10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析联合大全
LIANA（LIgand-receptor AAnalysis frAmework）是一个框架，能够使用不同的资源和方法对来自单细胞转录组学的配体-受体相互作用进行优先排序。 它允许用户系统地生成关于来自给定细胞类型的哪些配体与另一种细胞类型的受体结合的假设。 与 LIANA 相比，NicheNet 旨在深化将配体与一组转录靶标连接起来的细胞内机制，从而广泛使用来自多个来源的先验知识。 LIANA 和 NicheNet 并不相互排斥，但在某些情况下可能相当互补，因为它们旨在探索细胞间和细胞内通信的不同方面 。
By default, LIANA will score the ligand-receptor interactions in all the possible directions within the two cell types of interest. This includes: Autocrine signaling (e.g. CAFs -> CAFs), CAFs -> Tumor cells and Tumor cells -> CAFs. As we are only interested in the CAFs -> Tumor cell direction, we filter the results and visualize the top 50 interactions according to the consensus/aggregate rank across methods. The aggregate rank itself can be interpreted as the significance of preferential enrichment for the interactions.
将 LIANA 与 NicheNet 结合的关键方面是可以使用 LIANA 优先考虑的配体作为 NicheNet 的潜在配体集 。 不会评估受体也在受体细胞类型中表达的所有表达配体，我们将仅探索那些被 LIANA 中包含的方法优先考虑的配体。 因此，选择形成前面所示相互作用的配体。
并使用前面提到的 pEMT 基因集执行 NicheNet 预测配体活动
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10X单细胞(10X空间转录组)CNV分析回顾之CopyKAT
了解了CopyKAT的算法原理后，你可以通过输入基因表达矩阵（UMI计数）开始分析，如10X Cellranger输出的格式。在解读结果时，肿瘤细胞的非整倍体被预测为异常，而二倍体细胞视为正常细胞，通过热图可以进一步定义肿瘤细胞的亚克隆群体及其基因表达差异。让我们共同期待CopyKAT在单细胞转录组CNV分析中的应用，希望...
10X单细胞(10X空间转录组)巨噬细胞分析之M1\/M2分型讨论
时间匆匆，我们今日聚焦于10X单细胞空间转录组中的一个重要话题——巨噬细胞M1\/M2分型的讨论。尽管在早期研究中，M1和M2模型被广泛应用于巨噬细胞功能的分类，但其准确性一直受到质疑。M1型巨噬细胞通常与炎症反应相关，而M2型则与修复和免疫调节联系在一起。然而，体外培养条件下的M1\/M2概念过于简化，...
10X单细胞(10X空间转录组)聚类算法之leiden
学生是 细胞 ，在操场上站队(聚类)。模块度 是体育老师，检查学生站队是否合理。连线( 细胞间权重 )表示学生之间有一定的关系，比如同班同学，身高一致等。当害羞同学从红队调整到绿队时，体育老师发现队形变好看了(模块度打分提高了)。因为红队身高整体比绿队高，害羞同学比较矮，适合绿队。害羞同学刚开...
10x的空间单细胞文件格式详解
首先，理解10x空间单细胞文件格式至关重要，因为所有10x技术的数据分析都基于Space Ranger软件，如cellranger的定量流程。从下载空间 Ranger 和数据库文件开始，10x官网提供了案例数据，如Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer_fastqs.tar，使用 spaceranger处理大约半小时就能完成，服务器环境下的流程更为简便。大...
10X 单细胞基因表达样本制备指南
scRNA-seq 技术的进步让研究人员能够获取之前经常会被大量(Bulk)细胞的RNA-seq方法所掩盖的关键数据,如罕见或新的细胞类型,从而在单细胞水平上探索真正的基因表达多样性(图1)。 然而,为了充分利用这种革命性的技术,必须妥善地制备单细胞样本。本文对制备单细胞样本的建议进行了概括,这些样本可用于10x Genomics的单...
10X单细胞空间联合分析之十一(CellTrek)
总体而言,该数据表明 CellTrek 是一种在不同实验条件下进行单细胞空间映射的稳健方法。 将CellTrek 应用于公共小鼠大脑 scRNA-seq (Smart-seq2)和 ST 数据集(Visium,10X Genomics)。 我们将 CellTrek 与 NVSP-CellTrek 和 SrtCT 方法进行了比较。 CellTrek 按照 L2\/3 端脑内 (IT)、L4、L5 IT、L6 IT、...
10X单细胞(10X空间转录组)TCR数据分析之TCR 内在调控潜力系统(TiRP)
we partitioned the CDR3β sequence into a Vmotif within a V-region, a CDR3β middle region (CDR3βmr), and a Jmotif within a J-region. (b) Schematic showing TCRs of multiple lengths aligned to the TCR β chain structure. Three complementary-determining regions within the T...
10X空间转录组之利用基因表达和形态学信息划分组织区域(3D表达域构建...
最后,潜在嵌入用于通过 UMAP 可视化数据,并使用各种聚类算法(例如 mclust 和 Louvain( 这个聚类方法大家可以参考文章 10X单细胞(10X空间转录组)聚类算法之Louvain ))识别空间域。 为了定量评估 STAGATE 的空间聚类性能,我们首先将其应用于包含 12 个人类背外侧前额叶皮层 (DLPFC) 部分的空间表达的 10x Visium 数据...
10X单细胞(10X空间转录组)降维分析之UMAP
如果你不知道tSNE是什么,它是如何工作的,也没有读过2008年的革命性的van der Maaten & Hinton原稿,可以参考我的那文章 10X单细胞(10X空间转录组)降维分析之tSNE(算法基础知识) 。尽管tSNE对一般的单细胞基因组学和数据科学产生了巨大的影响,但人们普遍认为它有一些缺点,这些缺点很快将得到解决。( tSNE的缺点在上...
10X单细胞空间联合分析探索人类性别分化的奥秘
10X单细胞空间联合分析探索人类性别分化的奥秘 人类胎儿肾上腺在性别分化过程中扮演关键角色，产生大量脱氢表雄酮（DHEA），作为性激素前体。一项使用10x Genomics单细胞转录组技术的研究，对7至14周的人胎儿肾上腺和性腺进行测序，揭示了性别分化过程中的关键机制。研究发现，胎儿肾上腺较早开始合成类固醇，与...
捷松二十： 要看情况,总体的测序深度是否够高,如果某个基因或转录本的reads数目仅有1-2条,我们一般认为其确实存在,但是表达量无法准确估计.所以在下结论的时候一般以readscount;1的认为有表达,但是以FPKM;1为可信的表达量,低于该值的表达量可能是不
潜山县13742839844： 单细胞是怎样形成的 - ？
捷松二十： 有一种观点: 病毒是地球上最原始的生命物质,病毒是大分子生物.它是无机自然界到生命出现这一进化过程的关键环节.地球上最早的生命形态是RNA病毒,后来演变为DNA病毒,随着DNA病毒遗传物质的改变而导致DNA病毒结构的变异,...
潜山县13742839844： 有关单细胞提取RNA,看大多都说直接裂解细胞后反转录,然后PCR.这样PCR时会有DNA污染吗? - ？
捷松二十： 这要看你引物设计如何了,跨内含子与否..? 如果引物设计的好,DNA污染对反转录是没有任何影响的.. 不过还是建议你用DNA酶消化一下..北京华越洋的RNA提取试剂盒,在RNA提取过程中清楚了DNA污染,所以得到的RNA没有任何DNA污染,可满足苛刻的荧光定量PCR对DNA无残留的要求.. 北京华越洋生物..外源RNA酶清除剂,代替致癌的DEPC,..RNA提取必备!
潜山县13742839844： 单细胞什么意思 - ？
捷松二十： 生物圈中还有肉眼很难看见的生物,他们的身体只有一个细胞,称为单细胞生物.生物可以根据构成的细胞数目分为单细胞生物(Protozoa)和多细胞生物(Metazoa).单细胞生物只由单个细胞组成,而且经常会聚集成为细胞集落.单细胞生物个体微小,全部生命活动在一个细胞内完成,一般生活在水中. 单细胞生物主要分有核和无核的单细胞. 如果是一般一人说另一人是单细胞的话,指思想,反应比较简单的.
潜山县13742839844： 单核细胞的名词解释 - ？
捷松二十： 单核细胞来源于骨髓中的造血干细胞,并在骨髓中发育.当它们从骨髓进入血液时仍然是尚未成熟的细 胞.与其他血细胞比较,单核细胞内含有更多的非异性酯酶,并且具有更强的吞噬作用.单核细胞在血液中停留2-3天后迁移到周围组织中,细胞体积继续增大,直径可达50-80μm,细胞内所含的溶酶体颗粒和线粒体的数目也增多,成为成熟的细胞.固定在组织中的单核细胞称为组织巨噬细胞,它们经常大量存在于淋巴结、肺泡壁、骨髓、肝和脾等器官.激活了的单核细胞和组织巨噬细胞能生成并释放多种细胞毒、干扰素和白细胞介素,参与机体防卫机制,还产生一些能促进内皮细胞和平滑肌细胞生长的因子.在炎症周围单核细胞能进行细胞分裂,并包围异物.
潜山县13742839844： 单细胞是怎么形成的 - ？
捷松二十： 发现和筛选新的抗生素,无疑是很重要的. 二、放线菌的形态与结构 放线菌菌体为单细胞,大多由分枝发达的菌丝组成,...横隔分裂形成横隔孢子.其过程是单细胞孢子丝长到一定阶段,首先在其中产生横隔膜,然后,在横隔膜处断裂形成孢子,称...
潜山县13742839844： 植物单细胞培养的方法有哪些 - ？
捷松二十： 1. 平板培养法: 特点:单细胞在培养基中分布均匀,便于定点观察、易筛选;通气差,排泄物易积累造成细胞毒害. 2. 看护培养 特点:简便、成功率高;不能在显微镜下直接观察. 3. 饲养层培养 特点:操作简便;不能在显微镜下追踪细胞的分裂和细胞团的形成. 4. 微室培养法 特点:在培养过程中连续进行显微镜观察;鱿鱼培养基少,水分难以保持,培养基的成分及pH等也溶于变动,细胞短期培养后往往不能再生长. 5. 液体浅层静置培养法 特点:易于补加新鲜培养基、可以镜检.
潜山县13742839844： 单身细胞生物的特点是生什么,常见的单细 - ？
捷松二十： 单身细胞生物的特点:由一个细胞组成,全部生命活动在一个细胞内完成.常见的单细胞生物有:酵母菌、衣藻、草履虫、变形虫等.
潜山县13742839844： 常见的单细胞生物种类 - ？
捷松二十： 单细胞生物主要分有核和无核的单细胞.有核的如草履虫就是典型的有核单细胞生物.有核单细胞生物主要有细胞核、细胞质、还有细胞器. 它包括:线粒体、高尔基体、核糖体、细胞膜--这是动物型单细胞.如果是植物型单细胞比如红藻,组...
