谁知道怎样在NCBI中找数据库?
以基因的名称(AP1)和物种的名称(如杨树)去检索,如果只需要cDNA序列,数据库选择unigene。 如果需要该基因的基因组序列,选择genome.
使用NCBI查找基因序列教程
获取序列所对应的分类学信息有两种方法。
一种方法,从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表,在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件,其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列,左边为gi 号,右边为Taxid。由于这些文件非常大,因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移,这两个文件会越来越大,不过速度不会是指数增长的,并且在美国东部时间的每个星期一2:00 am NCBI 会对其进行更新。
对于Windows 用户还有一个文件称为taxdump.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表,与同目录的gc.prt 联合使用;merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表;nodes.dmp 是结点信息;division.dmp 是较大的几个分类;names.dmp 结点名称信息,每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。
利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地,通过本地程序或脚本搜索文本,来建立gi 号与Taxid 之间的联系(图)。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序,通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。
第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。NCBI 用来保存Taxonomy信息的数据库名称为TAXON。
细菌基因组上传NCBI(一)(GenBank)
对于科研人员而言,提交细菌基因组测序成果时,将基因组序列上传到NCBI并获取登录号是一项常见的任务。这个过程主要包括BioProject、BioSample和GenBank三个步骤。BioProject是记录基因组项目的基本信息,包括项目背景描述;BioSample则是样品的详细描述;而GenBank则用于存放组装完成的基因组数据,如WGS草图或...
如何在NCBI上查卤代酶的基因序列,最好有详细步骤,再有如何筛选就更好...
http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/,在下拉菜单中选择gene或者nucleotide,在搜索栏输入要查的基因的全称或者缩写 再输入种属名,比如人的就输入homo点搜索,结果中找到你要的基因条目,进去有详细介绍,全序列,mRNA序列,蛋白序列的链接 你要从什么来源的DNA扩增序列,人的还是动物的?具体的基因名字说一...
如何在ncbi上搜索两个关键词相关系的文章
在NCBI上搜索两个关键词相关性的文章,可以通过使用Boolean运算符“AND”来实现。以下是具体步骤:1. 打开NCBI网站(https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/)。2. 在网站顶部的搜索框中输入第一个关键词,如“cancer”。3. 在搜索结果页面中,点击左侧的“Advanced”按钮,打开高级搜索界面。4. 在高级搜索...
怎么用ncbi查外文文献啊?
首先在PubMed处搜索 点开要下载论文页面,在右上角一般都有全文链接,就是该文章刊登杂志的一个图形标志。点击进去后,一般是打开该文章的网页版全文(如果该文免费或你的IP有访问权),找一下“PDF”字样(一般在右手列表,或正中选项卡处),点击即可下载全文 ...
请问,已知蛋白序列的GI号,怎样在NCBI中查找对应蛋白的序列啊?_百度知 ...
举个例子吧。搜索GI号为386311839的蛋白质 进入NCBI主页,选择Protein数据库,输入GI号,点击search 然后就OK了。。
怎样使用NCBI搜索并下载基因序列
即可出现搜索结果。3、点击进入所需要的搜索结果,在页面中左侧,点击“FASTA”按钮。4、在接下来打开的页面右侧,点击“Send to”选项,然后选择“File”,点击“Creat File”按钮。5、最后,我们即可调用浏览器下载该基因序列文件了,选择好文件存储位置之后,点击“下载”按钮。工具\/材料 NCBI官网 ...
如何知道测序序列后在NCBI上的注册号?以下是我的测序序列。解决后另加...
如果是你自己的基因序列,你要将序列的测序结果提交到NCBI的genbank,对方审核通过了才会给你注册号;如果这是已知序列,NCBI的genbank里面已经有了的,就利用BLAST比对搜索这个序列就行了
如何在NCBI上下载资料
这个问题涉及到NCBI的核心价值——数据共享。从NCBI创建之初她就是为用户”下载“数据而存在。历经近30年的发展,其提供的数据共享的方式也经历了诸多的改变。下面以提供数据共享的技术方式来逐一陈述:1 FTP FTP是File Transfer Protocol(文件传输协议)的英文简称。在互联网形成之初,非常重要的大文件传输...
怎样在NCBI搜索小鼠p53基因编码区全长序列,具体点最好,英文不太好...
sequence 点击genbank链接,进入该基因的序列描述页面,找到CDS选项,就是这个基因的编码全长序列。2、或者,进入NCBI主页在下拉框中选择nucleotide,输入p53,点击进入,出现摘要页面,选择物种为Mus musculus,更新摘要后选择你想要的mRNA种类,进入该mRNA的报告页面,找到CDS,得到连续的全长编码序列。
如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对...
首先找到小鼠和人类p53基因的序列,然后进ncbi首页,里面靠右的位置popular resources下第一个选项“blast”,打开以后,找“nucleotide blast”。进到那个页面有个框就是让你输序列的,如果要比对两个序列的话,要勾选下面的一个小的单选框“Align two or more sequences ”。就会出现两个框,分别输入...
衡视恒得: NCBI 分类学数据库(taxonomy database)不是分类学或系统发育信息的信息源(primary source),而且也没有自己的一套完整的分类学系统,相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识,包括发表的文献、基于网络的数据...
广河县18533172187: 如何查找基因之间相互作用的数据库 - ?
衡视恒得: 在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框,点击下拉三角形选择nucleotide(如图红框)在search栏输入基因名搜索即可.以人的orc1基因为例,在搜索结果中选择mRNA和complete cds序列的结果都可以,如下点击进入序...
广河县18533172187: 怎么找基因序列? - ?
衡视恒得: 我一般是在NCBI上面找,世界上有三个大的数据库,NCBI是其中一个,美国的,这个我觉得是最好的.在上边查找基因序列方法是: 首先打开NCBI网站首页,然后在search一栏中选择nucleotide,在框中输入你要的基因序列名称,点击search...
广河县18533172187: 我现在有一物种的引物序列,想通过引物在NCBI中找到它的登陆号,不知道怎样才能找到?谢谢 - ?
衡视恒得: 在NCBI中BLAST引物(注意选择BLAST的数据库),然后再Blast结果中找寻符合要求的序列.后面会列出很多链接,直接就能看到NCBI号 进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&...
广河县18533172187: 如何在ncbi上挑到自己需要的基因 - ?
衡视恒得: 在NCBI 上查找基因,挺多人都在问这个.当然,对于经常泡NCBI 的人来说,查找基因是 入门的、基础的,对高手来讲根本不是个问题.但新手就不同了. 当然了,直到现在,虽说已经会了一些,但在NCBI 查找基因,虽说是基础但也是挺复杂...
广河县18533172187: NCBI上查找该基因的序列哪位了解啊?能介绍一下生物论坛吗 - ?
衡视恒得: 知道了基因名(即Symbol),怎样在NCBI上查找该基因的序列.Symbol是基因的名称,在文献是可以经常看到的,经常会提到某个基因的基因名.我们就可以用Symbol在NCBI的Gene数据库搜索. 但有一点需注意,Symbol是经常会改变的,...
广河县18533172187: 用ncbi怎么用作者名搜索文献?
衡视恒得: 进入NCBI的PubMed文献数据库,在搜索栏里输入 作者名 后面加上 [at] 就可以了.
广河县18533172187: 如何使用ncbi查找某一基因的dna序列 - ?
衡视恒得: 打开NCBI的首页,在下拉菜单中选中gene,输入你需要找的基因的名称,点击搜索就可以了
广河县18533172187: 关于查文献的疑惑~谁帮忙解答一下~谢谢~? - ?
衡视恒得: 首先确定期刊所在的数据库,然后按年限、卷号查.如果是中文期刊,可以从CNKI或维普中找.
广河县18533172187: NCBI 请问如何进入 NCBI 的 SNP数据库 - ?
衡视恒得: 人类SNP下载:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/chr_rpts/