定量PCR,半定量PCR和相对定量PCR有什么差异
你好!半定量PCR也是部分定量PCR,是因为组织取材不同才叫做半定量和定量PCR。如果不能将组织中的DNA浓度准确的测定出来,(咽拭子、痰等取材因为无法精确到每毫升,或者取材后无法确保每次取材都能得到同样的结果,每毫升病毒数量不同,因此无法进行定量。而血液中的病毒因为流动和稀释作用可以精确到每毫升多少copies,因此叫做定量PCR)。荧光PCR是两个探针带荧光,在PCR过程中不断合成目的片段从而发出荧光。荧光定量PCR也可以进行半定量。
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以参照物为标准,对PCR终产物进行分析或对PCR过程进行监测,从而达到评估样本 中靶基因的拷贝数,称为定量PCR。根据反应体系是否设有参照物以及是否与标本在同一管中进行扩增,定量PCR可分为四种:
①有限稀释法,即倍比稀释法: 通过稀释阳性样品直至靶基因不能再扩增为止,来设置已知浓度的参照品;根据阳性结果的最大稀释度及内参标或外参标的极限检出底线,计算出待检标本中原始模 板的分子数;利用最大稀释度来进行标本核酸定量时的注意点。优点是不需要特殊设备,缺点是扩增反应条件要标准化,严格注意污染,避免假阳性的产生。
②使用 外参照物的定量PCR,以已知浓度的目的基因为模板,按一定的倍比稀释,然后做出标准曲线图,未知的标本按这标准曲线找出对应的拷贝数。荧光定量PCR通 常使用该法做标准曲线。
③使用非竞争性内参照物的定量:PCR反应条件同样,在同一试管内,用两对引物,同步扩增来自同一DNA的一段靶序列和另一段内标 序列。
通过比较两种序列的扩增产量可对靶序列定量:
方法A、设计并合成PCR扩增靶基因及无关基因的引物,优化引物配比的条件。
方法B、在指数增长期实现 对靶基因及一系列已知含量无关基因的PCR扩增。
方法C、PCR产物琼脂糖凝胶电泳,EB 染色。方法
D、电泳条带的紫外光下分析。方法E、二者荧光强度相等管的DNA含量亦相等。该方法只有当靶序列和内标序列以相同的量存在时,才能对两者相对 定量;也是对处于扩增指数期的PCR产物定量。
④使用竞争性内参照物的定量PCR:同样的反应条件,同一个试管,用同一对引物,同步扩增靶序列和内参照序 列。靶基因的量可通基本条件是靶序列和竞争性序列均用相同的引物以相同的效率扩增,两序列的初始化比值在整个反应过程中保持不变。目的DNA 内参照DNA 变性(同一对引物)PCR竞争性模板的设置:通过改变克隆的靶基因的序列来设计竞争性模板插入新的限制性酶切位点或使原来的酶切位点缺失通过基因重组技术 插入一个与特异性蛋白结合的DNA片段,或者使靶序列发生定点诱变人工合成竞争性模板。竞争性模板设计目的:使其与靶基因的PCR扩增产物相区别(通过酶 切、杂交、显色等手段实现)。常用的荧光定量为TaqMan探针技术,他特异的和目的片段结合,只是用的是TaqMan。半定量RT-PCR用做内参照, 也应该是第三种,只是它是普通PCR,通过电泳的条带强弱,与GAPDH的比值,分析他们的灰度值半定量,个人认为数据不可靠,应该用TaqMan做相对 定量或绝对定量。用rt-pcr比较两株细胞表达量的差异的时候,不一定要把两株细胞调整为相同浓度,因为要做内参照,可以校正模板量的差异
荧光定量PCR和半定量RT-PCR都可以用来检测基因的表达量的,但二者检测的东西多少有些不同.荧光定量PCR是在PCR反应体系中加入可以和双链DNA特异性结合的荧光染料(BIOG sybr green)或者和目的DNA片段结合的荧光探针(BIOG taqman),通过监控PCR过程中的荧光的变化,并且和某些管家基因的荧光变化进行对比反应出目标基因的表达量.荧光定量PCR的主要有效数据是荧光信号增长到最大值的一半时的时间.半定量RT-PCR则是通过RT-PCR最终产物电泳后电泳条带的明暗来间接反应出原始模板的丰度.
请解释一下如何用半定量PCR检测基因的表达量,要详细的过程和这么做的...
(话说半定量有好多种设计策略,什么竞争性、非竞争性,我不知道你是不是把内参引物和目的基因引物拿到一个管子里P,或者是分开P)最后表达量图画法很简单,你就拿你的每一个体的目的基因的丰度值减去自身内参基因的丰度,然后选则一个个体作为标准,用excel画柱状图就行了。
有人做过半定量PCR吗?跟荧光定量PCR有什么本质区别吗
没有太大的差别。只是作为定量或者半定量的cDNA,要求质量比较高,才能使结果更可靠。非定量普通PCR的cDNA要求没那么严格,只要能正常扩增出目标片段即可。
半定量rt pcr内参和目的基因的引物加的量相同吗,能否放在同一管中跑PCR...
引物加的量应该相同,能放在一管里跑最好,但是分开跑也可以接收(一般都是这样)
荧光定量pcr为什么比rt-pcr更能反映细胞里的mrna水平
首先我先看看我理解的问题对不对:你说的RT-PCR是指reverse transcription PCR。那么这种PCR属于半定量PCR,它的定量结果只能全部跑完PCR(终点法)以后,通过琼脂糖电泳的方式,观察最终的核酸条带的亮度,来反映mRNA的量。荧光定量PCR(real-time RT-PCR)可以实时监测PCR的扩增过程,通过达到某个荧光...
半定量pcr结果怎么分析
其分析方法有确定阈值和灰度值分析。1、确定阈值:阈值线是人为设定的,通常在PCR反应的指数期。在阈值线以下,所有数据点被视为非表达或低表达。2、灰度值分析:在电泳扫描后,计算灰度值,先用同一标本的内参和目的进行比较,然后用这个相对值再去和其他所要比较的平行组进行比较。
反转录PCR和荧光定量PCR
一个是RT-pcr,reverse transcription pcr的简写 一个是real-time,一般不会简化为“rt-pcr”,又称实时定量pcr,Q-pcr,应该就是你说得荧光定量 而你要测mRNA的量,就是先反转录成cDNA,再作定量pcr,就是前两者的合,常称为qRT-PCR 有很多real-time的试剂盒,你可以网上看下说明书 ...
半定量pcr条带大小
半定量pcr条带大小需要经过数值计算和统计分析。根据查相关信息显示:半定量PCR的结果主要根据PCR扩增产物的条带强度和数量来确定,条带大小并不是一个直接用于半定量PCR结果分析的指标。因此,在使用半定量PCR进行实验时,应该注重在同一个反应体系中比较扩增产物的相对含量变化,而不是单纯依赖条带大小来...
半定量的RT-PCR预实验需要摸索哪些条件?
1、反应的总体系是10ul还是20ul或者50ul需要摸索,一般来说标准的都是20或者25ul的但是效果不好的话可以考虑改变体系换小体系看看 2、你的加样的模板量,模板不是越多越好 3、引物包括引物的最佳退火温度引物的终浓度引物的特异性,一般是设计几对引物梯度PCR选择最佳的引物 4、镁离子浓度 5、酶:酶...
RT-PCR,QRT-PCR,real-timePCR之间什么区别
QRT-PCR在RT-PCR体系中同时加入内参标基因的引物,使目的基因和内参基因在同一条件下同时扩增。在扩增反映结束之后,可以通过凝胶电泳的方法对扩增产物进行半定量分析,但分析的是PCR终产物,不能准确分析未经PCR信号放大之前的起始模板量。real-time PCR:实时PCR(real-time PCR)属于定量PCR(Q-PCR)的一...
核酸含量的测定方法及原理都有哪些?
② 定P法:核酸中P含量约为9.5%,因此可以通过测定样品中的有机P量来进行核酸定量。③ 核糖含量测定法:包括RNA的地衣酚法及DNA的二苯胺法。④ 定量PCR法:定量PCR技术是指以外参或内参为标准,通过对PCR终产物的分析或PCR过程的监测,进行PCR起始模板量的定量。⑤ 核酸杂交半定量法:通过探针与核酸...
慕寿亿尔:[答案] 有,基本是半定量.我们平时做的RT-PCR,可以说是半定量的,还有现在比较流行的real time PCR基本可以说是定量的,其实也并不是非常非常准的,一般的PCR都是后定量,real 是前定量,是检测没一个循环的量故名的来的.一般都是SYBR染色,...
南丰县19523311232: 实时荧光定量PCR的结果该怎样分析? - ?
慕寿亿尔: 1、如果有标准曲线,按照标准曲线计算; 2、一般都是相对量,则用delta delta CT方法来计算; 3、引物或探针降解:可通过PAGE电泳检测其完整性; 4、模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起; 5、看CT值是分析...
南丰县19523311232: 什么是竞争定量PCR - ?
慕寿亿尔: 荧光定量pcr和半定量rt-pcr都可以用来检测基因的表达量的,但二者检测的东西多少有些不同.荧光定量pcr是在pcr反应体系中加入可以和双链dna特异性结合的荧光染料(sybr green)或者和目的dna片段结合的荧光探针(taqman),通过监控...
南丰县19523311232: 半定量PCR的目的是什么? - ?
慕寿亿尔:[答案] 以参照物为标准,对PCR终产物进行分析或对PCR过程进行监测,从而达到评估样本 中靶基因的拷贝数,称为定量PCR.根据反应体系是否设有参照物以及是否与标本在同一管中进行扩增,定量PCR可分为四种:①有限稀释法,即倍比稀...
南丰县19523311232: 定量PCR实验后,一般要得到什么样的结果??
慕寿亿尔: 定量PCR有绝对定量跟相对定量,绝对定量就是先用已知浓度的质粒浓度梯度(1.00E+07、1.00E+06、1.00E+05、1.00E+04、1.00E+03)制作标准曲线,然后通过做Real-time PCR的CT值计算出其表达量;相对定量是比较管家基因(GAPDH)与目的基因的CT值,得出各标本之间目的基因表达量的多少.目前实时荧光定量PCR主要用两种方法:染料法和探针法,如果科研资金充足的话,建议选用探针法,其数据比染料法准确.染料法也可以达到定量的目的,而且比较廉价.
南丰县19523311232: 什么叫半定量 - ?
慕寿亿尔: 半定量RT-PCR一般是在没有条件做 实时PCR 的情况下使用,用于测定体内目的基因的表达增加减少与否,即通过目的基因跑出来的电泳带与管家基因(如β-actin)的电泳带的相对含量比较,观测目的基因表达增减,另外还要做一个β-actin的内参照对照. 管家蛋白基因就是细胞内一些表达比较稳定的基因,如β-actin在各种细胞内的含量都稳定在10%左右.因此研究的目的基因的表达量与这些比较恒定含量的基因一比较,就可以观察到目的基因是否随着时间改变了~~~
南丰县19523311232: 什么叫做半定性,什么叫做半定量 - ?
慕寿亿尔: 半定量是RT-PCR做基因表达分析的一种方法,其操作的方法是在野生型和突变体中用一个看家基因(通常是actin)做参照标准来观察目标基因在各自的表达情况(上调还是下调),所谓半定量的“半”是通俗的说法,即在看电泳图估计参照亮...
南丰县19523311232: 做荧光定量PCR和半定量PCR有什么区别?半定量的PCR退火温度和荧光定量PCR是一样的吗? - ?
慕寿亿尔: 荧光定量PCR和半定量RT-PCR都可以用来检测基因的表达量的,但二者检测的东西多少有些不同.荧光定量PCR是在PCR反应体系中加入可以和双链DNA特异性结合的荧光染料(sybr green)或者和目的DNA片段结合的荧光探针(taqman)...