三元相图怎么看怎么画(附R代码示例)

作者&投稿:姚砍 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
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三元图是重心图的一种,它有三个变量,但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中, 图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系 。在群体遗传学中,它被称做Finetti图;在博弈论中,常被称为simplex图。

在高通量测序分析领域中,最常用的是两组间的比较,展示的方式有火山图、曼哈顿图等,而三组互相两两比较需要展示三个图吗?就没有更好的展示方式了吗?三元图的引入解决了这一问题。近年来,常用于展示三组间的相对基因表达或OTU丰度,即美观,又有意义。

常用三角形来表示三元合金的成分,这样的三角形称为浓度三角形或成分三角形(CompositionTriangle)。常用的成分三角形是等边三角形和直角三角形以及等腰三角形。是应用最为广泛的还是等边三角形,这里也主要介绍等边三角形的三元相图。

如图所示:
oa+ob+oc=AB=BC=CA
由于oa=bC=WA
ob=Ac=WB
oc=Ba=WC
因此,可用
oa代表A组元的含量,
ob代表B组元的含量,
oc代表C组元的含量。

所以你需要画一个等边三角形还模拟一下,需要注意的是箭头的方向,还有就是三角形是等边的很是对称,所以要把字母标好。相信我,你会乱的,然后就好了。

垂线法:点向三条边做垂线,穿越的格数,即对角组中所占比例;
向各边零坐标方向作平行线法:按坐标系组的颜色和数值直接读各组比例;

当然,我们就介绍集中R做的三元相图。

用来作图的数据是这样的:

喜欢(习惯)ggplot的朋友可能会更加喜欢ggtern包。它是基于ggplot2的,参数设置方面也是一致的。

如果变量较多可采用核密度估算,并使用轮廓显示结果.

如果你想一步一步地构建一个三元相图那么Ternary也许是一个不错的选择。

Ternary plot
百科三元相图
扩增子图片解读7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分
Creating ternary plots with Ternary
DRAFT Triad Data Visualizations: Part 1
Legends (ggplot2)




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