鉴定转录因子与启动子结合的方法和原理
体外：用EMSA
通常将纯化的蛋白和32P同位素标记的DNA探针（取promoter部分）一同保温,在非变性的聚丙烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针.DNA-复合物比非结合的探针移动得慢.然后再放射自显影的仪器上就可以看到条带,如果条带移动得慢,就是有结合.
体内：报告基因方法
就是将你想要检测的promoter装在一个载体上,然后导入特定的细胞内.该细胞内有表达或者过表达你所想检测的转录因子.如果转录因子可以结合在你的promoter上,就可以启动下游的报告基因表达.报告基因可以是荧光蛋白,也可以是荧光素酶.
注：promoter--启动子.其实enhancer也可以用来当promoter.
【干货】启动子研究方法高质量总结
基因编辑技术，如CRISPR\/Cas9，赋予我们直接操作启动子的能力，而诸如EMSA、ChIP和DNase I足迹法等实验手段，为我们揭示了转录因子与启动子的动态互动。双荧光报告系统则提供了深入理解启动子结构和调控影响的窗口。植物转基因技术，如农杆菌介导转化，是研究植物启动子的理想平台，如图11所示，常应用于如水稻...
启动子的名词解释
启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。相关疾病：以下是从人类孟德尔遗传学（OMIM）证实与启动子故障有关，不论是因启动子序列直接突变或是转录因子或转录共激发因子的突变。而多种癌症都没有列下是因为从染色体易位产生嵌合基因：...
原核生物启动子的结构特点及功能
启动子是一段位于结构基因5'端上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地相结合并具有转录起始的特异性。因为基因的特异性转录取决于酶与启动子能否有效地形成二元复合物，故RNA聚合酶如何有效地找到启动子并与之相结合是转录起始过程中首先要解决的问题。有实验表明，对许多启动子来说，RNA...
顺式作用元件(cis-acting elements)主要有三类: 、增强子、沉默子。
顺式作用元件(cis-acting elements)主要有三类:启动子、增强子、沉默子。
什么叫启动子?
序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。
怎么根据转录组寻找强启动子
该情况根据转录组寻找强启动子的方法如下：启动子作为基因表达的“开关”，行使控制基因表达时间及强度的职能，是结构基因的重要组成部分。而且启动子的控制功能多由转录因子调控。因此，转录因子—启动子结合研究显得尤为重要。启动子是位于结构基因5端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确结合...
对DNA序列进行启动子预测分析的意义是什么?
【答案】：启动子(promotor)是基因的一个组成部分，在遗传学中是指一段能控制基因转录的起始时间和表达程度的DNA序列。启动子本身并不控制基因活动，而是通过与转录因子的结合而控制基因活动。转录因子就像一面“旗子”，指挥RNA聚合酶的活动。如果基因的启动子部分发生突变会导致基因表达调节的障碍。这种...
什么是转录因子
转录因子(transcription factor)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子.真核生物转录起始过程十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类...
转录起始时启动子的作用?
转录时，RNA聚合酶不能直接与启动子结合，它要依赖于转录因子蛋白质的帮助才能与启动子结合，开始转录。而启动子是一段能与RNA聚合酶结合的DNA片段，控制着基因表达（转录）的起始时间和表达的程度。具体一点就是相当于“开关”，决定基因的表达开始与否。
请问基因的选择性表达跟启动子的什么有关呢?
1. 位置：启动子是一段位于基因上游的DNA序列，它确定了RNA聚合酶结合和转录的起始点。不同基因的启动子位置可以是不同的，这些位置的差异可以影响调控因子的结合和转录的效率，从而影响基因的选择性表达。2. 种类：不同基因拥有不同的启动子种类，这些种类主要包括核心启动子、增强子和转录因子结合位点等...
唐复克拉：[答案] 一般有体外和体内两种较为常用的方法: 体外:用EMSA 通常将纯化的蛋白和32P同位素标记的DNA探针(取promoter部分)一同保温,在非变性的聚丙烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针.DNA-复合物比非结合的探针移动得慢.然后再放射自...
濠江区17781211250： 鉴定转录因子与启动子结合的方法和原理 - ？
唐复克拉： 一般有体外和体内两种较为常用的方法:体外:用EMSA通常将纯化的蛋白和32P同位素标记的DNA探针(取promoter部分)一同保温,在非变性的聚丙烯凝胶电泳上,分离复合物和非结合的探针.DNA-复合物比非结合的探针移动得慢.然后再放射自显影的仪器上就可以看到条带,如果条带移动得慢,就是有结合.体内:报告基因方法就是将你想要检测的promoter装在一个载体上,然后导入特定的细胞内.该细胞内有表达或者过表达你所想检测的转录因子.如果转录因子可以结合在你的promoter上,就可以启动下游的报告基因表达.报告基因可以是荧光蛋白,也可以是荧光素酶.注:promoter--启动子.其实enhancer也可以用来当promoter.
濠江区17781211250： 如何检测转录因子与启动子的结合能力 - ？
唐复克拉： 查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析,应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在,然后将启动子区域克隆,构建一系列区域突变克隆,与基因编码转录因子的基因共表达,检测报告基因的表达,来判断转录因子同一个基因的启动子都是可长可短的,只是不同长度可能启动子的活性不一样.真核生物一般都是认为在第一外显子上游的2kb以内(也有2kb以外的).转录因子不同的预测方法(除了PROMO,还可用Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC等数据库)结果都不一样,最终只有实验验证的才准确.
濠江区17781211250： 如何判断某个转录因子和它的靶基因启动子序列发生了结合? - ？
唐复克拉： 简单的说法就是蛋白质和核酸结合的检测方法,一般来说,在基因表达调控中,参与调控的转录因子是各种蛋白质,因此研究转录因子的一个主要内容就是研究蛋白质与DNA之间的相互作用.主要的检测方法有:电泳迁移率改变分析足迹法染色质免疫沉淀染色质免疫沉淀一DNA基因芯片生物信息学方法荧光素酶报告系统基因表达谱芯片,经qPCR和Western进一步验证.详细可进一步查找相关文献!
濠江区17781211250： 如何判断某个转录因子和它的靶基因启动子序列发生了结 - ？
唐复克拉： 转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域,你可以做一个chip-seq实验,然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域,那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因.然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测(realtimePCR)确定是否受其调控.
濠江区17781211250： 设计一个检测某一基因是否转录的检测方法的实验,简述其过程与原理. - ？
唐复克拉： 原理:转录是以一条DNA链为模板,合成出一条mRNA的过程.所以,检测某一基因在特定条件下是否转录,可以提取样品的mRNA,反转录成cDNA,然后用扩增该基因的PCR引物扩增,如果有条带就是说明转录,没有条带就是不转录. 过程: 1.提取样品mRNA; 2.反转录合成cDNA; 3.设计该基因特异的PCR引物; 4.进行PCR扩增,电泳,检测结果.
濠江区17781211250： 如何验证跟启动子的结合? - ？
唐复克拉： 如果已知序列,只是想验证它俩的结合,可以用emsa.如果你是只知道你的蛋白,想钓出你的基因,用chip.具体的试剂和步骤你上网搜搜吧~~~自己实验室,样品有差异,还是要再优化的 emsa,DNA核苷酸探针用g-32P和T4多核苷酸激酶来作...
濠江区17781211250： 如何筛选与已知启动子作用的未知转录因子 - ？
唐复克拉： 在启动子数据库找一下是否有相同序列的启动子 在转录因子数据库或者基因scan数据库,找可能与已知启动子结合的因子
濠江区17781211250： 怎么证明一个蛋白是转录因子 - ？
唐复克拉： 怎么证明一个蛋白是转录因子 从你的描述来看,是要做功能研究.有这样几个思路:第一,先分析该蛋白的氨基酸序列,看有无DNA结合区.和其他的转录因子有无功能同源区.第二,证实该蛋白有转录活性.分别overexpress或者silence后,做差减PCR,筛查下游基因.第三,证实该蛋白有DNA结合能力.找到下游基因,或者发现同源转录因子后,做gel shift 实验.
