Graphpad绘制受试者工作特征(ROC)曲线教程

作者&投稿:岳程 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
~ Graphpad绘制ROC曲线

在生物标志物模型分析中,还有一种常见的分析为受试者工作特征(ROC)曲线分析。如下图所示,ROC曲线也是这类文献中常见的分析图,结合临床数据,可以验证某个基因或模型作为疾病诊断和预后标志物。

那么如何使用Graphpad绘制ROC曲线呢?我们就以下图为例,来一步步演示吧。

1  数据准备

绘制ROC曲线需要生存状态、基因表达量,将数据整理成表格。示例文件 示例数据.xlsx 所示。

(1)patient:患者编号;(2)status:生存状态,其中0表示存活,1表示死亡;(3)expression:基因的表达量(或模型的风险评分)。

2  使用Graphpad进行ROC分析

接下来,打开 Graphpad ,选择 Column ,点击 Create 。

将Excel中ROC中的数据复制到Graphpad中。

点击 Analysis 中的 Analyze ,在 Column analysis 中选择 ROC Curve ,点击OK。

在 Parameters:ROC Curve 中选中 Line of identity (是否绘制参考线,AUC=0.5),点击 OK 。

点击 Results 中 ROC of Data 1 中的 Area ,其中 Area under the ROC curve 下的 Area 值就是我们需要的AUC值。

3  绘制ROC曲线

点击 Graphs 中的 ROC curve: ROC of Data 1 。

双击坐标轴,修改相关参数。点击 Frame and Origin ,在 Size 中选择 Square (长宽相等),同时修改 Width 和 Height 。在 Frame style 中选择 Plain Frame (加边框)。

点击 X axis ,取消选择 Automatically determine the range and interval 。修改 Minimum (x轴最小值)、 Maximum (x轴最大值)和 Major ticks interval (坐标间隔)。点击 Left Y axis ,修改相同参数。

双击绘图区域,在 Data set 中选择 ROC of Data 1:ROC curve: Sensitivity% ,取消选择 Show symbols (显示关键点)、 C olor (颜色)、 Style (类型改成折线)、 Show legend (图例)等参数;将 Data set 修改成 ROC of Data 1:ROC curve:Indentity% ,修改相同的参数。

修改x轴和y轴标题,并将图例调整到合适的位置,ROC图就绘制完成了。

结果还是非常漂亮的对不对?


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