GPL16686芯片平台分析

作者&投稿:郦治 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
~ #芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片,由于目前还没有现成的R包可以用,因此分析方法也不统一。见 生信技能树Jimmy老师HTA2.0芯片比较麻烦 ,其实这类常见的有3个平台,3种类型:

GPL17586 [HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0 [transcript (gene) version]
GPL19251 [HuGene-2_0-st] Affymetrix Human Gene 2.0 ST Array [probe set (exon) version]
GPL16686 [HuGene-2_0-st] Affymetrix Human Gene 2.0 ST Array [transcript (gene) version]
对于这三种平台可以去Affymetrix的官网去查看其区别,也可以去NCBI去查看:
GPL17586
GPL19251
GPL16686

id 转换用biomaRt包,更方便一些,知识网速支持不下来。


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