primer6.0设计引物-如何应用primerprimer6.0设计引物

1.首先,选取目的基因序列,对格式没有什么要求,只需要将目的基因序列复制就可以。

2.打开File目录下的New,选择Sequence。这里的另一个Project选项是导入文件的方式,也就是将目的基因以文件形式保存的可以直接导入文件。一般通过复制的方式会更方便。

3.打开Sequence后,会弹出粘贴框,只需要将刚刚复制的基因序列粘贴上即可,然后点击下方的Add。

4.选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计,在设计开始前可以更改设计的参数,包括搜索的碱基范围、引物的长度,碱基数,设计结果显示的引物对数等。

5.设置完参数后,点击下方的Search,软件开始分析设计,完成后,点击OK。设计结果就会在下面显示出来。

6.结果中蓝色为前引物,红色为后引物,Rating是对引物的综合评价分数,在上方也会显示引物的优劣,最好的为Best,中等为Good,最次的为Poor。一般选择引物都为Best或Good,其它显示均是无法使用的。

7.在右边还有两个选项,AllPrimers可以查看可选择的多对不同引物。可以根据需要选择合适位置和适当产物长度的引物。选择后需要点击下方的Replace才能替换。

8.AllStructers则可以查看当前选定引物的结构,如发夹结构,引物二聚体和重复碱基等。

9.引物选定完成后,点击下方的引物序列,再右键会弹出复制信息选项,进而将设计好的引物导出。也可以直接以文件的形式将结果导出。