使用AdmixTools(admixr)做D-statistics

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ADMIXTOOLS是David Reich实验室开发的软件包，在群体遗传学中，用于计算和测试群体混合统计，验证杂交事件。R包admixr是实现ADMIXTOOLS的一种直接方法，它本质上是ADMIXTOOLS软件的接口，要在ADMIXTOOLS安装好的环境下运行。
admixr分析案例：

ADMIXTOOLS需要特征(eigenstrat)文件，要将vcf文件转换为eigenstrat。

ind文件 - 指定每个样本的唯一名称，性别(可选-可以用“U”表示“undefined”)和样本标签；
snp文件 - 指定SNP，REF/ALT等位基因的位置；

D统计（或称为ABBA-BABA检验）是检测杂交事件的简单方法。 比如W，X，Y，Z具有 ((W，X), Y), Z) 的系统发育关系，其中Z为外群，检测Y是否有向X的基因渗入。 ADMIXTOOLS中实现的用于计算D统计量的公式基于等位基因频率。

结果解读：非洲人的𝐷值与0并无显著差异，这意味着该数据中非洲人没有尼安德特人的基因渗入，与零假设相符。 另一方面，所有非洲人以外的人群拒绝零假设，这表明尼安德特人与当今非洲人以外人的祖先存在基因交流。

admixr也可以做f4，f4-ratio，f3检验等。

结果解读：当今的非非洲人占尼安德特人血统的2-3％，巴布亚新几内亚人的尼安德特人血统比例更高-超过4％。 这与早期的研究相一致，早期的研究表明在当今的巴布亚人的祖先中还有其他的古混合事件。

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象山县13259526187： 电脑怎么连接电视 - ？
苌贵万仪： 电脑连接电脑,有两种方法,一是用高清数据线ADMI线直接连接电脑和电视,另外一种就是用以前的电脑插口来连接,所以要看你的电脑有什么插口,电视有什么插口就可以.我是用ADMI连接的.

象山县13259526187： 用 C 语言写一个程序:功能:验证账号、密码,修改密码;默认账号: Admi - ？
苌贵万仪： 代码:#include <stdio.h>#include <string.h>#define M 50#define N 128// 系统保存的账号和密码 char name[M]; char pass[N]; char cryname[M]; char crypass[N];// 简单加密函数 char * crypt(char s[]){ int i; char cry[128]={'\0'}; for(i=0;s[i];i++){ cry[i]=s[i]...

象山县13259526187： 重装了系统,添加了一个超级管理员,但是Administrator无法登陆了,怎样才能让Admi...登陆. - ？
苌贵万仪： 开始,注销,然后选择或输入Administrator进行登陆.或是在安全模式下也能用ADMI登陆.

象山县13259526187： 为什么点了cirl+alt+del键出现系统用户界面输入admi? ？
苌贵万仪： 你在使用的Windows XP操作系统的时候是不是遇到过忘记密码的事情呢? 下面给大家讲讲几种方法. 方法一: (1)启动电脑,使用DOS启动盘(比如:Windows 98启...

象山县13259526187： 电脑使用了新帐户后,要在重启后进入admi默认帐户使用什么快捷键?？
苌贵万仪： 登陆前按两次ctrl+alt+del就能看见登陆窗口了 如果要默认某一个用户登录,可以使用命令 ,具体如下 开始-运行-输入control userpasswords2,回车确定后就看见一个弹出窗口,里面有具体设置看了就知道了的

象山县13259526187： 我的台式机用admi线连接电视当显示器用但是有视频没有音频还出现咔嚓咔嚓的声音 - ？
苌贵万仪： 驱动精灵更新驱动就可以了,

象山县13259526187： admi用户切换不了..？
苌贵万仪： 在还没有进入系统前,当出现用户选择时,按ctrl+alt+del,然后在用户名中输入administrator,密码,确定就可以进入administrator帐户了如果在使用当中,注销当前用户.(点“开始”然后点“注销”)然后ctrl+alt+del,在用户名中输入administrator和密码就可以. 或者win+l

象山县13259526187： 如何设置一个没有任何权限的Admi账户? - ？
苌贵万仪： 运行->lusrmgr.msc->本地用户和组->在那个账户上右击属性->隶录于全部删除就行 了

象山县13259526187： 怎么破解ADMINISTRATOR管理员账号密?怎么破解ADMI ？
苌贵万仪： 利用U盘启动工具即可清除系统密码. 1、将U盘插入电脑,重新启动,进入U盘启动界面. 2、运行windows登陆密码破解菜单,选择windows登陆密码. 3、选择2,搜索所有分区. 4、找到sam文件后,按Enter键继续. 5、清除用户的密码,选择0按Enter键回车 6、按“Y键”确定清除. 等待结束后密码即可清除.

象山县13259526187： 用户名admi∩is忘记密码 - ？
苌贵万仪： 这是我从专业人士那转载的方法,希望能够帮到你~ 忘记administrator用户登录密码解决方法:windows xp开机时按F8进入启动选项,选 代命令行的安全模式.然后会看到一个类似用户登陆的界面,选管理员Administrator .然后会看到一个类似DOS的界面,输入:ent : net user anyone (空格)/add .执行成功后再输入:ent localgroup administrators anyone (空格)/add 注意一定要打空格,实际上是建立了一个叫anyone的用户,密码是空,然后将它的权限提升到管理员级别.重启,就会看到一个叫anyone 的用户,没有密码.然后就可以进入.