动植物重测序--全基因组关联分析GWAS
当然，GWAS可以应用于人的表型分析，这里暂时先说动植物的。
GWAS已经发表的物种：玉米水稻拟南芥大豆毛果杨番茄果蝇白虎疟原虫等，物种很丰富。因为不需要构建家系群体，像BSA遗传图谱还得杂交自交，作物植物之类的只杂交养大就得小半年时间，GWAS就直接采集自然群体就好也可以多地采样，这样变异范围广一些，做出来的结果适用性也比较强；其次就是一次性可以定位多个性状，基本是唯一的一个用于自然样本性状定位的分析方法；定位精度也高，可以直接获得与目标性状相关的基因。
①样本选择：自然群体，可以多品种多地域取样，原则上样本间不能有明显的亚群分化（例如生殖隔离等）即遗传背景差异小，如果样本间存在亚群分化，则每个亚群建议样本量在200个以上；
②样本数量：≥300个个体，每种性状能记录到表型的植株数尽量保证在200株以上；
③测序策略：有参选择WGS，无参选择简化基因组，测序数据量10x，如果样本数量很多500个样本以上，测5x即可。
※※另外非常重要的一点， 前期对采集样本的表型记录一定要准确详细 ，因为分析中要用到表型数据所以表型的记录也会对分析结果产生影响，原因：每次计算为单表型 GWAS 分析，在当前表型中，缺失样本不参与此次分析，导致有效个体数目减少；GWAS 通过统计模型找出影响表型差异的 SNP 及基因，记录不准确的话，可能会导致找到的SNP 或基因有很大的假阳性。
表型选择：生育期 叶子果实大小 枝茎长短弯曲程度 花瓣果实品质含糖量 抗病抗虫抗逆性，除此之外，基因的表达量也可作为表型分析叫做eWAS，代谢物类型也可叫做mWAS，只有想不到没有做不到。
分析流程其他软文有很多讲过的，我就不班门弄斧了，我把链接放在文末供参考。
1、家系样本是否可以进行 GWAS 分析？
通常禽类研究选择半同胞家系（由同父异母或异父同母所生子女的集合体成为半同胞家系）或全同胞家系（由同父同母所生子女的集合体称为全同胞家系）。理论上，其他动物也可以选择表型多样性丰富的家系样本进行GWAS 研究， 优先推荐选用 F2代群体。如果老师的 F2 代群体样本数少，也可以将 F1 代和 F2 代作为一个研究群体，在后续GWAS 分析过程中会有 KINSHIP（亲缘关系矩阵）去校正模型。
2、是否 GWAS 样本的表型分布必须呈现正态分布？
对于数量性状所选择的个体，在表型上尽量呈正态分布；若无法取到完全正态分布的样本的性状， 针对该类性状，在后续分析过程中采用非正态分布性状的分析方法对其进行校正，以保证分析结果的可靠性。
3、是否一定要超过 200 个样本才能进行 GWAS 分析？
基于 GWAS 文章中的样本数和我们的项目经验，推荐选取 200 个以上的样本，以尽可能保证分析结果的可靠性。但是对于一些珍稀的物种研究，材料相对稀少且难以获得，如老虎，熊猫，金丝猴等，可适当减少样本个数。 如果研究内容是由单基因控制的性状，其实材料少也可以得到不错的结果。但如果是复杂性状，少量样本的关联分析结果不可信。
4、如何降低分析结果的假阳性？
在全基因组关联分析中，前期对样本的采集情况（表型分布均匀，环境一致）会对后续分析的假阳性结果存在最大的影响，在分析过程中会采用如下方法降低分析结果的假阳性：a）结合群体分层信息，利用混合线性模型，对结果进行校正； b）必要时还会采取多种线性模型进行分析降低假阳性；c）采用 Bonferroni 校正法来校正 GWAS 分析中多重假设检验后的 P 值可以降低假阳性的概率。因此，前期对样品的采集及表型的记录需要准确详细。
5、得到的结果如何验证？
a）已发表的本物种或相近物种的QTL或基因比较分析；b）若没有已发表的，可通过家系群体QTL分析进行验证；c）结合转录组或者表达谱分析，验证相关区域或者位点调控的通路信息。
参考学习：
1、 全基因组关联分析 (GWAS) - 简介
2、 全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）
为什么拟南芥被定为测试基因组全序列的第一种植物?
第一:拟南芥的优点是植株小、每世代繁殖时间短、结实多、生活力强培育方便简单。第二:拟南芥的基因组是目前已知植物基因组中最小的。因此研究其全基因组及克隆基因都相对容易。第三:拟南芥是自花受粉植物，基因高度纯合，用各种理化因素处理拟南芥，容易获得突变型。因此拟南芥被选定为第一种模式植物。
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1、常规sanger测序:cDNA文库构建，EST测序，菌液测序，PCR产物测序，T载体克隆测序 2、基因序列分析：引物设计合成，全基因合成，多肽合成，SNP多态性分析，外显子测序，STR\/SSR检测分析，稳定细胞株筛选，载体构建与表达 3、核酸提取：植物，动物，细菌等各种组织DNA、RNA提取 4、分子检测：Real-time PC...
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4、高通量测序技术解析转基因分子特征平台都有哪些？目前可用于转基因测序分析的测序平台主要有Roche\/455，Illumina HisSeq，Solid，Heliscope，以及三代测序平台PacBio SMRT，Nanopore纳米孔测序等等。不同的测序具有不同优势。5、基于高通量测序技术的转基因生物分子特征分析方法都有哪些？（1）基于全基因组...
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东市区13158093995： 如何去锁定或初步筛选研究相关snp位点 - ？
错乳安痛： 这个要看研究的对象了1. 如果是单基因遗传,二代测序这个比较好做,特别是那种罕见遗传的疾病,可以通过外显子测序(因为罕见遗传病大部分都是外显子的突变造成的),对一个家系的几个个体进行测序,筛选低频突变,随后找那种能改变蛋白功能的突变,最后做共分离分析. 2. 如果是多基因病或者质量性状定位,那么2个方法,1,全基因组关联分析GWAS,用散发型个体,做关联分析.不过这种方法要的样本量比较大,一般都要大几百个,多的都要好几千. 2.基因家系的连锁分析,这个主要是定位,然后在后续做一些东西,一般用芯片或者全基因组重测序或者简化基因组测序.
东市区13158093995： 如何查找某一菌株的全基因组数据 - ？
错乳安痛： UCSC上有,输入基因名,选对物种即可
东市区13158093995： 现在已经有了物种全基因组测序,该怎么对该物种每个基因进行分析呢? - ？
错乳安痛： 这个问题要是能够完美回答就没有那么多国内外生物学家仍在努力奋斗了.事实上,全基因测序得到就如一本“天书”,我们还是像以前那样,比如研究某个基因,任然要做很多实验,各个层次的,分子的蛋白的,研究基因产物的功能结构,和...
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