原子的第一近邻第二近邻怎么计算

使用GROMACS软件模拟DNA结构，计算rmsf时文献中都用P原子代替残基的行为，这是为什么~

GROMACS运行时需要知道哪些原子及其组合对势能函数有贡献(参见第四章). 此外, 它还需要知道对于不同函数必需的参数. 所有这些都利用 拓扑文件 *.top进行描述, 它列出了每个原子的 固定属性. 原子类型比元素种类多得多, 但力场只对存在于生物系统中的原子类型, 外加一些金属, 离子和硅进行了参数化. 键合相互作用和一些特殊的相互作用由拓扑文件中的固定配对所决定, 必须排除某些非键相互作用(第一和第二近邻), 因为它们已经在键合相互作用中处理过了. 另外, 原子还具有 动态属性, 如位置, 速度和力. 严格地说, 这些不属于分子拓扑, 而是存储在坐标文件*.gro(位置和速度)或轨迹文件*.trr(位置, 速度, 力).

由物质结构理论：第一电离能＞第二电离能＞第三电离能。
最外层电子的个数即为电离能的突变值，如Na核外一个电子，第二电离能突然变大；
Al核外三个电子，第四电离能突然变大；Ar稀有气体，第一电离能就很大。
同理可以计算锂原子的第三电离能、铍原子的第四电离能等等。

扩展资料：
第一电离能是原子失去一个电子，而且第二电离能则是失去外层第二个电子。可根据化合价和元素性质(活泼性)判断。如S CL NA MA NA(从大到小)。
氦原子的第二电离能就是从一价氦离子上取走一个电子所需的能量。而一价氦离子是类氢离子(只有1个电子)，它的电子能量可以严格计算出来。类氢体系的电子能量E正比于核电荷的平方，因此一价氦离子的电子能量是氢原子的电子能量的4倍。
氢原子的电子能量13.6eV，因此一价氦离子的电子能量13.6×4=54.4eV氦原子的第二电离能就是54.4eV。
参考资料来源：百度百科 ——电离能

表面态是固体自由表面或固体间接口附近局部性的电子能态。由于固体表面原子结构不同于体内原子结构，使得表面能级既不同于固体体能带，也不同于孤立原子能级。半导体表面通常位于基本禁带中或禁带边缘附近，电子波函数在表面向内、向外都是衰减的。
塔姆（Tamm）态的概念最早是在1932年提出的。塔姆指出由于表面处晶格突然中断形成一阶跃势垒来描述一维半无限晶体中电子行为，且在真空区（Z0）仍具有布洛赫波性质。而且晶体布洛赫波函数与指数衰减波函数在表面处（Z=0）必须满足波函数及其一阶导数连续的条件，基于此条件解出能量表达式。当k取复数对应向体内方向衰减的定域在表面的电子态即塔姆态。
1935年Maue利用准自由电子（N.F.E）模型，用傅里叶级数展开晶体势函数，取波函数及其一阶导数在表面处连续的条件，证明波势k取复数时在晶带中有表面态存在条件。
1939年消克莱（Shockley）考虑具有两个终端的一维有限链晶体的电子态。并根据原子间距大小提出表面态存在条件。Shockley的研究表明，只有较低态是S态时才产生表面态（Shockley态）。它是由表面原子出现悬挂键而产生的本征表面态。
1939年戈德温利（Goodvain）用紧束缚（TB）模型，用原子轨道线性组合法（LCAO），同样由求解久期矩阵，得到表面态存在于能带的结论。
1947年巴丁（Bardeen）吉布尼发现，可以用一种电解质对半导体表面加电场来控制载流子。他们研究半导体锗的表面性质，把一只锗二极管浸在电解液里，并接上直流电源，发现有一部分电流是由锗表面附近的空穴流动而形成的。他们企图改进场效应的响应时间，却出乎意料地发现了晶体管效应。他们采用两根细金属丝与锗片的表面接触，两根丝分隔的距离很小时（0.005cm左右）发现一根丝与锗片之间有微小的电流变化，这就是晶体管的放大作用。由此他们两人发明了三极管，标志着现代电子技术的第二次飞跃。同时Bardeen提出了费米能级钉扎的概念。认为在半导体表面存在一些能级处理禁带中的本征表面态。它是半导体的费米能级在表面处钉扎在这些能级位置上，因而势垒在与金属接触前已经形成。不同功函数的金属与半导体接触不会明显改变势垒高度，这就是Bardeen模型。
1948年肖克莱和皮尔松（Pearson）为验证巴丁的假说设计了世界上最早的场效应实验装置。证明在表面电场的作用下，表面空间电荷的一部分会发生移动，但大部分不动，原因是这些电荷“陷阱”了表面态。
1957~1960年间，库特基和托马希克（Tomasck）等人用线性组合法（LCAO）较有成效地处理了理想晶体表面的各种局域态，发现肖克莱型表面态形成能带，其宽度很窄（0.2ev左右）。当表面势微扰相当强烈时表面态形成的能带会移到禁带中央以下。
1964年Pugh也采用线性组合法，完成了紧束缚模型的计算。计入了第一、二、三层近邻原子势的微扰作用，得到了金刚石（111）表面态能带的E~K关系，并计算了这种位于禁带中央附近的表面态能带态密度。发现表面态非常集中，在极窄的带宽中的状态占总数的90%以上。
1974年埃皮尔包姆（Appelbaum）和赫曼（Hamamn）对表面电子态的计算迈出了很重要的一步。他们采用了能很成功地计算体内能带的自洽赝势法，提出一种充分考虑表面上各种相互作用的表面势公式，反复协调表面势、表面电荷密度与表面能谱结构，对半导体表面电子结构进行了定量计算，取得了与实验一致性较好的结果。除此之外，Pandy和Phillips用LCAO方法对Si（111）表面态进行计算。得到与Appelbaum等用自洽赝势计算大致相符的结果。
还有Cohen等从另一角度，用自洽赝势方法计算表面能带。他们用无穷个十二层格点组成的薄片和真空薄片交替排列。这样组成的结构具有三维周期性，可以沿用计算三维晶体能带结构的方法。这种方法的优点是比较容易把表面的晶格重构考虑进去。后来，人们利用这种方法作了许多工作，并计算出各种表面重构的情况下系统的总能。从总能的极小值求出稳定的重构结构，并和实验进行比较得到了很好的结果。
自洽赝势方法用于表面计算的一个最新发展是Hybertsen和Louie用于准粒子方法来计算表面态。计算得到了As在Ge（111）面上形成的表面态与最近的角分辨光电子谱实验结果符合得十分好。说明准粒子方法不但可用于体能带的计算，而且在表面态的能量计算方面，也带来了很大的改进。
1977年Spicer等用光电子谱研究了CaAs半导体的表面电子结构。在CaAs（110）表面，As原子悬挂键被电子占据形成填满的表面带，而Ca原子的悬挂键则完全是空的，形成全空的表面带。表面吸附、外来原子或表面的不完整性（缺陷、台阶、杂质）都会产生表面态，被称为非本征表面态。近几年来，谢希德和同志们主要从事表面物理研究。对表面弛豫、表面吸附以及各种接口的研究取得了一定进展。他们用能量最低的原理研究CaAs（110）表面弛豫情况。通过一系列元素吸附前后表面结构的变化得出，CaAs（110）面费米能级的钉扎可能是由于吸附后表面驰豫减小，使表面态重新进入禁带的缘故，与法国和德国一些学派从实验角度得出的观点一致。国外原有的理论计算认为Cl只能吸附在Ge（111）面的三度开位上，而谢希德首次根据自己的计算提出Cl更可能吸附在Ge（111）面的顶位上。这一结论在1982年已为国外实验所证实。于是国际理论界重新做了计算，在1983年同意了他们关于Cl吸附在Ge（111）顶位的结论。除此之外他们还研究各种接口的电子态。由于硅化物具有较低的形成温度和较高的电导，大规模集成电路中有广泛的应用前景。因此她和同事们选择了镍硅化合物和硅界面为对象，做系统的理论研究，不仅搞清了镍在Si（111）和Si（100）表面吸附初始阶段的位置和电子特性，详细研究不同组分镍硅化合物的电子结构，得到镍硅化合物电子结构随组分的变化规律。这些研究能帮助人们了解表面的几何结构，外来原子或分子吸附引起的各种电子态的变化、电荷的再分布、化学键合等许多基本原理，是半导体表面电子态研究中的前沿。

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万秀区19220145985： 晶体的配位数如何计算,主要是面心立方的 - ？
右固抵克： 面心立方结构的晶体,其配位数是12. 以某一原子为原点,离它最近的即第一近邻其有12个原子,其距离为√2/2a,a为晶格常数.

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右固抵克： 配位数的算法: 1.找出原子或离子的种类数 2.每一种原子或离子在晶胞中的个数(在晶胞内部算1,在晶胞侧面算0.5,在晶胞棱上算0.25,在晶胞顶点算0.125) 3.比一下就可以了 是不是相邻?就是看原子之间是不是还有别的原子

万秀区19220145985： 原子中怎样算第一层电子数和第二层电子数? - ？
右固抵克：[答案] 一般来说,对于电子层上的电子,最多为2n的平方,即第一层最多2个,第二层最多8个 对于前两个电子层就是这样,从第一层往外依次一个一个增加,排满第一层再排第二层 对于第三层及以后由于能级跃迁的问题会复杂,而且越到后面越复杂.

万秀区19220145985： 英果尔 - 凯恩规则的一条第一个原子相同比较第二个,具体哪个是第二个? - ？
右固抵克： 次序规则是各种取代基按照优先顺序排列的规则 (1)原子:原子序数大的排在前面,同位素质量数大的优先.几种常见原子的优先次序为:I>Br>Cl>S>P>O>N>C>H (2)饱和基团:如果第一个原子序数相同,则比较第二个原子的原子序数,依次类推.常见的烃基优先次序为:(CH3)3C->(CH3)2CH->CH3CH2->CH3- (3)不饱和基团:可看作是与两个或三个相同的原子相连.不饱和烃基的优先次序为: -C CH>-CH=CH2>(CH3)2CH-

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右固抵克： 初中阶段,在原子中存在以下等量关系式: 核电荷数 = 核内质子数 = 核外电子数 相对原子质量 = 质子数 + 中子数 那么要是一直某两个条件,就可以求出其他条件了.

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万秀区19220145985： 同一主族的两种不相邻元素的原子序数之差怎么算 比如镁和钡之间该怎么算 - ？
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右固抵克： 所谓选取标准就是看截断半径之内引起的误差跟真实体系的误差足够小,小到不影响你需要获得的结果的正确性;同时计算机时也让你可以接受...... 查看原帖>>

万秀区19220145985： 已知某金属氧化物的晶胞结构已知, 则该晶体氧原子的配位数怎么求?谢谢 - ？
右固抵克： 以某一离子以中心,算一下它的第一近邻有几个离子数,这个数就是配位数.如:简立方为6,体心立方为8,面心立方为12,密排六方为12.

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右固抵克： 一写,二配,三标,四查.两边的原子个数必须相同,否则就不是方程.计算原子个数时,化学式前的系数乘以化学式中的原子个数.