RNASeq分析系列--使用STAR软件进行比对

作者&投稿:夷秒 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
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STAR 软件由于其敏感的比对特性,因此在转录组 SNP Calling 过程中使用较多。

对于 Ubuntu 系统:

对于Red Hat, CentOS, Fedora 系统:

一般使用 2-pass 模式进行比对,获得更准确的剪切信息。步骤如下:

生成的 SJ.out.tab 文件为 Tab 分隔符,每一列意义如下:

第二步完成后的 bam 文件仍然无法直接用于 GATK 的变异检测,还需要增加一些操作步骤,请参考 GTAK Call SNP/Indel 流程。




R语言 seq函数
seq函数是R语言中的基本函数,其功能是生成一个向量。使用方法如下:seq(0,1,length.out=100)上一行语句生成一个100个值的等差数列,首项为0,末项为1 拓展:你还可以使用rep函数生成向量。用法如下:rep(0,100)第一个位置表示重复的单元,第二个位置表示重复的次数。这样会生成一个100个0的向量...

bioconductor入门第二弹--GRanges概述
从纵向上看,GRanges对象由三列组成,第一列是染色体名称,第二列是intervals所在的具体位置(这个位置信息是IRanges对象所提供的),第三列则是该位置所在链的方向 除此之外,我们还能看到左下角是染色体的信息,比如seqlengths告诉了我们chr1的长度,若未定义则为NA 我们可以使用R来处理GRanges对象,但除...

R语言“seq函数”是什么?
msg <- text[seq(which(text == "")[1]+1, length(text), 1)]close(con)return(paste(msg, collapse = "\\n"))} 报错:Error in seq.default(which(text == "")[1]+1, length(text), 1) :'from' cannot be NA, NaN or infinite 展开 示例文档:From 12a1mailbot1@web.de ...

最佳分组生存分析
install.packages("survminer")rm(list = ls())设置工作目录 setwd("D:\/※raw.data\/CZM.exo.m6A\/2022.2.22")library(data.table)读入文件 gene_exp<-fread("TCGA-PAAD.htseq_fpkm.All5W.txt",data.table = F)转为数据框 gene_exp<-as.data.frame(gene_exp)row.names(gene_exp)<-gene...

急啊 谁会在world中插入苯等有机化学的方程式
图 SEQ 图 \\* ARABIC 3替换功能 在化学文章中,经常要在元素符号上方标明化合价,下面介绍如何表示元素的化合价。 2 化合价的输入 2.1 利用文本框组合 插入文本框,分别输入元素或原子团符号,化合价,调整好位置后组合如 的书写: ① 插入文本框,双击后出现对话框,选择“无线条颜色、无填充颜色”,输入Na,通过复制(...

帮忙分析下蓝屏代码
更新一下显卡驱动试试 驱动下载:看一下主机后面的主机编号,然后到下列网址,在页面中间第一个对话框把编号输入查找 [url]http:\/\/support1.lenovo.com.cn\/lenovo\/wsi\/Modules\/Drive.aspx?seq=1[\/url]

Error in seq.default(rx[1], rx[2], length.out = grid.n) : 'from...
Error in seq.default(rx[1], rx[2], length.out = grid.n) : 'from' must be a finite number pkharchenko In my case, all the matrices become NA after the following statements. I changed two things. (1) Matrix::colSums(tp) This function needs to be called with ...

如何在R语言中用循环语句求一列中每24个数的均值
mean_24 <- function(x){ k=NULL for(i in 24:length(x)){k[i-23]=sum(x[seq(i-23,i)])\/24} return(k)}

...封装其派生类:顺序表(SeqList)和单链表(LinkList)。
include<iostream> include<string> include<ctime>\/\/时间函数 using namespace std;class link { private:int score;string name;public:link *next;link *hcreat(int n);\/\/建立链表 link *locate(string na);\/\/定位姓名链表 void insert(string nb,string na,int s);\/\/插入元素 void deletes(...

一个计算的程序问题
int NoDupSeq(int** beg, int** end, int* p, int n){ while(*beg && (beg != end)){ if(memcmp(*beg, p, sizeof(int) * n) == 0)return 0;++beg;} return 1;} inline int Cmp(const void* lhs, const void* rhs){ return *(const int*)rhs - *(const int*)lhs;}...

新巴尔虎右旗18635351945: 如何做RNASeq分析 -
佟平乳酸: 如果是定性分析,这可以选用 反转录pcr 如果是定量分析,可以用western印记来检测RNA量,或提取全RNA用电泳分析,或在所分析序列中加入荧光标签,观察所表达蛋白的荧光强度

新巴尔虎右旗18635351945: STA也就是同步热分析仪,可以应用到哪些行业或领域 -
佟平乳酸: 同步热分析仪STA—200将热重分析与差热分析或差示扫描量热结合为一体,在同一次测量中利用同一样品可同步得到TG与DTA或DSC的信息.同步热分析仪综合研究热重(TGA101)、热焓变化(DSC100)、时间、温度之间的关系.应用的领域有: 高分子工程、化学、陶瓷材料、矿物、金属、食品、粘合剂、涂料等领域的分析.另外一些高校研究物质在受热时,状态发生的变化,伴随的能量变化等相关实验.

新巴尔虎右旗18635351945: illumina rnaseq 转录组测序进行聚类分析时的参考基因组用哪个 -
佟平乳酸: 就是把mRNARNA-seq即转录组测序技术.反映出它们的表达水平,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来

新巴尔虎右旗18635351945: 热分析DTA STA -
佟平乳酸: DTA:差热分析法 STA:耐力或生成树算法

新巴尔虎右旗18635351945: 如何用 SQL Tuning Advisor 优化SQL语句 -
佟平乳酸: 在Oracle10g之前,优化SQL是个比较费力的技术活,不停的分析执行计划,加hint,分析统计信息等等.在10g中,Oracle推出了自己的SQL优化辅助工具: SQL优化器(SQL Tuning Advisor :STA),它是新的DBMS_SQLTUNE包.使用STA...

新巴尔虎右旗18635351945: 求助,如何学习STA以及解决时序问题 -
佟平乳酸: 动态时序分析就是通常我们所说的仿真,该仿真可以验证功能,也可以验证时序,首先确定测试向量,输入硬件模型,进行仿真.由于为了完整地测试每条路径的功能或者时序是否都满足,测试向量需要很大

新巴尔虎右旗18635351945: 请问:STA是指什么? -
佟平乳酸: STA是指语音动画合成,这项技术是相芯科技独家研发的,通过语音驱动虚拟形象说话及反馈情绪和动作的技术.通过计算机能够理解语音的内容并精细驱动虚拟形象的口唇动作、面部表情、肢体姿态,生成极具逼真感的虚拟形象动画.

新巴尔虎右旗18635351945: 0.5%RSD如何计算 -
佟平乳酸: 可以这样计算:在计算机上操作 选”开始”,选”附件”,选”计算机”,选左侧的”sta”,将参加计算的几个数输入统计框内,输一个数,选左侧的”dat”,输完后,选左侧的”s”,结果显示在上边的显...

新巴尔虎右旗18635351945: 怎样用stata软件做线性回归分析计量经济学 -
佟平乳酸: 输入命令即可实现 reg y x z 回车,就得到结果.

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