cDNA文库的注意事项
条件:1 、要使用mRNA经过反转录PCR产生cDNA。
2 、要进一步获得cDNA全长
3 、加适当接头,连接到适当的载体内。
4 、转化受体细胞,构建为cDNA文库。
基本步骤包括:RNA 的提取(例如异硫氰酸胍法,盐酸胍—有机溶剂法,热酚法等等,提取方法的选择主要根据不同的样品而定),要构建一个高质量的cDNA 文库,获得高质量的mRNA 是至关重要的,所以处理mRNA 样品时必须仔细小心。由于RNA 酶存在所有的生物中,并且能抵抗诸如煮沸这样的物理环境,因此建立一个无RNA 酶的环境对于制备优质RNA很重要。在获得高质量的mRNA 后用反转录酶Oligo(dT) 引导下合成cDNA 第1链,cDNA 第2链的合成(用RNA酶H和大肠杆菌DNA 聚合酶I,同时包括使用T4噬菌体多核苷酸酶和大肠杆菌DNA连接酶进行的修复反应),合成接头的加入、将双链DNA克隆到载体中去、分析cDNA插入片断。扩增cDNA 文库、对建立的cDNA文库进行鉴定。这里强调的是对载体的选择,常规用的是λ 噬菌体,这是因为λ DNA 两端具有由12个核苷酸的粘性末端,可用来构建柯斯质粒,这种质粒能容纳大片段的外源DNA。
提取基因工程的目的基因。基因保存。
构建全长cDNA文库分为噬菌体文库和质粒文库,二者大同小异。无论怎样,应当注意如下几个方面:
获得起始RNA
构建cDNA文库要求的RNA量比做RACE和Northern blot的要多,在材料允许的情况下一般的试剂盒均推荐采用纯化总mRNA后进行反转录,这比直接采用总RNA进行反转录而构建的cDNA文库好,虽然后者也并不是不能做。老版本CLONTECH的SMART 4的中级柱子要求纯化后的总mRNA量最好在0.05-0.5微克左右,这就要求起始总RNA量较多。虽然有的试剂盒声称少至几十个纳克的总RNA也可以构建cDNA文库,但这是针对材料极为稀缺者而言,但起始RNA太少还是会或多或少影响文库构建成功的风险和文库的代表性。至于RNA的质量,如果采用纯化总mRNA后反转录,则对总RNA的杂质方面要求稍松,但对RNA的完整性则一丝不苟,要求未降解。如果直接采用总RNA进行反转录,则对总RNA的质量要求非常高,不仅要求RNA相当完整而无降解,而且要求多酚、多糖、蛋白、盐、异硫氰酸胍等杂质少,最好是试剂盒抽提的。
反转录
这是构建cDNA文库中最贵的一步,也是核酸质变的一步,它将易降解的RNA变成了不易降解的cDNA。反转录不成功,说明一次文库方案的夭折。反转录效率不高表现在一是部分mRNA被反转录了,但还有相当一部分本该反转录的mRNA未被反转总的全长cDNA太少,这就难以构建好的全长cDNA文库。少量程度的mRNA降解或反转录不完全在SMART 4等试剂盒及手工方法构建中对文库的滴度影响不大,但对文库的全长性则有很大影响。Invitrogen公司基于去磷酸化、去帽、RNA接头连接后再反转录的新技术(可参考其GeneRacer说明书)从原理上是保证最终获得全长cDNA的最好方法,但对mRNA的完整性要求非常高,理论上讲必须是带有帽子结构和Poly A结构的全长mRNA且反转录完全,才能进入文库中。反转录完成后点样检测cDNA的浓度及分子量分布是很重要的。
层析柱cDNA分级
这一步稍不注意会影响成功性或影响获得的cDNA的片段分布特点。这一步的操作要小心,尤其要在加入cDNA之前通过反复悬浮和试滴保证柱子能正常工作,cDNA的加入和收集要精力集中。获得的每一级的cDNA量很少,检测时带型很暗,所以要用新鲜做的透明薄胶检测,根据检测结果一定要舍弃太短的cDNA(一般400bp以下就不要了,因为短片段太多会严重影响后面的连接转化效果及文库质量)。
四、噬菌体文库或质粒文库均对载体与cDNA的连接效率要求很高,也对连接产物转染或转化大肠杆菌的效率要求很高。连接效率高低直接关系到文库构建是否成功,更要注意的是文库连接与一般的片段克隆的连接不一样。一般的片段克隆连接是固定长度的载体与固定长度的目的DNA连接,而文库连接是固定长度的载体与非固定长度的目的DNA连接,目的基因cDNA长的有10kb以上,短的只有500bp或更短。一系列长度不等的cDNA与载体在一起连接的结果,不同长度cDNA的连接效率就不一样。有的专家的经验是,根据分级结果,有意识地将长度不同的cDNA群分别与载体连接,再分别转化或转染大肠杆菌,分别完成滴度检测,最后将不同长度级别的文库混合在一起供杂交筛选。
dna文库名词解释
建立DNA文库时的注意事项:一、确保基因序列样本的充足和多样性 为了建立一个全面而准确的DNA文库,需要收集足够数量和多样性的基因序列样本。这样可以确保文库中包含所有可能的基因类型和变异体,从而能够尽可能地覆盖生物体的基因组。二、准确分类和标记 对每个基因序列样本进行准确的分类和标记是非常重要的。
构建基因组文库需要注意哪些问题
产生 DNA片段的方法要求切点随机性高,使任一基因都可能被完整地克隆,并且最好在两侧都留有粘性末端以利于 DNA片段间的连接。机械剪切方法的优点是随机性高,可是所得片段两端没有粘性末端,有时较为不便与载体连接。用限制性核酸内切酶酶解的随机性较差,但是两端有粘性末端,便于和载体相连接(见重组DNA...
为什么构建DNA文库时,一定要用大分子DNA?2.如何检测和保证
DNA文库,就是将某一特定来源DNA,切成很多片段,然后通过基因重组技术,转化至细菌基因组中,即可通过细菌的繁殖,进行不断的复制,依据被克隆DNA的不同,可分为基因组DNA文库和cDNA文库。为了保证文库的完整性,所以要用完整的大分子DNA,切成不同大小的片段,进行转化 ...
为什么构建DNA文库时,一定要用大分子
文库的大小(即数目)取决于基因组的大小和片段的大小,片段大则文库数目小一些也可以包含99%甚至以上的基因组。而文库数目小则方便研究人员操作和文库的保存。所以构建文库要用携带能力大的载体克隆尽量大的DNA片段.
何谓基因组DNA文库?如何构建?
存在于转化细菌内、由克隆载体所携带的所有基因组DNA的集合称为基因组DNA文库。基因组DNA文库涵盖了基因组全部基因信息,也包括我们感兴趣的基因。建立基因文库后,需结合适当筛选方法,选出含有某一基因的菌落,再进行扩增,将重组DNA分离、回收,获得目的基因的无性繁殖系——克隆。
二、“格式化”DNA-测序建库
1.打断 DNA打断方式:机械法,超声波法和酶切法。从100k-300kbp到较小片段 超声波法打断可设置打断长度如500bp(base pair碱基对,500为峰值,即大部分在500bp左右),那么这个集合就是500bp的文库,常见的有170bp、350bp。一般1000bp以下为小片段文库 1000bp以下为大片段文库 2.检测 打断过程中要...
为什么构建DNA文库时,一定要用大分子DNA?
文库的大小(即数目)取决于基因组的大小和片段的大小,片段大则文库数目小一些也可以包含99%甚至以上的基因组。而文库数目小则方便研究人员操作和文库的保存。所以构建文库要用携带能力大的载体克隆尽量大的DNA片段.
构建基因文库,初始DNA长度必须在多少?
一般来说,构建基因组文库,初始DNA长度必须在100kb以上,否则酶切后两边都带合适末端的有效片段很少。
dna文库与cdna文库的异同点
1、来源不同:DNA文库是从生物体的基因组DNA中提取出来的,包含了该生物体的全部基因信息。而cDNA文库则是从生物体的mRNA反转录成cDNA后构建的,只包含了该生物体表达的基因信息。2、组成不同:DNA文库中的DNA片段是随机断裂的,长度不一,没有特定的功能。而cDNA文库中的cDNA片段是由特定的mRNA反转...
DNA文库的介绍
DNA文库严格来讲应称作cDNA文库,中文名称是基因文库,是指某生物基因组中所有可表达的基因片段,经mRNA反转录后获得相应的cDNA的集合,将这些cDNA的集合经转入和克隆后贮存于受体细胞群落中,这个受体细胞群落即构成该生物的cDNA文库。
耿泰复方: 条件:1 、要使用mRNA经过反转录PCR产生cDNA.2 、要进一步获得cDNA全长3 、加适当接头,连接到适当的载体内.4 、转化受体细胞,构建为cDNA文库. 基本步骤包括:RNA 的提取(例如异硫氰酸胍法,盐酸胍—有机溶剂法,热酚...
渭城区19433692097: 什么是cDNA文库?它和基因文库的差别有哪些 - ?
耿泰复方: cDNA文库: 以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与适当的载体(常用噬菌体或质粒载体)连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细...
渭城区19433692097: CDNA文库中需要的条件有哪些? - ?
耿泰复方: 1 要使用mRNA经过反转录PCR产生cDNA.2 要进一步获得cDNA全长3 加适当接头,连接到适当的载体内.4 转化受体细胞,构建为cDNA文库.
渭城区19433692097: 现有一cDNA文库,想要调用里面的一个基因的cDNA,怎么做? - ?
耿泰复方: 1.打开此文库,找到自己需要的cDNA序列. 2.在序列两侧合适位置设计引物,引物注意事项不在赘述. 3.合成后调整程序,PCR,跑胶鉴定. 4.得到片段后,酶切、连接,转化. 5.这个步骤还算详细吧,问题是你找到自己的目的基因没有,要是没找到就不是你问的这个问题了.
渭城区19433692097: 如何构建CDNA文库? - ?
耿泰复方: cDNA文库的构建分为六个阶段: 阶段1:反转录酶催化合成cDNA第一链 阶段2:cDNA第二链的合成 阶段3:cDNA的甲基化 阶段4:接头或衔接子的连接 阶段5:Sepharose CL-4B凝胶过滤法分离cDNA 阶段6:cDNA与λ噬菌体臂的连接
渭城区19433692097: “RT - PCR扩增目的基因cDNA”需要注意的事项有哪些? - ?
耿泰复方: RT-PCR 是将 RNA 的反转录(RT)和 cDNA 的聚合酶链式扩增(PCR)相结 合的技术.首先经反转录酶的作用从 RNA 合成 cDNA,再以 cDNA 为模板, 扩增合成目的片段.RT-PCR 技术灵敏而且用途广泛,可用于检测细胞中基 因表达水平...
渭城区19433692097: 基因组文库和cDNA文库的区别 - ?
耿泰复方: 先说一下两者的定义:基因组文库:用限制性内切酶切割细胞的整个基因组DNA,可以得到大量的基因组DNA片段,然后将这些DNA片段与载体连接,再转化到细菌中去,让宿主菌长成克隆.这样,一个克隆内的每个细胞的载体上都包含有特...
渭城区19433692097: 请问全长cDNA文库与普通cDNA文库构建的区别是什么,谢谢 - ?
耿泰复方: 区别就是全长cDNA文库中全长cDNA的比例更高,好的一般能达到50%及以上.