求大神指导Lnc RNA和miRNA用什么软件或者网站取交集？
作者&投稿：出肿 （若有异议请与网页底部的电邮联系）
如何找与转录因子可能存在相互作用的lncrna
研究人类miRNA转录因子及靶基因之间的相关关系。方法利用生物信息学方法预测miR-NA的上游转录因子和下游靶基因,并对预测结果做基因本体分析,得到参与各生物学过程及分子功能的比例,用统计学软件PASW做相关性分析。结果人类382个miRNA参与应激、代谢、发育等10个生物学过程和行使转录调控、翻译调控、催化活性等12个分子功能,miRNA上游转录因子之间、下游靶基因之间以及上下游之间存在着广泛的正负相关关系。结论基因在参与生物学过程及行使分子功能的过程中,通过miRNA实现协同作用或隔离效应。
研究人类miRNA转录因子及靶基因之间的相关关系。方法利用生物信息学方法预测miR-NA的上游转录因子和下游靶基因,并对预测结果做基因本体分析,得到参与各生物学过程及分子功能的比例,用统计学PASW做相关性分析。结果人类382个miRNA参与应激、代谢、发育等10个生物学过程和行使转录调控、翻译调控、催化活性等12个分子功能,miRNA上游转录因子之间、下游靶基因之间以及上下游之间存在着广泛的正负相关关系。结论基因在参与生物学过程及行使分子功能的过程中,通过miRNA实现协同作用或隔离效应。
个人觉得lncrna更有研究前景，mirna序列段作用单一（通过序列互补靶向靶基因降解或者抑制靶基因）各种mirna数据库以及针对mirna靶基因预测软件以及数据库甚至高通量实验都已经非常完善。但是lncrna是刚处于研究的起始阶段，其功能机制都不太明确，现有研究只能说明lncrna具有多种功能，因此如果你做lncrna可做的东西非常多，加上lncrna功能复杂因此更具有研究前景。个人觉得lncrna更有研究前景，mirna序列段作用单一（通过序列互补靶向靶基因降解或者抑制靶基因）各种mirna数据库以及针对mirna靶基因预测软件以及数据库甚至高通量实验都已经非常完善。但是lncrna是刚处于研究的起始阶段，其功能机制都不太明确，现有研究只能说明lncrna具有多种功能，因此如果你做lncrna可做的东西非常多，加上lncrna功能复杂因此更具有研究前景。个人觉得lncrna更有研究前景，mirna序列段作用单一（通过序列互补靶向靶基因降解或者抑制靶基因）各种mirna数据库以及针对mirna靶基因预测软件以及数据库甚至高通量实验都已经非常完善。但是lncrna是刚处于研究的起始阶段，其功能机制都不太明确，现有研究只能说明lncrna具有多种功能，因此如果你做lncrna可做的东西非常多，加上lncrna功能复杂因此更具有研究前景。
有非常多的文献报导指出，lncRNA可以作为miRNA sponge， 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，最新版本为v2, 网址如下
http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex
分成实验证据支持和软件预测两部分结果，示意如下
实验证据支持的相互作用数据，主要是从文献中整理得到的结果，包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法，软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的，实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。
以实验证据支持的相互作用数据为例，在检索框输入miRNA和lncRNA的名字，可以检索二者之间是否存在相互作用
检索结果示意如下
点击右边的下拉按钮，可以查看详细信息。首先是lncRNA和miRNA的基本信息，示意如下
其次是相关的文献，示意如下
不仅给出了文献的链接，还给出了样本的组织类型，细胞系信息，可以根据这些信息对结果筛选，从而避免组织特异性的问题。点击每篇文献右边的下拉菜单， 可以查看具体的lncRNA与miRNA相互作用区域信息，示意如下
给出了互作区域的染色体位置和对应的基因组区域，还有检测的方法。
当检索结果很多需要过滤时，可以通过页面左侧的菜单进行筛选，示意如下
通过这个数据库，我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息，但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式，只支持refseq
姬使辉力： microRNA的调控机制是:细胞产生一段双链RNA成为miRNA(也可以是体外注射的双链RNA,成为siRNA,即RNAi技术) miRNA前体经过Drosha 核算酶,Exportine运输蛋白运出细胞核,细胞质中的Dicer核算酶作用成为miRNA,后经过细胞质的解螺旋酶的作用,变为单链RNA,触发RISC复合体,寻找与miRNA互补的RNA,一旦发现可以互补的靶位即使目标被RISC水解,若不能完全匹配则抑制目标RNA表达 而lncRNA是一段长的不编码RNA,其功能大多都在研究中,多是起调控的作用.但是说到底也是基因的产物,所以也可以被miRNA所抑制掉,作为一种对调控手段的调控.
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姬使辉力： 应该在return 0前面加上 getch();就可以看到程序运行结果了
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姬使辉力： 请用360[强力卸载软件]工具来做,建议:您若没有正式版,就选用<免注册>的绿色版!!软件能为你干活就行!!没必要<追球...
锦江区15754857594： 高数,求大神指导 - ？
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锦江区15754857594： verilog 编程 初心者 求大神 指导~ - ？
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锦江区15754857594： 急用!这是一道大学概率论数学题……本人智商不高死活做不出来求大神指导!甲袋中装有1个红球、2急用!这是一道大学概率论数学题……本人智商不高死... - ？
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