#微观探索人体奥秘# 033 SMRT测序

作者&投稿:肇肥 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
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泛生子凭借其在分子诊断领域的深厚底蕴,提供涵盖荧光定量PCR(qPCR</)、数字PCR(dPCR</)和高通量测序等前沿平台的全方位解决方案,助力分子诊断技术的革新与应用。在“泛谈-分子诊断</”系列中,我们将与您一道梳理技术发展脉络,深入探讨临床实践,推动精准医疗的前沿进展。今天,我们将聚焦在基因测序技术的分支——第三代测序技术,SMRT测序的详解。


深入探索SMRT测序</


与高通量测序技术不同,SMRT(单分子实时荧光测序)以其独特的单分子实时读取方式脱颖而出。SMRT测序的实验流程主要包括三个关键步骤:DNA文库制备、测序过程以及结果解读。首先,让我们详细了解其工作原理。




图1 SMRT测序原理示意图


  1. DNA文库制备</

  2. 基因组DNA经过片段化和末端修复,接着通过发夹接头连接到双链DNA两端,形成封闭的循环。在这个过程中,引物和聚合酶无需PCR步骤,直接形成哑铃状的待测序文库,如同图2所示。




    图2 待测序文库复合物示意图

  3. 测序反应</

  4. SMRT测序反应在SMRT Cell芯片上进行,该芯片上分布着数百万个微小的ZMW孔。单个文库随机进入这些孔,聚合酶固定在ZMW底部,荧光标记的dNTP溶液中游离着酶和四种带有不同荧光标记的核苷酸。在边合成边测序的原理下,每次合成反应都伴随着荧光信号的记录,这使得SMRT测序具有长读长的优势,如图4所示。




    图4 SMRT测序反应原理示意图

  5. 结果读取</

  6. 每个ZMW孔产生的荧光信号,通过检测不同波长的荧光,可以识别碱基类型。同时,测序时间的差异可以揭示碱基修饰情况。通过这种方式,SMRT测序揭示出丰富的信息,如图5所示。




    图5 SMRT测序反应结果读取示意图

    技术特性与应用</


    SMRT测序技术的一大亮点是其长读长能力,可达10kb以上,每秒可测序10个碱基,具有高通量。然而,由于单分子测序的特性,准确性稍低于第二代测序,需要通过多次重复测序来补偿。PacBio公司自2011年起,通过推出PacBio RS、RS Ⅱ、Sequel和Sequel II等产品,不断优化SMRT芯片的性能,如图6所示。




    图6 测序仪

    SMRT测序技术的不断发展为基因组学研究、疾病诊断和个性化医疗提供了强大的工具。尽管存在一些挑战,但它在遗传变异检测、单核苷酸多态性分析等领域展现出巨大的潜力。




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