blast比对结果中的e值与p值关系的公式为_____。

作者&投稿:卢具 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
~ blast比对结果中的e值与p值关系的公式通常为:P = e * N,其中N为搜索的数据库大小(序列数)。这个公式用于估计在给定的数据库大小下,随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对算法。BLAST算法可以快速地在庞大的数据库中搜索与查询序列相似的序列。在BLAST的输出结果中,e值(Expectation value)和p值(P-value)是两个重要的统计量,用于评估比对结果的可信度。

e值表示在随机情况下,我们期望看到与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的数量。e值越小,比对结果的可信度越高。e值的计算考虑了比对得分和数据库大小,以反映在给定的数据库大小下,出现高得分比对的概率。

p值则是在具体的数据库搜索中,随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。由于数据库大小会影响这一概率,因此p值通常通过e值与数据库大小N的乘积来估计,即P = e * N。需要注意的是,这里的p值并非严格的统计学p值,而是一个估计的概率值。

举个例子,假设我们在一个包含100万个序列的数据库中进行BLAST搜索,得到的e值为1e-5(即0.00001)。根据公式P = e * N,我们可以估计出在这个数据库中随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率为0.01(即1e-5 * 100万)。这意味着我们的比对结果在这个数据库中是非常显著的,具有很高的可信度。


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