primer6.0设计引物-如何应用primerprimer6.0设计引物
1.首先,选取目的基因序列,对格式没有什么要求,只需要将目的基因序列复制就可以。
2.打开File目录下的New,选择Sequence。这里的另一个Project选项是导入文件的方式,也就是将目的基因以文件形式保存的可以直接导入文件。一般通过复制的方式会更方便。
3.打开Sequence后,会弹出粘贴框,只需要将刚刚复制的基因序列粘贴上即可,然后点击下方的Add。
4.选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计,在设计开始前可以更改设计的参数,包括搜索的碱基范围、引物的长度,碱基数,设计结果显示的引物对数等。
5.设置完参数后,点击下方的Search,软件开始分析设计,完成后,点击OK。设计结果就会在下面显示出来。
6.结果中蓝色为前引物,红色为后引物,Rating是对引物的综合评价分数,在上方也会显示引物的优劣,最好的为Best,中等为Good,最次的为Poor。一般选择引物都为Best或Good,其它显示均是无法使用的。
7.在右边还有两个选项,AllPrimers可以查看可选择的多对不同引物。可以根据需要选择合适位置和适当产物长度的引物。选择后需要点击下方的Replace才能替换。
8.AllStructers则可以查看当前选定引物的结构,如发夹结构,引物二聚体和重复碱基等。
9.引物选定完成后,点击下方的引物序列,再右键会弹出复制信息选项,进而将设计好的引物导出。也可以直接以文件的形式将结果导出。
premierprimer6.0产物长度为9000多的引物怎么设计呀?引物的设计其实和一般的差不多,这么长的PCR主要还是取决于模板的好坏,不知道楼主你的模板是什么来源,基因组DNA的话,建议多做几组不同来源的模板,当然这里引物如果不好的话失败的概率肯定比同样引物不好的情况下P小片段的要高。引物的话还是尽量得分上85吧我觉得,不行的话就往目的片段两端走走。
这么长的片段建议楼主选择强效高保真的酶,比如KODplus,这是我们这里用过的最好的酶。不过价钱也是偏高的。据报道这种酶的保真度是taq酶的80倍,另外最长能够P出20kb的序列。当然这是在非常好的情况下。
同时也可以在反应体系中添加2-5%的DMSO,这样可以帮助扩增。
如果实在不行的话楼主也可以考虑做overlappingPCR,把片段分为2-3个部分来P,不过这样工作量就会大不少。
希望能够帮到你~有问题一起讨论解决哦~
如何应用primerprimer6.0设计引物引物设计有3条基本原则:首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。引物设计应注意如下要点:1引物的长度一般为15-30bp,常用的是18-2
真帜定坤: 首先得下载安装一个primer5 的软件,网上百度搜索后即可下载获得 点击File下拉菜单,选择New,然后选择DNA Sequence 从word文件中copy目标序列,然后control+V到primer5的文本框中,选择As is,点击OK.设计引物前得进行酶切位点分...
界首市17883104044: 如何应用primer primer 6.0设计引物 - ?
真帜定坤: 引物设计有3 条基本原则:首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配).引物设计应注意如下要点: 1 引物的长度一般为15-30 bp,常用的是18-2
界首市17883104044: 谁会用primer premier6.0设计引物啊.具体步骤{最好有截图}一步一步.有帮助的话,我再奖励50分.拜托. - ?
真帜定坤: 手头的电脑没装...如果没记错的话 new sequence---DNA sequence---as it is---research primer---设置引物位置范围和产物长度----出来打分的引物---edit里面点copy 然后出来粘贴上
界首市17883104044: 如何设计已知序列的引物 - ?
真帜定坤: 可以下载专门设计引物的生物学软件,如primer premier,将已知序列导入该程序,程序会自动生成一条正向引物和一条反向引物,并计算出Tm值.引物的长度在preference里可以修改,如果是已知序列的引物,能修改的也就是长度了,两条引物尽量选择Tm值比较接近的就可以了. 如果有构建克隆的需要,可以找百替生物.网址:http://www.100biotech.com/index.php
界首市17883104044: primer设计好引物后怎么导入oligo6.0分析引物 - ?
真帜定坤: 第一步:新建序列(或者通过Open直接打开序列) 第二步:确定你要设计引物的起始位点,双击下面的序列可以选中一段(暂时先不要管引物长度) 第三步:选择作为上游引物Select->Forward Primer,然后你会发现下面的序列上有相关引物 ...
界首市17883104044: primer premier设计引物如何保存 - ?
真帜定坤: 设计好后,点左上角的“edit”,再点“copy”,然后选择正向引物或反向引物,点击后就已经复制到剪切板里了.然后打开word、txt或者exel文件,直接ctrl+V粘贴即可.————————————————————————save to database是存入了PP5自己的数据库中.就像这样:然后你在下面选中你的引物,点export,就存进了数据库中,然后你可以编辑名字之类的. 不懂的话继续问.
界首市17883104044: 如何使用primer premier 5.0设计引物?
真帜定坤: 打开primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特异序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers,Pairs—— 设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度(primer length)——Automatic——OK——Search complete后点OK——在Search Results里选择引物对.——改变参数,再次搜索——找到最适的引物
界首市17883104044: 如何设计引物 - ?
真帜定坤: 一般是通过设计软件,例如oligo6,primer5等,你可以在网上搜一下引物设计软件下载和使用说明,是比较容易的. 至于设计引物的一般原则如下: * 序列选取应在基因的保守区段 * 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免...
界首市17883104044: premier primer6.0产物长度为9000多的引物怎么设计呀? - ?
真帜定坤: 引物的设计其实和一般的差不多,这么长的PCR主要还是取决于模板的好坏,不知道楼主你的模板是什么来源,基因组DNA的话,建议多做几组不同来源的模板,当然这里引物如果不好的话失败的概率肯定比同样引物不好的情况下P小片段的要...
界首市17883104044: 关于使用primer 5.0设计PCR引物,哪位哥帮帮我啊,着急啊... - ?
真帜定坤: 1、primer 5.0的各类参数是可以自己设置的,变化参数结果就会不一样.就引物设计而言primer 5.0优于oligo 6.0,一般的方法是用primer 5.0设计,oligo 6.0来检测; 2、可以自己自己动手修改,完全没有问题,我自己试过.一般引物允许20%的不一致,但是在3端最好不要自己修改,3端也不要有发卡结构