GWAS -4 VCF格式文件转为Plink文件

~ 参考： https://cloud.tencent.com/developer/article/1556166

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式

plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式

两个版本用到的命令不一样

对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为：

生成的vcf为4.2版本

对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行为：

生成的vcf为4.3版本

参考： https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8574237.html

链接： https://www.jianshu.com/p/8b4e7b3b7f5e

vcf 转为 ped/map

vcftools --vcf snp.vcf --plink --out snp

plink --vcf snp.vcf --recode --out snp
ped和map文件是Plink的基本格式。

ped文件包含以下几列：

第一列：Family ID。

第二列：Individual ID。自然群体这列和Family ID是一样的。

第三列：Paternal ID。未提供信息的话这列为0。

第四列：Maternal ID。未提供信息的话这列为0。

第五列：Sex。未提供信息的话这列为0。

第六列：Phenotype。一般来说，直接拿vcf转换的话这列为-9，也就是缺失。

第七列开始就是个体在每个标记位点的基因型。

map文件包含以下几列：

第一列：染色体编号。

第二列：SNP编号。

第三列：遗传距离。未提供信息的话这列为0。

第四列：物理位置。

ped/map 与 tped/tfam 格式互换

plink --file snp --recode --transpose --out snp_test

plink --tfile snp_test --recode --out snp
ped/map 与 bed/bim/fam互换

plink --file snp --make-bed --out snp_test

plink --bfile snp_test --recode --out snp
tped/tfam 与 bed/bim/fam互换

plink --tfile snp --make-bed --out snp_test

plink --bfile snp_test --recode --transpose --out snp
bed/bim/fam 转为 vcf

plink --bfile snp --export vcf --out snp_test
常用的Plink格式转换就是这些，大家可以根据自己实际需要相互转换。

因为PLINK默认的设置是人的染色体， 所以动物中，我们应该设置
--chr-set 19 # 猪
已有的选择：
--cow
--dog
--horse
--mouse
--rice
--sheep
参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/109071456

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安陆市18595526923： 如何把vfc文件转换为excel表格? - ？
恭陶苏迪： 更正一点:vfc应该为vfc. 方法如下: 打开excel,在数据菜单下,选择 导入外部数据—导入数据,选择你电脑中的那个vcf文件,就可以看到数据已经显示在excel里了.

安陆市18595526923： vcf转换成excel文件 - ？
恭陶苏迪： 原发布者:tailang66 本文将简述一下vcard文件(常以vcf结尾,手机常用的名片文件)怎么转excel.知识补充1.1首先我假设你所有的vcf合并成了一个文件.打开outlook,点击工具通讯簿2.2如果是单个文件然后再文件里面选择,导入,导入...

安陆市18595526923： 如何将vcf文件转换成excel - ？
恭陶苏迪：1 首先我假设你所有的vcf合并成了一个文件.打开outlook,点击工具通讯簿 2 如果是单个文件然后再文件里面选择,导入,导入vcard文件,这时候使劲按确定将所有联系人导入到地...

安陆市18595526923： 怎么把vcf文件转换成csv格式的文件? - ？
恭陶苏迪： 先装office ,任何版本.然后就是导入和复制 打开 windows 自带的 Outlook Express 软件,选择 联系人---打开通讯簿 在通讯簿中选择 文件---导入----其它通讯簿....----文本文件(以逗号分隔)----在 浏览处选择刚才你的csv文件,注意调整对应的号码等选项,可以打开 *.csv 文件参考对应的项. 导入完成后,在 编辑---全选 之后,用右键复制,在随意地方建新文件夹将之粘贴 进去,此时的文件就变成为 .vcf 格式了.

安陆市18595526923： 如何将VCF文件转换成Word格式 谢谢哦 - ？
恭陶苏迪： VCF格式是windows系统中outlook的名片存储格式,你用outlook打开它,打开VCF格式需要使用各手机的配套软件,用outlook也可以打开VCF文件.具我所知,目前好象不能转换

安陆市18595526923： 怎么把.vcf转化为word格式 的!？
恭陶苏迪： 你好,outlook express识别vcf格式,你先把vcf格式的导入到express中,然后导出成txt格式的,复制到word中即可.具体详细步骤请联系我,发个文档给你.smilezhanggy@sohu.com

安陆市18595526923： vcf转excel格式？
恭陶苏迪： excel主菜单:数据-导入外部数据-导入数据-文件类型:所有数据源 然后选取你的Vcf文件,打开即可处理

安陆市18595526923： vcf文件怎么转换成excel - ？
恭陶苏迪： http://jingyan.baidu.com/article/4dc4084848c5c4c8d946f1d7.html

安陆市18595526923： 如何把*.csv或*.vcs或*.vcf文件转换为*.mdb格式文件? - ？
恭陶苏迪： 这样做最简单 一、生成*.mdb文件 1、打开“Microsoft Outlook”程序 2、导入你的从三星i819导出的电话本文件(*.csv/*.vcs/*.vcf三种格式均可导入” 3、在导出命令中选“导出到一个文件”,然后选中“Microsoft Acess” 4、依次下一步完成导出一个*.mdb文件二、把导出的.mbd文件上传到你的手机即完成三、完成你的电话,请给我加分,谢谢!

安陆市18595526923： 如何vcf转换成csv格式,有什么转换工具吗?？
恭陶苏迪： 在命令行方式下进入vcf文件的目录, COPY *.vcf all.vcf,然后将all.vcf导入gmail联系人就OK了