专家经验谈:如何开展单细胞qPCR分析(三)
用参考基因的表达来均一化(normalization)不适用于单细胞,因为基因表达存在大的、不相关的变化。我们在原先的文章中展示了这一点,自那以后,几乎所有的基因和细胞都证明了这一点,除了mRNA代谢不活跃的细胞(如卵母细胞)外。更好的做法是均一化每个细胞的表达,也就是直接比较测得的量。这是最直观的。当然,这种方法不能说明样品处理过程中的损失,但我们发现那通常可忽略不计。如果您担心样品处理,那么上面提到的RNA加标可用于测定产量和重复性。 对于表达谱分析,数据可以多种方法进行分析。数据可能是unscaled、mean-centered或autoscaled。Mean centering(减去平均值)和autoscaling(减去平均值并除以标准偏差)可平衡分析中标志物的权重。对于单细胞,我们有时候也觉得Mean centering和autoscaling很有用。 Anders St�0�2hlberg(哥德堡大学) 如果避免了预扩增,数据可转换成绝对的cDNA数量,否则数据分析可以Cq值来开展,因为每个细胞的转录本水平呈对数正态分布。一开始,可以各种方法对数据作图,此外,基本的统计分析也应开展(如阳性细胞的数量、平均值和偏差)。细胞数量测定通常是以验证过的参考基因来均一化的。这种策略在单细胞分析中应避免,因为单个细胞中的所有转录本水平随时间变化。我们发现,校正分析和无监督算法(如Kohonen self-organizing maps)对定义亚群和基因网络很有用。 Finn-Arne Weltzien(挪威兽医学院) 我们在利用单细胞QPCR进行定量测定时很小心。我们通常只进行定性分析。如果我们定量,我们会利用目的基因的拷贝数相对参考基因的拷贝数。 Weiwen Zhang(亚利桑那州立大学,现在天津大学) 对于每个单细胞,我们对目的基因和参考基因进行qPCR分析,如原核生物的16s rrna和真核生物的28s或actin。不过,我们也注意到,这些常用参考基因的表达水平在单细胞中也差别很大,对大量细胞qPCR的标准定量法则也须特别谨慎。
如果避免了预扩增,数据可转换成绝对的cDNA数量,否则数据分析可以Cq值来开展,因为每个细胞的转录本水平呈对数正态分布。一开始,可以各种方法对数据作图,此外,基本的统计分析也应开展(如阳性细胞的数量、平均值和偏差)。细胞数量测定通常是以验证过的参考基因来均一化的。这种策略在单细胞分析中应避免,因为单个细胞中的所有转录本水平随时间变化。我们发现,校正分析和无监督算法(如Kohonen self-organizing maps)对定义亚群和基因网络很有用。Finn-Arne Weltzien(挪威兽医学院)
我们在利用单细胞qPCR进行定量测定时很小心。我们通常只进行定性分析。如果我们定量,我们会利用目的基因的拷贝数相对参考基因的拷贝数。Weiwen Zhang(亚利桑那州立大学,现在天津大学)
对于每个单细胞,我们对目的基因和参考基因进行qPCR分析,如原核生物的16s rRNA和真核生物的28s或actin。不过,我们也注意到,这些常用参考基因的表达水平在单细胞中也差别很大,对大量细胞qPCR的标准定量法则也须特别谨慎。在大部分情况下,我们报告原始和均一化的Ct值,并使用它们进行单细胞qPCR结果的定量。Q6:您分析时使用哪些生物信息学工具?Mikael Kubista(TATAA生物中心)
经验谈记住11点禁忌解决你的装修烦恼
因此在装修之前,您不要太匆忙,要留出一段时间好好考虑房间的设计和装饰材料的选择,以及用一段时间去选择一家合格的装饰公司。二、忌“胸无全局”在装修之前,您应该对房间的装饰风格、所使用的装饰材料、家具的选择和大致的摆放位置以及装修的预算等心里有数。切忌对这些没有考虑、全凭一时好恶,...
怎样进行家校合作?
…这些,让平淡无奇的教育生活生动起来。5、互惠双赢,助成长促发展 带动家长这个团队,让他们一起拉着他们的孩子,和我们一起奔向一个理想的目标。教育者不仅对好学生视如珍宝,谈起孩子们的学习,如数家珍,滔滔不绝。对待成绩差一点的学生,不放弃,树信心,给方法。把全部的心思都用在教学上。
如何在《指南》指导下开展家园共育
如何正确引导孩子对于农村家长尤其是文化水平低的外来流动家庭说更是个难题。为此,我们对家长的指导也是力求“具体可操作”:把家长请来观摩老师的教学并结合自己的家教谈想法和收获;开展亲子活动使家长的方法和老师的方法进行思维碰撞,从而获得更有效经验;在开展活动发放的探索记录表中注明哪些由家长填写哪些由孩子用符号...
如何用文字描述家庭学习活动的做法与体会
在研讨会上,每位指导者要汇报近期家庭教育指导工作的进展,分享指导经验和工作体会。此外,研讨会还开展典型案例的个案研讨,启发小组成员有针对性地进行指导工作。如针对单亲家庭、经济困难家庭、由祖辈抚养的幼儿家庭等个案进行讨论,启发小组成员创造性地开展工作。第三,通过组织活动,促进幼儿家庭学习。幼...
如何给家长谈家庭教育
教师要指导家庭教育必须提高指导家庭教育的水平。要想真正教育好问题学生,教师必须从家庭教育入手。因此,指导家庭教育,将成为教师的另一个任务。也只有会指导家庭教育的教师,才算是一名成功的教师。指导家长开展家庭教育可以主要从一下三方面入手:1、帮助家长认识什么是家庭教育,它的本质、特点、规律是...
媳妇必读:婆媳关系经验谈
婆婆突然来访,参照本条。诸如此类……总之对客户嘴要甜,笑容要明媚,态度要诚恳,这样才能为公司创造更多的财富,打进自己卡里的奖金自然也就高了。对待婆婆一样嘴要甜,笑容要明媚,态度要诚恳,这样小家才能安定和睦,时间久了,婆媳真的就亲如母女了也说不定。图片来源:PConline摄影部落 ...
如何开展深度汇谈活动
开展深度汇谈的基本形式之一就是让人们围坐在一起,进行面对面的直接交流。在现实中采用“圆桌会议”的形式进行对话,但是因为现实中总会出现这样那样的问题,使人们不能在同一个时间同一地点聚在一起,所以用“世界咖啡屋”的形式,让大家在网络上的虚拟环境中“围坐在一起”进行对话。1.圆桌会议“圆桌会议”是指一...
35平巧变1室1厅网友抠门装修经验谈
家里闲置的椅子被我改良成了沙发,放在客厅里看电视的时候坐坐,还是不错的!木工打的橱,橱门和家具一起订做的网友经验谈:客厅和卧室之间用玻璃移门隔断,200元\/平,上方用白玻璃为了采光好,下面磨沙可以遮掉卧室的床。全部拉起来可以隔断,也可以拉到两边,中间透光,或者全部移到床一边,方便行走。...
开店经验谈:开店关键是把握好市场
开店经验谈:开店关键是把握好市场 开家小店,可能会是许多年轻人赤手空拳创业的**选择。但经营什么?如何从小做起,又如何在瞬息万变的市场上站稳脚跟呢?*近,高新区委宣传部和区团委推出了一系列青年人的创业案例,记者从众多的创业案例中,粗略地总结出一些如何开店的要素。找准市场切入口 家住浦沿...
如何开展有效的作文教学
如何开展有效的作文教学浅谈如何有效进行作文教学作者: 陈靖 摘要:在语文教学中,作文的教学显得尤为重要,要使学生不惧怕写作,乐于写作,首先要培养学生的写作兴趣,主动握起笔杆,同时还应当培养学生的观察力
况刷洛米: 如果避免了预扩增,数据可转换成绝对的cDNA数量,否则数据分析可以Cq值来开展,因为每个细胞的转录本水平呈对数正态分布.一开始,可以各种方法对数据作图,此外,基本的统计分析也应开展(如阳性细胞的数量、平均值和偏差).细...
碑林区19369512780: 流式细胞技术的发展趋势 - ?
况刷洛米: 当前,临床流式细胞分析已成为检验医学发展的一个热点,其发展趋势主要体现在以下几个方面.一.从相对细胞计数到绝对细胞计数 流式细胞分析最大的优点是对混合细胞群体中亚群细胞的计数,如淋巴细胞可依其表面标志的不同分为T淋...
碑林区19369512780: QPCR结果分析时使用哪些生物信息学工具?
况刷洛米: 事实上,我们在所有qPCR数据分析中使用GenEx.GenEx强大、用户友好,且支持所有领先的qPCR仪器,这让从实验中导入数据和注释很简单.GenEx有着卓越的数据质量评估,对单细胞研究很重要,以及强大的单细胞表达谱工具.它有着用户友好的界面,即使是没有经验的用户也能使用那些强大的工具.
碑林区19369512780: 如何同时对单细胞进行多组学研究 - ?
况刷洛米: 单细胞生物与多细胞生物的区分界限是细胞是否发生了分化.多细胞生物的细胞出现了分化,每个细胞行使不同的功能,如有些负责捕食,有些负责消化,有些负责繁殖,等等.单细胞生物与多细胞生物的中间过渡状态是单细胞生物群体.即很多个单细胞生物聚集在一起,共同生活.单细胞生物群体与多细胞生物的区别在于,单细胞生物群体的细胞没有出现分化,所有细胞的功能都是独立的、完整的.举几个单细胞生物群体的例子:细菌会聚集在一起形成菌落,这是最简单的单细胞群体形式了.复杂一点的像粘菌,大量粘菌可以聚集在一起,一定程度上表现出多细胞生物的特征.
碑林区19369512780: 养细胞有哪些经验和教训 - ?
况刷洛米: 细胞培养首先分为原代培养和传代培养.原代培养需要从组织中消化、分离、纯化出单细胞,然后继续进行传代、冻存;传代培养首先:细胞复苏:1.应遵守慢冻快融的原则.先将水温锅调至37-38度,取出冻存的细胞迅速放入后交细胞面浸至水面...
碑林区19369512780: 多细胞微生物生长时细胞数目增加,个体数目不增加 - ?
况刷洛米: 意思很简单:多细胞微生物(真菌类),细胞不断分裂,但是还是一个生物个体.比如蘑菇,成长过程中,细胞数目不断增加,但还是1个蘑菇,不会变成2个蘑菇.而单细胞微...
碑林区19369512780: 慢性单核细胞白血病是怎样的 - ?
况刷洛米: 白血病对我们的身体危害是巨大的,慢性单核细胞白血病就是白血病的一种,那么呢?下面就请我们的专家来给大家讲解一下内容. ?以下就是介绍: 慢性单核细胞白血病发病特点:多呈隐袭起病、乏力、多汗、易感冒.证候特点:颈部瘰疬...