使用primer premier5.0设计引物

如何使用primer premier 5.0设计引物~

打开primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特异序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers，Pairs—— 设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度（primer length）——Automatic——OK——Search complete后点OK——在Search Results里选择引物对。——改变参数，再次搜索——找到最适的引物

下载的5.0版注册一下就能用了，应该有中文说明设计引物的方法，看说明学习一下就可以了。
主要注意的有几个方面：
1：上游引物可以手动添加或删除密码子以改变其长度，因为不会影响到起始密码子，而下游由于最后是终止密码子，所以不可以手动添加或删除，只能通过File-Preference中的length改变长度，一般来说最短不要小于18.
2：引物结构的吉布斯自由能变最好在0-10，但不是特别严格，最好不要小于-10.
3：比较重要的一点是上下游引物的Tm 相差要小于2°C。
4：设计完检查时要注意3’端不能有发夹结构。
说的可能不很全面，设计时具体问题具体分析吧

点文件，选新建DNA序列（File——New——DNA Seqence）然后把要设计引物的序列复制进去就行了（如果你要是愿意也可以一个一个碱基的打进去），然后点Primer进入到引物设计界面，进去后选点 Search 设置相应相应的条件，如：你要设计PCR扩增还是测序引物，是正向、反向还是双向，在片段中的那个位置设计及引物的长度等等，设置好后一路OK点下去就行了，然后就会有引物出来供你选择了。

哈哈不过具体的步骤1L那个网址好像已经给出了，不过在设计引物时LZ还要注意些条件，如TM值和GC一类的，还有引物长度等等^_^

反正我一般设计引物的时候TM和GC都控制在50-60之间，长度一般18或19个碱基（555合成的时候按碱基收费呀555），错配和发卡都没有，不过引物二聚体有的话问题倒是不大（反正我设计出来有二聚体的引物基本都OK）然后就是最好不要有4个或以上连续的碱基，再有就是不要在重复序列里设计引物。

只要注意以上这些的话设计出的引物那里测序或扩增都OK

呵呵希望对LZ有所帮助

http://wenku.baidu.com/view/00485eea551810a6f5248643.html

—————————————我是一楼————————————————————

首先你要确保你的PP5是破解过的，不是DEMO版的。DEMO版的PP5是不能添加序列的。
然后打开程序，点File→NEW→DNA sequence，然后在弹出的窗口中粘贴或输入你要设计引物的序列即可。

再次强调一下，请仔细看一下你的PP5是否是DEMO版。如果你是DEMO版，请留下你的邮箱，我把破解文件发给你。

我的软件照点File→NEW→DNA sequence操作，结果显示This function is not available in the demo!还是麻烦你给我发一个嘛，196542363@qq.com,，谢啦

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中卫市15062317148： 如何使用PRIMER PREMIER 5.0 - ？
集昌永适： 打开primer premier 5.0——File——New—— DNA Sequence——COPY 特异序列到GeneTank——Primer——Search——PCR Primers,Pairs—— 设定Sense primer和Antisense primer的范围及PCR产物大小范围——设定引物长度(primer length)——Automatic——OK——Search com..

中卫市15062317148： 如何使用primer primer5 - ？
集昌永适： 首先打开软件 左上角来操作 file——new——dna sequence 这一项可以把你复制的序列粘贴进去 当然,你也可以选择另一个 file——open——dna sequence 去open一个新的文件.在接下来的界面里 复制你的序列,于是就将序列导入了点击search 进入下图界面开...

中卫市15062317148： 为什么在用primer premier 5 设计引物时,search后tm等参数无法显示?、 - ？
集昌永适： 我试了我的,还是正常工作的,你就一直选择ok,出现search results,选择一对引物,在primer premier会出现该引物的有关数据tm GC%等,如果不行的话,我也不知道了

中卫市15062317148： 我的primer premier5在使用过程中总是自动关闭,崩溃了,求解决办法!!! - ？
集昌永适： 留意PR安装路径是否与adobe其他软件夹杂在一起.安装路径必须干净.尤其避免与AE处在同一文件夹下.最好安装在C盘.

中卫市15062317148： 求助64位windows10系统可以用的Primer Premier 5软件 - ？
集昌永适： 一、创建具有管理员权限的Command命令行快捷方式(因为windows 7 cmd默认不是以管理员权限运行,所以一定要改成以管理员权限运行才有用).1、在桌面空白地方,点击鼠标右键,选择“新建”→“快捷方式”2、弹出创建快捷方式窗...

中卫市15062317148： primer premier5软件不能使用 - ？
集昌永适： 应该是你的系统C盘里有残留的文件 导致你的软件不能重新正常使用.

中卫市15062317148： 如何用primer premier 5.0设计引物?设计引物要注意哪些细节?？
集昌永适： 如果你要扩展的基因已经测序完成,你在网上找到序列,输入primer5,然后点primer就可以了,然后你可以手动或自动更改,知道达到的你的要求.如果你扩增的基因还未测序完成,你只能通过别人克隆出来的相关基因设计引物,方法同上

中卫市15062317148： 我的电脑的primer premier 5.0打不开, 出现primer premier 5.exe遇到问题,需要关闭,请问如何解决?急! - ？
集昌永适： 重新安装一下Primer吧.如果还不行,那就是你的操作系统的问题.

中卫市15062317148： Primer Premier如何使用,在生物谷那里没找到,哪位能告诉我哪儿能找到这个软件的使用说明 - ？
集昌永适： PRIMER PREMIER 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件,利用它的高级引物搜索、引物数据库、巢式引物设计、引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物,也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列.该软件主要由一下四个主要功能板块组成:GeneTank 序列编辑,Primer 引物设计,Align 序列比较,Enzyme 酶切分析,Motif 基序分析,在生物帮那里就有Primer Premier的使用介绍,我就是在那里了解的. 详细的说明可以去( SHUOMING.www.bio1000.com/ )查一下,希望我的回答对你有帮助.

中卫市15062317148： primer5 是演示格式怎么办 - ？
集昌永适： 工具/原料 win7 32位系统(win10以下系统应该通用) primer 5 (primer premier 5) 方法/步骤1 打开下载的软件,如图所示,上方PP500Installer为primer主程序,下面Primer Keyen为注册激活程序;2 等待程序解压、载入内存;