强烈安利|27个非肿瘤综合性数据库推荐

作者&投稿:支秦 (若有异议请与网页底部的电邮联系)
~ 在我们推荐的数据库中,除了以肿瘤为主的数据库外,还提供了多个非肿瘤方向的数据库,以满足不同研究需求。以下是推荐的数据库列表及简要介绍:

1. RGD Disease数据库

网址:rgd.mcw.edu/wg/portals/

功能:此数据库包含肿瘤、血液病、心血管、糖尿病、神经系统、免疫等领域的分支信息,提供基因信息查询、GO注释、基因注释等,还包括化合物、miRNA等信息。除了疾病信息,还具备多种其他功能。

2. GEO数据库

网址:ncbi.nlm.nih.gov/geo

功能:此数据库由NCBI创建,收录全球范围内研究者上传的微阵列芯片、二代测序等高通量基因组数据,提供免费下载,包含500多种生物、300k个样本、16亿个基因表达丰度数据。包含GEO DataSets和GEO Profiles两个子数据库,支持差异基因挖掘和基因表达数据挖掘等分析。

3. ArrayExpress数据库

网址:ebi.ac.uk/arrayexpress/

功能:欧洲生物信息学研究所EBI旗下的数据库,用于保存来自所有芯片和高通量测序的数据,提供公共数据无需注册登陆,私有或预先发表的数据需要注册。数据库收集了73321次实验的57.81TB存档数据,是GEO数据库的补充。

4. GeneCard数据库

网址:genecards.org/

功能:提供人类基因的全部信息,包括基因组、转录组、蛋白质组、遗传、临床和功能信息,涵盖约150个网络资源,是5.0版本,目前涵盖270168条基因数据,包括18871个疾病相关的基因,20916蛋白编码基因,75839lincRNA等,是目前信息最全的基因注释网站之一。

5. OMIM数据库

网址:omim.org/

功能:主要关注人类基因变异和表型性状之间的关系,每条记录包含OMIM编号和唯一ID,记录分为基因相关信息、基因和表型间关联、表型相关分子机制、疾病相关遗传突变位点和其他类型记录。

6. ENCORI

网址:starbase.sysu.edu.cn/

功能:提供miRNA与其靶标mRNA/lncRNA/cirRNA/sncRNA之间的相互作用分析,包括多个软件预测、CLIP实验、RNA-RNA interactome等证据来源,以及ceRNA机制、RBP与靶标的相互作用、RBP与motif的结合、RBP与疾病的关系等分析。

7. CellMarker数据库

网址:biocc.hrbmu.edu.cn/Cell...

功能:收录人和小鼠的158种组织/亚组织的467种细胞类型和81种组织/亚组织的389种细胞类型的数据,数据来源于文献和数据库,包括单细胞测序数据和生物实验数据,支持搜索、浏览和下载。

8. CVDHD心血管系统数据库

网址:pkuxxj.pku.edu.cn/CVDHD...

功能:提供心血管系统方向疾病,如高脂血症、冠状动脉硬化、高血压等的基因组、蛋白质组、转录组、遗传和功能信息,界面友好,提供流行病学、临床特征、分子遗传学发病机制等详细信息。

9. Drugbank数据库

网址:Drugbank.ca/

功能:整合药物数据,包括化学、药理与制药,与综合药物靶标信息相结合,用于药物检索、靶点分析、转运蛋白及生物相互作用信息查询。

10. AlzBase转录组学数据库

网址:bigd.big.ac.cn/database...

功能:收集AD脑转录组研究结果,整合AD研究热点问题,提供基因扰动知识和扰动特异性信息,支持基因查询、批量搜索,提供基因与疾病进程相关性信息以及基因功能和调控注释。

11. qphos数据库

网址:qptm.omicsbio.info/

功能:收集定量磷酸化数据,用户可比较不同实验条件或细胞类型中蛋白各个磷酸化位点的磷酸化水平差异,为研究磷酸化机制提供帮助,支持定量磷酸化信息分析。

12. Gene to phenotype数据库

网址:ebi.ac.uk/gene2phenotyp...

功能:提供疾病与临床表现类别之间的关系,促进数据集的开发、验证、管理和分发,用于诊断变量过滤,将等位基因需求和突变结果与疾病实体关联,分配置信度和证据链接。

13. shinyGEO数据库

网址:gdancik.github.io/shiny...

功能:提供GEO数据库中非肿瘤数据集的下载和差异表达分析工具,用户可输入GEO检索号,下载数据、进行分析,并生成高质量图片,提供分析的R语言代码。

14. Malacards疾病数据库

网址:malacards.org/

功能:整合人类疾病及注释信息,支持疾病名称搜索,涵盖基因、基因突变、组织、相关疾病、论文发表情况、通路及症状等信息,方便研究者快速获取疾病相关信息。

15. SEdb数据库

网址:licpathway.net/sedb/

功能:注释超级增强子在基因调控中的潜在功能,提供遗传和表观遗传注释信息,包括SNP、序列变化、eQTL、风险SNP、TFBS、CRISPR/Cas9目标位点和DHS等。

16. gutMEGA组学数据库

网址:gutmega.omicsbio.info

功能:收集肠道菌群定量事件,支持不同条件下肠道菌群含量差异比较,自动绘图和下载结果,以及查看相关研究来源,提供搜索模块进行筛选和搜索。

17. MENDA数据库

网址:menda.cqmu.edu.cn:8080/...

功能:整合抑郁症代谢特征数据,涵盖多种动物和人类研究,提供差异代谢物条目,支持抑郁动物模型和人类抑郁状况分析,方便研究抑郁症的代谢特征。

18. iUUCD数据库

网址:iuucd.biocuckoo.org/ind...

功能:收集泛素和类泛素结合相关数据信息,包括E1、E2、E3、DUB、UBD和ULD蛋白质信息,提供注释信息,如突变、单核苷酸多态性、mRNA表达、蛋白质-蛋白质相互作用等。

19. ConsensusPathDB蛋白质数据库

网址:cpdb.molgen.mpg.de/

功能:整合蛋白质互作、遗传互作、代谢组、基因调控、药物靶点互作信息,支持物理词条搜索、通路检索和可视化,以及BioPAX格式或图片格式的下载。

20. SuperTarget药物靶点数据库

网址:insilico.charite.de/sup...

功能:收集药物-靶点关系信息,整合DrugBank、BindingDB和SuperCyp数据,包含药物、蛋白质和副作用信息,以及pathways和ontologie信息。

21. CTD比较毒物遗传数据库

网址:ctdbase.org/

功能:促进对环境暴露影响人类健康的理解,提供化学-基因/蛋白质相互作用、化学-疾病和基因-疾病关系信息,结合功能和通路数据,有助于发展环境影响疾病的假设。

22. BioGPS信息数据库

网址:biogps.org/#...

功能:提供基因信息查询,包括基因简介、探针名、不同组织表达量、染色体定位、基因功能、转录本信息、编码蛋白信息等,涵盖多物种数据。

23. EBI scSeq疾病数据库

网址:ebi.ac.uk/gxa/sc/home

功能:EMBL-EBI数据库提供基因组学、蛋白质、表达、小分子、蛋白质结构、系统、本体和文献等生物数据,用于研究遗传学如何影响人类健康和多种疾病的预防。

24. MIMIC重症医学数据库

网址:about.citiprogram.org/e...

功能:MIMIC数据库为重症医学研究提供详细资料,包括随访资料,如住院期间死亡、ICU内死亡和出院后全因死亡,对重症病人预后影响因素的研究具有重要价值。

25. BioLINCC疾病数据库

网址:biolincc.nhlbi.nih.gov/

功能:提供临床注册研究和流行病学研究的信息,包括研究总结、参考文献、研究方案、相关研究的深度信息和文献集合,用户需成为注册用户以获取数据。

26. Ptmd信息数据库

网址:ptmd.biocuckoo.org/

功能:搜集不同PTM类型和不同疾病之间的关系,包含749种蛋白质的1950种与疾病相关的PTM事件,涉及24种PTM类型和275种疾病,支持搜索、浏览、数据上传和下载。

27. Lncrnadisease疾病数据库

网址:cuilab.cn/lncrnadisease

功能:提供1564个与166种疾病相关的lncRNA数据,标准化疾病名字和lncRNA功能异常类型,为每个条目提供详细描述,支持与疾病关联预测、上传、浏览、搜索和数据下载。

以上数据库为非肿瘤研究提供了丰富的资源和工具,涵盖了基因、疾病、药物、蛋白质、代谢等多种领域,为不同研究方向的学者提供了有力支持。通过合理利用这些数据库,研究者可以深入探索非肿瘤相关的生物学现象,推动相关领域的研究进展。


强烈安利|27个非肿瘤综合性数据库推荐
首先,RGD Disease数据库涵盖了肿瘤、血液病等多个领域,提供基因信息查询、疾病注释等,是多分支研究的好帮手。GEO数据库则是一个全球基因表达数据的宝库,便于差异基因挖掘。ArrayExpress补充了GEO,存储大量微阵列和测序数据,R包ArrayExpress Bioconductor package便于数据访问。GeneCard整合了全面的基因注释,...

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