 名侦探柯南剧情的主线有哪几集啊 ？
阙性心灵： 完整主线剧情集数: 001 云霄飞车杀人事件 054 电玩公司杀人事件 118 浪花连续杀人事件 128 黑衣组织10亿元抢劫事件 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★ 130...

涞源县19276079029： “名侦探柯南”一共分为哪几个版本?故事都一样吗?？
阙性心灵： 有三个: 1.普通版(就是我们平常看的,大约20分钟的) 2.特别版(在普通版上晋一级,片长有些像剧场版) 3.剧场版(电影一样长) 都是环环相扣的,人物都一样,故事情节都一样,差不多都那意思. 以后有有关《名侦探柯楠》的问题问我哦,我个人觉得我还挺懂的.O(∩_∩)O哈哈~

涞源县19276079029： 名侦探柯南的主线剧情 - ？
阙性心灵： 非动漫原创:1 云霄飞车杀人事件(新一等一系列人初次登场,新一变柯南) 2 董事长千金绑架事件 3 偶像密室杀人事件(冲野洋子初次登场) 4 大都会暗号地图事件(对漫画中的没印象...) 5 新干线大爆破事件(漫画中知道了GIN和VODKA的...