SignalP-6.0：信号肽预测
作者&投稿：汗姬 （若有异议请与网页底部的电邮联系）
信号肽预测利器：SignalP-6.0
SignalP-6.0，一款功能强大的蛋白质信号肽预测工具，专为生物学家打造，支持古菌、细菌和真核生物的信号肽识别。它具备卓越的预测能力，能准确识别五种主要的信号肽类型，如Sec/SPI和Tat/SPI等，为您的研究提供了关键的序列信息。然而，它的使用并非无限制，最大支持上传5000个序列，每个序列长度不得超10000个氨基酸，确保了预测的高效性和准确性。
要使用SignalP-6.0，首先需要下载安装文件，如signalp-6.0h.fast.tar.gz，并依赖于matplotlib、numpy、torch和tqdm等库的兼容性。安装完成后，将模型文件移动至指定路径，以便运行。操作流程如下：
1. 文件选择：提供txt（表格）、png、eps或all（图形）格式的输出，默认为txt格式。对于特定类型的研究，也可以选择eukarya（针对Sec/SPI）或保持其他默认设置。
2. 物种设定：根据你的研究对象，选择eukarya或euk（Sec/SPI专为真核生物设计），默认为其他。
3. 预测模型：选择fast、slow或slow-sequential，fast模式适合快速预览，而slow或slow-sequential提供更深入的分析。默认为fast。
4. 性能优化：调整预测批次大小（BSIZE），以适应不同系统内存，默认值为10。并可设置并行写入进程数（WRITE_PROCS），提升计算效率，默认8个。
5. 多线程利用：PyTorch的线程数（TORCH_NUM_THREADS）可自行设置，优化并行计算，默认8个。
6. 处理冲突：选择--skip_resolve可忽略模型冲突，但可能影响预测一致性，默认不开启。
7. 自定义模型路径：如未遵循默认安装路径，可指定MODEL_DIR。
在使用过程中，您可参考以下资源：
- 陈连福生信博客：深入理解SignalP蛋白序列信号肽预测的详尽教程。
- 大棚里的小学生：SignalP6安装指南，助您轻松上手。
通过这些步骤，SignalP-6.0将为您的研究提供强大支持，帮助您解析信号肽的起始和切割位点，推动生物学研究的深入。
荀友塞夫： NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库数据库相似性搜2113索——核酸5261序列与核酸数据库比较(4102BLASTN)蛋白质序1653列与数据库中蛋白质序列比较(BLASTP)两序列比对(Align two sequences)DNA序列分析——...
八宿县17582584838： signal4.0信号肽如何分析 - ？
荀友塞夫： 还可以,现在基本上都用这个.不过要会看结果图,因为结果中没有直接的给出是否含有信号肽以及信号肽的位置.给楼主一个中文版本信号肽预测工具网页链接,结果中直接展示是否含有信号肽及信号肽的位置,用起来还是比较方便的.
八宿县17582584838： 生物信息学中常用的模式生物有哪些? - ？
荀友塞夫： 最常用的四种:家蚕、果蝇、线虫、拟南芥
八宿县17582584838： 请问一个预测蛋白质表达部位的网站或软件(亚细胞定位) - ？
荀友塞夫： http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 没有能告诉你具体亚细胞定位的软件和网站.只有通过预测该蛋白有没有信号肽或跨膜域来判断该蛋白是膜蛋白或可溶性蛋白.
八宿县17582584838： 有哪位知道专门翻译dna互补链的网站? - ？
荀友塞夫： 我们都用软件做这个工作,例如Premier Primer 5、Omiga等很多软件都能做.而网站来说,做更多深入分析的网站很多,这一项工作太简单,专门翻译DNA互补链的网站还真不多,可以考虑: DNA序列分析——ORF Finder(NCBI主页网址/gorf/...
八宿县17582584838： 多肽序列中,是不是肽数越多,极性越大?怎么判断极性??? - ？
荀友塞夫： 有机物一般是极性很小,因为极性能抵消大部分.
