怎样利用转录组序列扩增cDNA全长？
这个你就要看你设计的DNA引物是结合在哪个部位了。
如果你的DNA引物是设计在非编码mRNA的区域的，那么根本就扩不出来。
如果你的DNA引物也是根据mRNA设计的，那么还能用。
一般随机引物反转录能得到的片段为1kb左右，olig dT的话片段要长一些，根据反转录酶和条件不同而不同。如果你要扩增的cDNA片段大于1kb，最好还是重新设计引物进行分段扩增。
其实要看你的目的，如果你是要扩增基因组的基因的话，那你就去ncbi－genome上面找到你要研究的那段基因，如果基因不太长1kbp以内的话，那就可以直接选取两头约20bp的片段设计互补引物。如果基因太长了，那就设计多段引物，一段一段把基因pcr出来再连在一起。如果你要扩增的是cDNA的话，也就是蛋白质的cDNA序列的话，就去ncbi－gene里面找到相应蛋白质的序列，再设计引物，以cDNA文库位模版把目标基因给pcr出来。
根据基因CDS区域两端设计引物；
CDS两端；
是反转录加常规PCR；反转录是要用oligodT代替dNTP
扩增子、宏基因组、宏转录组,三大法宝玩转肠道微生物
借助扩增子和宏基因技术，我们可以知道肠道中存在的微生物的群落分布和具备的功能，若想进一步解析微生物此时此刻正在做什么，就离不开宏转录组了。宏转录组可以研究在特定条件下，环境\/组织样本中所有的微生物的RNA的集合，利用高通量测序，可以直接获得样本中所有微生物转录组信息，能够从转录水平研究复杂微...
转录组学是研究什么的?
一、转录组的释义 转录组是研究细胞中所有RNA序列的方法和技术，这些RNA序列是由细胞在特定条件下转录生成的。转录组研究可以帮助我们了解细胞在不同生理状态下的基因表达情况，以及基因表达的调控机制。通过对转录组的研究，可以发现新的基因及其功能，深入了解细胞的生长、发育、代谢等生命活动过程。二、...
转录组学分析流程
1. 数据来源 假设有两个不同组织（PR和SR），每个组织各区三个样本，一共六个样本，利用illumina平台进行转录组测序，得到双端测序数据。 数据原始格式为 .fq ,共有12条测序数据文件（每个样本产生两条）2. 测序数据质量评估 利用fastQC软件对获得的fastq序列文件进行质量分析，生成html格式的结果报告，...
转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
1.样本是否是同一批次样本进行转录组和QPCR分析？ 2.挑选验证基因时，挑选的基因是否序列较短或者外显子较少？ &...
FFPE空间转录组技术原理及优势
一、FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整...
转录组学分析流程
4. 序列比对到参考基因组 HISAT2软件用于将处理后的fasta序列与参考基因组比对，以分析转录组。转录组包括mRNA、非编码RNA（ncRNA）、核糖体RNA（rRNA）等。转录组测序关注特定细胞在特定状态下的RNA总和，包括mRNA和ncRNA。转录组具有时间、组织、空间特异性。若物种有高质量基因组序列且比对效率高，可...
空间转录组
10X Visium的精密探针 10X Visium利用组织切片在芯片上捕获RNA，通过染色、透化处理，oligo-dT探针精确捕捉mRNA，形成带有地址序列的cDNA文库。每个区域分布着5000个条形码标记点，间距仅为100微米，提供了高密度的空间分辨率。华大科技的立体视角 Stereo-seq技术由华大推出，凭借500纳米的分辨率和大范围全景视场...
转录组转录组高通量测序的优势?
相比于传统的芯片杂交方法，转录组高通量测序技术具有显著的优势。首先，它摒弃了对已知序列的预先设计探针的需求，这使得它能够对任何物种的转录活动进行全面且实时的分析，展现出前所未有的灵活性。这种方法无需预先设定，能够直接捕捉到转录组的动态变化，为研究提供了极大的便利。其次，转录组测序提供了更...
第一章 RNA-seq入门
转录组学，即对所有转录本的研究，涵盖了差异基因表达、转录组组装和Illumina测序库构建等关键环节。让我们一步步走进实验流程：首先，提取RNA，然后进行DNA酶处理，去除干扰，接着进行mRNA富集或rRNA剔除，将DNA分子剪切成片段，接着进行cDNA的合成（链式或非链式文库），通过PCR扩增并筛选出目标序列。测序...
转录组学分析的流程?
高通量测序：将构建好的文库进行高通量测序，可以使用NGS技术。测序得到的数据将成为后续分析的基础。数据分析：对测序数据进行生物信息学分析。这包括数据预处理、比对到参考基因组或转录组的序列、表达量计算、差异表达基因分析、功能富集分析、聚类和表达模式分析等。结果解释和验证：解释分析结果并进行验证...
希斩抗病： 如果已知部分序列,希望得到全长的话,可以(1)用RACE方法得到cDNA全长,再根据cDNA序列设计引物,以基因组DNA为模板PCR扩增基因组DNA;还可以(2)以已知序列为探针筛选基因组DNA文库,获得该基因的DNA全长;其他选择...
林芝县18554529906： 要扩增全长cDNA 引物怎样设计 - ？
希斩抗病： 其实要看你的目的,如果你是要扩增基因组的基因的话,那你就去ncbi-genome上面找到你要研究的那段基因,如果基因不太长1kbp以内的话,那就可以直接选取两头约20bp的片段设计互补引物.如果基因太长了,那就设计多段引物,一段一段把基因pcr出来再连在一起.如果你要扩增的是cDNA的话,也就是蛋白质的cDNA序列的话,就去ncbi-gene里面找到相应蛋白质的序列,再设计引物,以cDNA文库位模版把目标基因给pcr出来.
林芝县18554529906： 我知道某目的基因的cDNA序列,要pcr扩增此基因cDNA全长,引物怎样设计? - ？
希斩抗病： 如果是要表达该基因的话把CDS区扩增出来就可以了 想扩增全场的话只能引物设计在前后端了 不过后面是Poly T, 所以估计反转录的时候得加一个adapter 这样才能扩增完整的出来 还是比较麻烦的 而且全长的话太长了 要用高保真的酶 很容易出现错配和突变
林芝县18554529906： 目的基因序列已知,如何克隆其cDNA? - ？
希斩抗病： cDNA不是被克隆出来的,而是mRNA反转录出来的.你现在要做的是克隆编码区全场,而不是cDNA.如果你有反转好的cDNA,序列也已知的话,直接在3'和5'非翻译区设计引物,以cDNA为模板,克隆出全长基因.
林芝县18554529906： 已知一个基因(cDNA)的部分序列,如何克隆其(cDNA)全长序列? - ？
希斩抗病： 1. 首先通过生物信息学的方法,在序列数据库中得到所需目的序列的全长信息.2. 根据目的序列的全长设计一对引物3. 提取该基因所在生物体的基因组DNA,或提取mRNA,反转录成cDNA4. 以上部得到的DNA为模板,进行PCR反应,扩增5. 扩增产物跑琼脂糖凝胶电泳,切胶回收即获得了全长DNA片段
林芝县18554529906： 通过PCR怎样获得全长cDNA - ？
希斩抗病： 从cDNA的两端设计引物,用没有DNA污染的cDNA为模板即可扩增得到.
林芝县18554529906： 转录组里克隆基因需要做race吗 - ？
希斩抗病： 如果你想要全长cDNA的话,就需要做RACE.如果只是想要编码段,可以不用做RACE,poly-dT反转录后直接设计特异性引物把CDS区段PCR扩增出来,连接进载体即可.
林芝县18554529906： 已知cDNA全长,怎么得到DNA全长 - ？
希斩抗病： 以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA.步骤的话应该与DNA复制过程类似,需要的原料是mRNA模板,四中脱氧核糖核苷酸,逆转录酶,还有能量,注意:这样获得的DNA片段不含非编码区序列.以下是专业回答一).构建...
林芝县18554529906： 如何DNA片段克隆全长cDNA - ？
希斩抗病： cDNA不是用mRNA来反转录,搭载在载体上克隆,或者PCR克隆的么 为什么是DNA啊 你是不是说,先用已有的片断DNA制成相应的标记抗体,然后做分子杂交,找出基因的位置,然后将合适的引物扩增出来然后再筛选啊.
林芝县18554529906： 仅知道cDNA内的一段序列,两端的序列未知,如何用PCR的方法扩增全长的cDNA序列? - ？
希斩抗病： 如果有条件,还是应该RACE,这是得到全长最正统的办法.知道几十bp应该够用了.另外我奇怪的是,NCBI上没有你需要的蛋白的mRNA序列吗?猪是Sus scrofa,不妨再找找.既然小鼠和人里面都有,猪里面应该也有.你再去找找吧.如果能找到,设计引物就简单了.还有一个办法,就是查查文献,有没有人以猪为对象做过这个gene,运气好的话能找到现成的primers的.祝实验顺利.
