数据在线绘图-亿图如何绘制uml数据
相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧!
在circos官网(
/
)的最右方有个“CIRCOSONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。
打开后界面如下:
以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例,给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例,以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。
绘制circos图
1.数据准备
首先我们要做的就是准备画图所用到的数据,所用数据为物种在各样品中的相对丰度,这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图,数据如下(列名A、B、C为样品,行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类):
OTUABC
Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733
Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.000426249200782749
Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988
Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.02565003004872960.0330226880824598
Lachnospiraceae0.005691857602178260.01390206286339050.0173870923992018
Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.0588340146862225
Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856
Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203110.0274388235522058
Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722
由于网站要求的数据格式为非负整数,故将所有的数据乘1000(系统会自动截掉小数点后的数据),输入数据则变为:
OTUABC
Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749
Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988
Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
2.绘图
数据准备好就可以来绘制circos图了,只需要导入数据就可以。
生成的图片如下:
可以看到,图中的物种和样品完全是按照字母顺序排列的,我们希望物种和样品分别位列两边,这里可以人为的对其指定顺序。方法也很简单,就是在数据的第一行和第一列用数字来指定顺序。如下:
OTUOTU1_2_3
OTUOTUABC
12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
10Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988
8Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
11Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
5Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
4Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749
第一行指定了样品的顺序,而第一列按丰度指定物种的顺序。生成图片时要勾选下图红框中的选项(排序所用),不然会报错哦!
新图如下:
图中由于部分物种丰度较低,导致物种名重叠,解决这个问题可以改变文字的布局。这时就需要进行设置了。
3.图片设置
点击"settings"进入设置界面,会有很多的设置选项,可以对图片进行细调。
这里只需要修改两个地方即可,将下图第一个红框改为“no”,可以调整文字为垂直布局,避免重叠;但是如果物种名太长,又可能会超出图片范围,所以要缩小圆圈的半径,即将第二个红框改为small。
修改并保存设置后,重新生成图片:
好了,今天我就先给大家介绍到这里,希望对您的科研能有所帮助!祝您工作生活顺心快乐!
更多生物信息课程:
1.文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
2.转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读
3.转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析
4.转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读
5._⑸16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程
6.生物信息入门到精通必修基础课,学习链接:linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图
7.医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章,学习链接:TCGA-差异基因分析、GEO芯片数据挖掘、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据生存分析、TCGA-转录因子分析、TCGA-ceRNA调控网络分析
8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代测序数据解读。
亿图如何绘制uml数据时序图绘制步骤
使用「亿图图示」软件(需提前安装)绘制时序图,只需要4个步骤,具体内容如下所述:
①运行软件,开启绘图
双击启动软件,依次点击“新建”-“软件”-“UML模型图”-“创建”。
②绘制UML时序图
在左侧符号库里找到“UML序列”的符号,从中拖拽符号至画布中,再进行排列组合。
③完成绘制
输入文本,再修改样式,即可完成时序图的绘制。
④保存或导出
可以在软件“文件”中,保存源文件到电脑本地,也可以保存为其他的查看格式。
另外,软件里还内置不少模板,可以免费修改和套用。
常用的数据可视化软件有哪些大数据正在走进人们的生活。虽然获取数据问题不大,但有很多人不知道如何得出结论,因为数据太多。因此,我在这里提供了8个有用的数据可视化工具,帮助你了解数据,希望这能够帮助你!
1、
Datawrapper
Datawrapper是一个用于制作交互式图表的在线数据可视化工具。一旦您从CSV文件上传数据或直接将其粘贴到字段中,Datawrapper将生成一个条,线或任何其他相关的可视化文件。许多记者和新闻机构使用Datawrapper将实时图表嵌入到他们的文章中。这是非常容易使用和生产有效的图形。
2、
TableauPublic
TableauPublic可能是最流行的可视化工具,它支持各种图表,图形,地图和其他图形。这是一个完全免费的工具,你用它制作的图表可以很容易地嵌入到任何网页中。他们有一个不错的画廊,显示通过Tableau创建的可视化效果。
虽然它提供的图表和图形比其他类似工具要好得多,但我并不喜欢使用它的免费版本,因为它附带了一个很大的页脚。如果不是像我这样大的关闭,那么你一定要试试看。或者如果你能负担得起,你可以去付费版本。
3、
Hightopo
Hightopo作为成熟的数据可视化编辑器,具备可复用、动静结合独特的展示效果,使得数据可视化灵活强大,动静皆宜,为广大用户提供了无限的应用能力和想象空间。
其拥有自主研发的可视化软件,泛用于工业物联网场景的B/S模式,支持
2D、3D
图形组态。兼备了国外可视化轻量跨平台操作的优秀特点,可与企业自有系统无缝整合,轻松将边缘数据统一为一个功能全面的数据可视化系统。实现现代化、高性能、跨平台图形展示和良好的交互体验。同时还可以免费申请试用软件。
4、
非常适合小型项目。尽管只有六种图表类型,开源图书馆是用于爱好和小型项目的完美数据可视化工具。使用HTML5canvas元素绘制图表,创建响应式平面设计,并且正在迅速成为最流行的开源图表库之一。
5、
Raw
Raw将自己定义为“电子表格和矢量图形之间的缺失链接”。它建立在之上,设计得非常好。它有这样一个直观的界面,你会觉得你之前使用过它。它是开源的,不需要任何注册。
它有一个21图表类型的库可供选择,所有的处理在浏览器中完成。所以你的数据是安全的。RAW是高度可定制和可扩展的,甚至可以接受新的自定义布局。
6、
Infogram
Infogram使您可以在线创建图表和图表。它有一个有限的免费版本和两个付费选项,其中包括200+地图,私人共享和图标库等功能。
它配备了一个易于使用的界面,其基本图表设计良好。我不喜欢的一个功能是当您尝试将交互式图表嵌入到您的网页(免费版)时所获得的巨大徽标。如果他们能像DataWrapper使用的小文本那样更好。
7、
TimelineJS
顾名思义,TimelineJS可以帮助您创建美丽的时间线而无需编写任何代码。它是一个免费的开源工具,被Time和Radiolab等一些最受欢迎的网站所使用。
这是一个非常容易遵循四步过程来创建您的时间表,这在这里解释。最好的部分?它可以从各种来源获取媒体,并内置对Twitter,Flickr,GoogleMaps,YouTube,Vimeo,Vine,Dailymotion,Wikipedia,SoundCloud和其他类似网站的支持。
8、
Plotly
Plotly是一个基于Web的数据分析和绘图工具。它支持具有内置社交分享功能的图表类型的良好集合。可用的图表和图表类型具有专业的外观和感觉。创建图表只需要加载信息并自定义布局,坐标轴,注释和图例。如果你想要开始,你可以在这里找到一些灵感。
亿图软件市场链表怎样绘制
根据需要选择另外的图形警告图形，摆放在右边;6、拉一个飞镖，放在右边，调整好位置;7、用这样的方法，就绘制好了一个市场链表。以上的图文步骤就是关于亿图软件如何绘制市场链表的教程，可以制作简易市场链表，但是在制作过程中，用户朋友可以根据操作熟练度和自身需要绘制更高难度的链表。亿图图示软件| ...
亿图软件质量功能部署图怎样绘制
让其满足项目管理，如图：5、选中底部矩形，勾选单色渐变填充，修改填充色，如图：6、最后调整底部矩形展示中内容的文字的大小和样式，如图：通过以上的学习，相信关于亿图软件如何绘制质量功能部署图的问题不会再成为各位朋友的困扰，各位可以随心所欲的为自己的项目设置适合的部署图。亿图流程图软件| ...
亿图软件怎么绘制高光图
能让画面的层次感、光影效果更加突出，特此小编带来关于亿图软件如何制作高光图的教程。1、打开亿图图示软件，进入其编辑页面;2、点击左上角文件;3、打开预定义模板、例子;4、在基本绘图里选择高光图;5、在高光图里选择一种基本图形，如椭圆;6、通过鼠标将其拖放到编辑页面;亿图软件| ...
亿图软件心形丝带怎样绘制
在这些图形中心形丝带图形是一个常用图形，有不少的朋友会用到它，特此小编带来亿图软件如何制作心形丝带的教程，帮你排忧解难。1、打开亿图图示软件，进入主界面;2、在预定义模板和例子中找到并点击剪切画;3、在模板里双击设计元素;4、进入符号库，点击心形;5、找到丝带心形;6、把它用鼠标拉到绘图区...
在亿图图示中如何快速插入金字塔图?
相信很多小伙伴都有在使用亿图图示，在其中如何才能插入金字塔图呢？方法很简单，下面小编就来为大家介绍。具体如下：1. 首先，打开“亿图图示”。进入后，依次点击左侧 “新建”-“基本绘图”。2. 在基本绘图界面中，找到并双击下图箭头所指的金字塔图：3. 出现下图所示窗口后，选择一个自己想要的金字塔...
亿图图示EdrawMax 全新版本,帮你办公绘图,设计各类图表和思维导图_百...
亿图图示EdrawMax，作为一款功能强大的综合图形设计工具，专为提升办公绘图和设计体验而生。即使是对绘图不熟悉的用户，也能轻松创建专业图表，如业务流程图、组织结构图、UML图等众多类型。其亮点在于其丰富的实例库和模板库，让设计变得简便易行。Edraw Max的PID管道图功能独具特色，能够精确展示管道与控制...
亿图图示软件如何制作room图
5.在页面上用户就可以看到room图的样式了，用户可以根据自己的需求来进行设置 6.用户可以双击其中的板块来重新输入自己需要的文字信息 7.也可以在左侧的连接符选项卡中找到自己需要的箭头符号 8.选择好后在板块中进行绘制和调整就可以成功添加连接符了 用户想要制作一个room图，就可以亿图图示软件中找到...
亿图图示新手教程-亿图如何绘制uml数据
亿图脑图如何上传云文件 亿图脑图可以通过以下步骤上传云文件:1.打开亿图脑图软件,并登录您的账户。2.在左侧导航栏中选择“我的文档”,然后单击“新建”按钮创建一个新的文档。3.在新建文档界面,选择“从电脑上传”选项,然后在弹出窗口中选择要上传的文件。支持多种格式的文件,如.doc、.ppt、.xls、PDF...
亿图软件家谱图怎样绘制
尤其是有些用户的家族非常庞大，涉及到很多的支线，但是具体该用什么模板来操作，下面请看小编带来的亿图软件如何设计家谱图教程。打开亿图图示软件，进入其主界面;找到并选中组织结构图;在组织结构图中找到家庭树，双击它;在进入的页面点家谱图;据家庭成员的情况和性别选择图形，如男性;将它拉到编辑区;点...
亿图在线制作海报-超级好用的五款绘图软件!
?1、首先搜索亿图在线,进入网站开始作图,选择平面设计类型,再找到海报模板。 ?2、选择任意模板并打开,选择海报后可以快捷修改文字。也可以在线修改海报的主题样式。 ?3、绘图完成后可以导出图片或者其他格式。。 ? logo设计 创造品牌价值 ¥500元起 APP开发 量身定制,源码交付 ¥2000元起 商标注册 一个好品牌从...
狄泄他克： UML活动图就类似与流程图,按照你的业务流程顺序,绘制每一个活动过程.如下图 活动图中的泳道,行表示流程顺序,列表示不同的处理对象
隆回县13372087487： 怎样使用 数据表格 绘制 UML 图形 - ？
狄泄他克： 绘制UML,是用VISIO吧 没有Visio的话 目前的做法是用专用软件绘图然后生成图片,在数据表格里插入图片.
隆回县13372087487： 怎么用visio画出这样的UML类图 - ？
狄泄他克： visio替代软件Edraw 亿图图示软件中直接新建一个UML模型图,然后选择相应的模板或者例子就可以快速创建了,软件左侧的符号库中含有大量的图形、符号,直接拖拽就可以使用,很方便.
隆回县13372087487： 如何使用visio2013如何绘制UML图 - ？
狄泄他克： 方法/步骤 1 打开visio 2013软件 2 选择类别—>软件和数据库 3 选择你要绘制的UML图(状态机图为例) 4 开始绘图
隆回县13372087487： 如何画UML 图 - ？
狄泄他克： 1需要先理解类的概念2然后看uml教程理解uml图的规范3 以上会了 就可以手画uml图 也可以使用uml建模工具软件 比如 Rational Rose 等
隆回县13372087487： 软件工程 UML图 数据模型图 怎么画啊??给个图吧.用什么软件画啊？
狄泄他克： 专门用来制作UML图的,如ArgoUML和Rose, 上图:
隆回县13372087487： 如何制作UML类图 - ？
狄泄他克： 下载trufun plato UML2建模工具,参考软件帮助系统或者访问trufun官方网站的在线帮助系统,里面有详细的UML类图创建步骤和UML类图元素介绍!还可以咨询trufun的在线客服,都会给您及时解决问题!
隆回县13372087487： uml类图用软件怎样画?? - ？
狄泄他克： 1.StarUML,小巧、免费,功能也不错. 2.Visio,微软的,不仅是用于UML图. 3.Rose,大而全.
隆回县13372087487： 怎么用eclipse画UML用例图 - ？
狄泄他克： 1、 添加UML插件,点击Myeclipse上的windows— 〉open persperctive——〉other,打开如下的窗口.2、 在图1窗口中点击show all,列出了所有的插件,点击“MyEclipse UML”,将UML插件安装好.3、选择要建立UML图的工程,点击右键,选择new—〉UML model Respitory,建立UML工程,然后将类直接拖入工程中既可以了.
