blast比对结果中的e值与p值关系的公式为_____。
作者&投稿:卢具 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对算法。BLAST算法可以快速地在庞大的数据库中搜索与查询序列相似的序列。在BLAST的输出结果中,e值(Expectation value)和p值(P-value)是两个重要的统计量,用于评估比对结果的可信度。
e值表示在随机情况下,我们期望看到与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的数量。e值越小,比对结果的可信度越高。e值的计算考虑了比对得分和数据库大小,以反映在给定的数据库大小下,出现高得分比对的概率。
p值则是在具体的数据库搜索中,随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率。由于数据库大小会影响这一概率,因此p值通常通过e值与数据库大小N的乘积来估计,即P = e * N。需要注意的是,这里的p值并非严格的统计学p值,而是一个估计的概率值。
举个例子,假设我们在一个包含100万个序列的数据库中进行BLAST搜索,得到的e值为1e-5(即0.00001)。根据公式P = e * N,我们可以估计出在这个数据库中随机出现与查询序列相似度达到或超过实际比对结果的序列的概率为0.01(即1e-5 * 100万)。这意味着我们的比对结果在这个数据库中是非常显著的,具有很高的可信度。
高中英文必修五 firtst impression翻译
我在本地图书馆复习准备一次重要的口语考试,人们不停地干扰我。I was getting more and more annoyed and of course, the more upset I got, the less I was able to concentrate. The last straw was when I heard someone singing behind me. 我越来越烦躁,当然了,越烦就越难集中...
请问应该怎样和别班的女生接触成为朋友(其实我想追她)
and the last age should show your heart.for, lady, you deserve this state,nor would i love at lower rate.but at my back i always heartime...,结果应该是比较乐观的。(5)追歇斯底里型女生这种女生的典型特征是感情外露,想哭就哭,爱笑就笑,经常让人感觉有点荒唐。这种女生也有人追。疯狂型女生...
Give me a break 是什么意思
give接双宾语时的被动结构可把间接宾语变为主语;也可把直接宾语变为主语。但人们通常对人(或动物)比对物更感兴趣,所以用人作主语比较多。3、give的过去分词常用作定语,多前置,构成过去分词短语时则一般后置。过去分词短语作状语时表示完成或被动的意义,作“假定;容许;如果有…”解。
郟耐盐酸: 要比较不同种属蛋白质的同源性,首先需要确认蛋白氨基酸序列 通过氨基酸序列比较,可以确定其蛋白质的同源性是多少 将不同种属蛋白质的氨基酸序列输入到比较软件中,通过软件的计算分析,即可以得出不同种属蛋白质的同源性
新民市13881864580: 如何验证引物的特异性 - ?
郟耐盐酸: 1、进入Blast网页 2、点击Search for short, nearly exact matches 3、 在search栏中输入引物系列: 注:文献报道ABCG2的引物为5'-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3' 5'-TGCCCATCACAACATCATCT-3' (1)输入方法可先输入上游引物,...
新民市13881864580: 如何用blast检测引物序列结果好不好 - ?
郟耐盐酸: .打开BLAST 页面,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打开后如图所示:对上面这个页面进行一下必要的介绍:BLAST 的这个页面主体部分(左面)包括了三部分:BLAST Assembled Ge...
新民市13881864580: blast结果如何分析 - ?
郟耐盐酸: 筹dentities是同源性(相似性),例中所示比对的1588个碱基中只有3个不配,其他99%相同,同源性相当好几乎是一样的;Gaps是指多出或少的碱基或缺失的碱基数;Strand=plus/plus指两条序列方向相同,如果是plus/minus,即意味着一条是...
新民市13881864580: 引物BLAST比对之后的结果怎么分析 - ?
郟耐盐酸: 除载体等冗余序列用NCBIvecscreen功能: 中国至美.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html blast析:中国blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi自选择数据库进行
新民市13881864580: NCBI Blast 中的黑色、蓝色、绿色、粉色和红色都是什么意思? - ?
郟耐盐酸: 也就是说你的样品序列和网上序列的比对率,小于40bp重合就是黑色,50-80是绿色,大于200bp就是红色,
新民市13881864580: ncbi blast中的e值越大越好吗 - ?
郟耐盐酸: 你好!buildTypes { release { minifyEnabled false proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro' } }仅代表个人观点,不喜勿喷,谢谢.
新民市13881864580: 如何构建本地的blast数据库? - ?
郟耐盐酸: 假设有一序列数据(sequence.fa,多序列,fasta格式),欲自己做成Blast数据库,典型的命令如下:核酸序列:$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F蛋白序列:$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序,解...